Сначала это была странная война — по обе стороны баррикад были вчерашние товарищи по антиколчаковской борьбе. Им не хотелось стрелять друг в друга. Отряды повстанцев и карателей маневрировали, и больше всего страдали работники советских учреждений. Затем бои стали идти с большим ожесточением. Новоселовцы разделились на множество отрядов, сам Новоселов 6 июня направился с небольшой группой в сторону Кузнецка для создания новых отрядов. 12–14 июня Рогов потерпел поражение, и часть его отряда разошлась. 20 июня в столкновении с красными Рогов был ранен, погибла его жена. 3 июля раненого Рогова выдал коммунистам кулак села Евдокимово. В начавшейся перестрелке Рогов был то ли убит, то ли застрелился. После этого Сиббюро ЦК РКП(б) сочло, что «движение Рогова можно считать ликвидированным». И напрасно — ведь это не было «движение Рогова», и его гибель не привела к спаду повстанчества. Новоселов разбил красных у Сычевки. Только в августе Новоселов попал в засаду и был разгромлен. Но он ушел в Кузнецкий уезд, откуда силами в 400 человек снова начал атаковать красных. 5 сентября Новоселов опять был разбит у Бирюлей, недалеко от Гурьевского завода. Тогда он ушел в тайгу. Кавалерийский эскадрон Шаркова охотился за ним до октября, но безуспешно. Новоселов где-то зазимовал, затаился.

В Алейском уезде (степной Алтай) за Советскую власть и против коммунистов поднялись мамонтовцы во главе с бывшим комиссаром полка Ф. Плотниковым. В июле, соединившись с восставшим казачеством, повстанцы численностью около 5000 человек, угрожали Павлодару (Плотников стал уже начальником штаба при главкоме повстанцев Шишкине). Красное командование называло повстанцев черными, подчеркивая тем самым, что они не белые. Плотников издавал приказы, запрещавшие сдавать продразверстку, возвращал уже собранный большевиками хлеб крестьянам. В августе, не сумев овладеть Павлодаром, повстанцы отошли к горам. В Горном Алтае они партизанили до октября, когда Плотников погиб. Но мелкие отряды продолжали действовать здесь и в дальнейшем.

В сентябре в Мариинском уезде восстал П. Лубков. Выступив на митинге на станции Тайга, анархисты получили поддержку окрестных крестьян, провели мобилизацию. Лубков возглавил отряд в 3 тыс. бойцов, 22 сентября перерезал Транссиб и предложил большевикам отменить продразверстку. Лубковцы раздавали крестьянам и бедноте хлеб, который отнимали и у коммунистов, и у кулаков. Коммунисты отвергли предложение Лубкова о переговорах и разгромили его. С небольшим отрядом сторонников он ушел в тайгу.

В июле 1920 г. в Сибири против коммунистов сражались 21 тыс. партизан. В августе их число даже выросло до 23 тыс., после чего стало падать — до 9 тыс. в начале ноября. Но это могло быть и сезонным явлением.

Особенно опасными для коммунистического режима были связи между красными воинскими частями и возмущенной деревней. Оттуда шли в армию письма о произволе продотрядовцев, о надвигающемся голоде, о жестокостях ЧК. Солдаты волновались, командиры мрачнели и о чем-то переговаривались поодаль от комиссаров и чекистов.

В июле 1920 г. командование попыталось снять с поста командира формирующейся в Саратовской губернии 2-й Туркестанской дивизии А. Сапожкова, бывшего левого эсера, известного заступничеством за крестьян. Солдаты заступились за своего командира, и 13 июля началось восстание.

В своем воззвании сапожковцы провозгласили, что отстаивают завоевания революции от засевших в государственных органах буржуазных спецов, золотопогонников и лжекоммунистов. Они эксплуатируют крестьян-тружеников. Сапожковцы выступали также против продразверстки за вольную торговлю. Сапожковская «1-я армия Правды», обрастая крестьянами, двинулась из Бузулука на Уральск и Новоузень. При этом Сапожков выступал за Советскую власть и даже Коммунистический интернационал, но утверждал, что «власти тружеников-крестьян давно уже не существует». Восстание Сапожкова не на шутку перепугало правительство — создав прочную базу на Южном Урале, он мог перенести движение и в Сибирь, и в Поволжье. Крайне опасен был прецедент восстания в Красной Армии под социалистическим лозунгами. В телеграмме саратовскому и уральскому руководству Ленин приказывал: «Пресекать в корне всякое проявление сочувствия и тем более содействия местного населения Сапожкову, используя всю полноту революционной власти; в тех случаях, где содействие имело место, потребовать выдачу виновных главарей; от селений, лежащих на пути следования отрядов Сапожкова, брать заложников, дабы предупредить возможность содействия». Тем не менее Сапожкова поддержали крестьянские отряды от Самарской до Царицынской и Оренбургской губерний. 5 сентября Сапожков погиб в бою, его армия распалась (хотя последние отряды сапожковцев партизанили до 1922 г.). Волнения в разных концах страны грозили новым витком Гражданской войны.

Однако осенью 1920 г. красным удалось на время избавиться от одного из важнейших очагов сопротивления. Дело в том, что махновский район был занят белыми — Русской армией Врангеля. Теперь, чтобы вернуться назад, махновцам нужно было воевать с белыми.

1 октября 1920 г., после предварительного соглашения о прекращении военных действий с красными, Махно в обращении к действующим на Украине повстанцам призвал их прекратить боевые действия против большевиков: «Оставаясь безучастными зрителями, украинские повстанцы помогли бы воцарению на Украине либо исторического врага — польского пана, либо опять царской власти, возглавляемой германским бароном». 2 октября 1920 г. было подписано соглашение между представителями УССР и СРПУ махновцев о союзе.

Действуя вместе с РККА, махновцы 22 октября 1920 г. прорвались в свой район и 26 октября 1920 г. освободили от белых Гуляйполе, где разместился Махно. Часть армии осталась в районе Гуляйполя, а часть под командованием С. Каретникова отправилась на фронт против войск Врангеля и приняла участие в форсировании Сиваша и разгроме белых в Крыму.

Однако благодарности за помощь от красных снова не последовало. 26 ноября 1920 г. красные внезапно напали на махновцев. Приняв командование армией, Махно сумел уйти из-под удара, нанесенного по его силам в Гуляйполе. Крымская группа махновцев вырвалась с полуострова с большими потерями. Южному фронту РККА под командованием М. Фрунзе, опираясь на многократный перевес в силах, удалось окружить Махно в Андреевке у Азовского моря, но 14–18 декабря 1920 г. Махно прорвался на оперативный простор. Однако ему пришлось уйти на Правобережье Днепра, где у махновцев не было достаточной поддержки населения. В ходе тяжелых боев в январе — феврале 1921 г. махновцы прорвались в родные места.

С разгромом Врангеля широкомасштабная Гражданская война в России закончилась. Но продолжались и революция, и Гражданская война в локальных очагах, в том числе повстанческих.

Разгром белого движения привел к вступлению российской революции в новую фазу. Теперь исчезла угроза реставрации дореволюционного режима силами белого движения. Крестьяне больше не опасались, что белые отнимут у них землю. Тысячи рабочих теперь не боялись массовых репрессий против участников революции со стороны контрреволюционеров. Исчезновение этой угрозы лишило оснований политику «военного коммунизма», которая формировалась в условиях мобилизации всех сил ради победы в Гражданской войне. Но большевики не собирались отказываться от «военного коммунизма», так как считали его прямой дорогой к новому коммунистическому обществу. Режим был сохранен во всей полноте. Социальная напряженность стала стремительно нарастать.