Однако выделение службы Генерального штаба из структуры Военного министерства, прямая подчиненность императору в период реформирования вооруженных сил страны вызвали известные нарекания со стороны военного министра А.Ф. Редигера и генералитета. Редигер подверг жесткой критике служебные и личные качества Палицына, нелицеприятно охарактеризовав соперника в своих мемуарах [7] .

Так, например, он пишет:

«…человек неглупый, очень добросовестный и усердный работник, он был отличным исполнителем всякой заданной ему работы; он добросовестно выяснял все стороны вопроса и, сам совершенно не способный принять то или иное решение, все свои сомнения выкладывал великому князю, который, благодаря этому основательно знакомился со всяким вопросом и затем, со свойственной ему решительностью, принимал решение.

Палицын не сразу сдавался; он добросовестно продолжал развивать свои аргументы за и против, пока великий князь не остановит его решительным указанием, что и как надо делать. Не менее этой добросовестности великий князь в нем ценил всегдашнее спокойствие и личную преданность. Палицын действительно был невозмутимо спокоен и действовал успокоительно на нервного и вспыльчивого великого князя, которого, вероятно, не раз удерживал от необдуманных шагов. Самая речь Палицына, медленная, тягучая и бесцветная, и всегда длинная, была способна загипнотизировать кого угодно и успокоительно действовала на великого князя. Преданность Палицына не подлежала сомнению и он распространял ее и на долголетнюю сожительницу князя…»

К сожалению, эти два достойных российских военных деятеля не смогли найти общего языка ни между с собой, ни в отношениях с императором Николаем II.

Впрочем, государь в итоге разрешил конфликт в полном соответствии со своим фирменным подходом к решению кадровых вопросов. После возвращения ГУГШ в состав Военного министерства, 13 ноября 1908 года Палицын был освобожден от должности и назначен членом Государственного Совета, а в марте 1909 был отставлен и военный министр, также отправленный членом по назначению в Государственный Совет.

В дальнейшем назначение военным министром В.А. Сухомлинова, не обладавшего административным талантом Редигера и стратегическим мышлением Палицына, его последующая деятельность наглядно показали все пагубные последствия их соперничества.

Взлеты и падения в служебной карьере генерала сопровождались драматическими событиями в семейной жизни.

В 1875 году Палицын женился на Марии Антоновне Скалон [8] . Она родилась 1 октября 1849 г. в Санкт-Петербурге в семье действительного статского советника и камергера А.А. Скалона.

В 1876 году у них родился первенец – сын Федор, но умер, не дожив до двух лет. Антон, родившийся в 1881 г., умер в 1883 г. 14 января 1879 в семье Палицыных родился еще один сын, получивший имя Федора, а 23 февраля 1883 – самый младший сын – Сергей.

Судьба была немилостива к супругам, ибо и двое оставшихся сыновей не дожили до зрелого возраста. Поручик лейб-гвардии Конного полка Сергей Федорович Палицын, будучи в отпуске в Ницце, 19 декабря 1905 скончался от раны, полученной вследствие неаккуратного обращения с оружием.

Судьба Федора Федоровича была еще более трагична. Он погиб 5 июня 1909 года в результате падения воздушного шара «Генерал-лейтенант Ванновский», принадлежавшего Всероссийскому аэроклубу. Как потом показало расследование, оболочка шара была прорвана во время его переноски, но повреждение было обнаружено только в воздухе. Полет был демонстрационный, поэтому вместе с инженером министерства путей сообщения Федором Федоровичем Палицыным-младшим в корзине шара находились его супруга Надежда Вячеславовна (урожденная фон Брадке, 1887–1957), заместитель председателя аэроклуба, заведующий канцелярией и секретарь императрицы Александры Федоровны граф Я.Н. Ростовцев и аэронавт капитан Н.Н. Герман.

Шар быстро поднялся в воздух на высоту около 800 метров, затем был отнесен ветром к Шлиссельбургскому тракту (совр. проспект Обуховской Обороны), где пересек Неву. Полет продолжался не более 15 минут, когда шар вдруг резко пошел вниз и буквально рухнул на землю на правом берегу Невы, за фабрикой Торнтона (совр. – в районе комбината им. Э. Тельмана).

Когда к месту падения подоспели врачи, Федор Палицын был уже мертв. Его супруга получила тяжелые травмы, также был ранен пилот Герман. Меньше всех из участников полета пострадал граф Ростовцев, который во время падения догадался покинуть корзину и вскарабкаться вверх по веревкам, соединявшим ее с шаром.

Гибель тридцатилетнего сына стала страшным ударом для родителей, которые потеряли к этому времени уже трех сыновей. Федора Палицына похоронили на Казанском кладбище в Царском Селе, возле могил его братьев.

Чудом уцелевшая после катастрофы Надежда Вячеславовна осталась одна с внуком генерала Палицына Сергеем, и спустя некоторое время вышла замуж за Георгия Маврикиевича Дестрема, вместе с которым эмигрировала во Францию в 1917 году.

Мария Антоновна, супруга генерала, так и не смогла оправиться после смерти всех своих сыновей и умерла в 1915 году.