Для каждого ракетного полка БЖРК выбирался и оборудовался в геодезическом и геологическом отношении свой маршрут боевого патрулирования, на котором выбиралось боевые стартовые позиции, полевые учебно-боевые стартовые позиции и выжидательные позиции. Маршруты боевого патрулирования ракетных полков пролегали по нескольким железным дорогам, отделениям железных дорог.

В местах базирования и патрулирования БЖРК были проведены работы по укреплению полотна: уложены более тяжелые рельсы, деревянные шпалы заменены на железобетонные, насыпи подсыпаны плотной щебенкой.

Сложной и новой задачей для РВСН являлась разработка системы эксплуатации подвижных ракетных комплексов, в частности БЖРК. Необходимы были и новые подходы к вопросам охраны и обороны. В целом внедрение БЖРК потребовало не только изменения системы эксплуатации комплексов, но и взглядов на нее в условиях дежурства и боевых действий. Эти многие другие вопросы требовали безотлагательного решения, для этого в командовании РВСН проводились штатные изменения, перераспределялись специалисты.

Ситуация значительно облегчалась тесной связью Главного управления ракетного вооружения (ГУРВО), Главно — го управления эксплуатации ракетного вооружения (ГУЭРВ), 7-го Главного управления Минобщемаша СССР и предприятий промышленности. В совместной работе, обсуждениях накапливался бесценный опыт. Постановка комплексов БЖРК на эксплуатацию была новой для армии и промышленности задачей. Естественно, возникало множество организационных и технических вопросов. Решались они совместно специалистами РВСН и промышленности. Такая методика постановки ракетных комплексов за многие годы была отработана в Министерстве обороны СССР и Минобщемаше СССР. Специалисты промышленности не только осуществляли помощь при постановке комплексов на дежурство, но и вели авторский и гарантийный надзор. В Минобщемаше СССР существовало для этого специальное 7-го Главное управление. Его полномочные представители находились непосредственно в частях и организовывали решение промышленными предприятиями возникающих вопросов.

После принятия решения о развертывании БЖРК Министерство путей сообщения СССР провело масштабную работу для подготовки будущих маршрутов боевого патрулирования БЖРК. Всего была проведена модернизация нескольких тысяч километров путей. На мало напряженных линиях вдруг менялся железнодорожный путь (укладывались рельсы более тяжелого типа, железобетонные шпалы), в случае необходимости менялись мосты и путепроводы, станции и перегоны оснащались более современными типами сигнализации, централизации, блокировки и связи. На всех будущих маршрутах патрулирования строились полевые площадки, на перегонах появлялись разъезды, укладывалось дополнительно 2-3 км пути, хотя поблизости не было никакого населенного пункта и вроде бы станция здесь ни к чему. Разъезд этот был необслуживаемым, т.е. не было ни здания станции, ни поста путейцев и пр. Таких разъездов было построено около двух сотен. Они существуют и по сей день.

С самого начала работ по БЖРК придавалось особое значение обеспечению безопасности их эксплуатации. Ракеты ведь снаряжены высокоэнергетическим топливом и оснащены специальными зарядами в боевых блоках. Особое значение это стало приобретать в период ослабления государственных институтов, повышения вероятности появления агрессивных и террористических групп.

Но, как это было принято, безопасность БЖРК закладывалась на этапах разработки и поддерживалась в процессе эксплуатации. Проводилось много различных мероприятий и испытаний, в том числе и на прострел ракет стрелковым оружием, безопасности при ударах и пожарах. Внедрялись и организационные меры по повышению безопасности, оснащению техническими средствами. По данным заместителя Главнокомандующего РВСН А.А. Ряжских: «Опыт эксплуатации наземных подвижных ракетных комплексов, не только БЖРК, показал, что безопасность надежно обеспечивалась техническими и организационными мерами».

Особенностью БЖРК было то, что перед тем, как он мог прибыть в пункт постоянной дислокации (ППД), его перемещали с завода-изготовителя в городе Павлограде на железнодорожную станцию Березановка. На ней выдерживали в течение семи суток, показывая всем средствам космической разведки партнеров по договору об СНВ. И только после этого перемещали в пункт постоянной дислокации. Формально это вытекало из советско-американских договоров по контролю за стратегическими вооружениями. Но была и более веская причина, о которой было не принято говорить — потенциальный агрессор должен был знать о реальном существовании систем, способных нанести ответный удар. Это вообще одна из главных задач для комплексов ответного удара.

Что же касается идентификации противником БЖРК на маршруте патрулирования, то полностью «поездом-невидимкой» он не был. Опытный специалист мог определить, что это за поезд. Но куда и когда он дальше проследует в процессе штатной эксплуатации, достоверно определить было невозможно.

Практика показала, что при четко отработанной системе предупреждения о нападении противника и системе управления движением БЖРК, предусматривающей экстренный выход его с места стоянки, поразить его или вывести из строя не представлялось возможным. БЖРК за это время мог уйти с места стоянки и удалиться на расстояние, гарантирующее его выживание. В угрожаемый период, с приведением войск в высшие степени боевой готовности интенсивность перемещения БЖРК на маршрутах патрулирования могла быть значительно увеличена.

Для обеспечения безопасности перемещения БЖРК, отработки взаимодействия между дивизией и отделением железной дороги в 1988 году было проведено учение с привлечением восстановительных поездов. На учении реально отрабатывались действия при опрокидывании вагонов БЖРК, сходе их с рельсов. По результатам учений были выработаны мероприятия по действиям подразделений МПС и Министерства обороны при возникновении чрезвычайных ситуаций с БЖРК.

Большую роль в развитии научно-методического обеспечения эксплуатации БЖРК, подготовке командно-инженерных кадров, исследовании вопросов боевого применения сыграла Военная академия имени Петра Великого. В сложные годы второй половины 90-х годов начальником академии был Н.Е. Соловцов, опытный и авторитетный генерал, прошедший большой армейский путь. Когда в 2001 году он был назначен командующим РВСН, он делал все возможное для сохранения группировки комплексов на уровне, обеспечивающем гарантированное ядерное сдерживание от возможной агрессии против России. Однако на его нелегкую долю выпало руководство непростой процедурой ликвидации БЖРК. При этом он вместе со специалистами промышленности нашел оптимальные формы взаимодействия.

Н.Е. Соловцов в то время (2004) считал: «РВСН вынуждены навсегда распрощаться с БЖРК, поскольку ракеты этих комплексов, производившиеся на Украине, полностью выработали ресурс». Николай Соловцов оценил комплексы РТ23УТТХ как «прекрасное оружие» и с сожалением отметил, что «такого комплекса у России уже, наверное, не будет никогда». Эта точка зрения была с технической стороны вполне обоснована, но существенным было воздействие и политических факторов. Позднее, с изменившейся обстановкой, в 2013 г., он уже не исключал, что в случае политического решения может быть разработан новый БЖРК, но «это будет совершенно другая ракета, совершенно другой комплекс».