Положение Теодори в принципе не изменилось и 2 октября, когда на заседании Реввоенсовета Республики в составе Главнокомандующего, 3-х членов совета (И.Н. Смирнова, С.И. Аралова и К.Х. Данишевского), двух генштабистов (Г.И. Теодори и И.Д. Чинтулова) и политкомиссара (М.Г. Тракмана) Оперативного отдела Наркомвоена было принято решение о непосредственном подчинении Оперода со всеми отделениями Реввоенсовету Республики и переименовании отдела в Управление делами (УД) РВСР. В УД РВСР должна была сосредоточиться вся разведка и контрразведка, для чего туда передавались материалы бывшего Высшего военного совета, а также оперативного и военно-статистического отделов ВГШ [205] . Управляющим делами должен был стать член РВСР, бывший зав. Оперода С.И. Аралов, его заместителем — бывший зам. зав. Оперода большевик В.П. Павулан; начальником штаба УД РВСР — генштабист Г.И. Теодори. РВСР предписал бывшему Опероду внести изменения в свои штаты [206] .

7 октября 1918 г. Семен Аралов, предчувствуя скорую победу над Всероссийским главным штабом, направил Льву Троцкому штаты Оперативного управления ВГШ, указав в препроводительной, что в нем служит 28 чинов Генерального штаба, а в его Опероде всего 12. Аралов просил вернуть ему двух генштабистов, направленных в командировку, поясняя, что каждому из них «поручена ответственная и сложная работа и отсутствие кого-нибудь вызывает нарушение стройности работы всего Оперода», а в связи с переформированием отдела в Управление делами РВСР «потребуется большая ответственность работы, особенно по разведке и контрразведке». Аралов не преминул напомнить при этом: «налаживание служебного аппарата и деятельности Оперода создавалось с большим трудом в течение 4 месяцев» [207] .

Постановление РВСР от 2 октября вызвало большую путаницу. 18 октября ВГШ перевел на его основании Реввоенсовету Республики кредиты на свою военную контрразведку 522 724 руб. и обязался перевести еще 2 371 302 руб. «по утверждении сметы и кассового расходного расписания на второе полугодие 1918 года». Финансовый отдел РВСР (ФИНО), явно не ожидавший прихода денег, 13 ноября запросил ВГШ, «по чьему распоряжению переводится упомянутый кредит Реввоенсовету Республики и на какой предмет» [208] . В ноябре 1918 г. руководство военно-статистического отдела Оперативного управления Всероглавштаба отписало ответ: «Согласно постановления Революционного военного совета Республики от 2 октября с.г., опубликованного в № 132 «Известий Народного комиссариата по военным делам», разведка и контрразведка Всероссийского главного штаба были переданы в Управление [делами] Реввоенсовета Республики, вследствие чего Оперативным управлением было сделано распоряжение о переводе кредитов, ассигнуемых по смете Всероссийского главного штаба на разведку и контрразведку Реввоенсовету Республики. В число переведенных кредитов входят также и отпускавшиеся ранее на вышеозначенные цели Высшему военному совету, включившему их особой графой в смету Всероссийского главного штаба и ныне, по указанному постановлению, вошедшему в состав Управления Реввоенсовета Республики» [209] .

В реорганизации не сразу разобрался даже Лев Троцкий, написавший Эфраиму Склянскому: «Вацетис, очевидно, тоже осознал необходимость отделения организационной работы от боевой и переименовал штаб Раттеля в Полевой штаб Реввоенсовета [210] , подчинив его Главкому и возложив на него, таким образом, боевую работу» (машинописный вариант). Склянский напротив слов «переименовал штаб Раттеля в Полевой штаб Реввоенсовета» пометил: в штаб «Главкома?». Таким образом, в сути реорганизации не разобрался толком даже сидевший на делах Эфраим. От руки Троцкий дописал: «Оперод переименован в Управление [РВСР] с функциями контрразведки, военно-политической роли армии и т. д. Нет, таким образом, органа в Москве, который являлся бы представителем Реввоенсовета и руководил бы текущей работой центрального аппарата» [211] . Речь в документе шла о московской и арзамасской группах Реввоенсовета Республики.

Самое интересное, что в итоге — во изменение постановления РВСР от 2 октября 1918 г. — Управление делами (Управделами) РВСР создали на базе Управления делами Наркомвоена, а на основе Штаба Высшего военного совета и Оперода создали Полевой штаб РВСР. Благодаря работе Г.И. Теодори к моменту переформирования в Полевой штаб Реввоенсовета Республики число сотрудников Оперода сократилось с 9—10 тысяч до 295 человек [212] . Реорганизация положила формальный конец притязаниям Аралова и поддерживавшим его генштабистам ускоренного выпуска 1917 г.

1 ноября вышел приказ о расформировании Оперативного отдела Наркомвоена. Все, кто не хотел покидать Москву и отправляться на место дислокации создаваемого вместе Высшего военного совета и Оперода Полевого штаба — Серпухов, обязывались сообщить об этом через своих начальников Теодори. Канцелярское имущество передавалось первому центральному органу руководства военными разведкой, контрразведкой и цензуры — Регистрационному управлению Полевого штаба РВС Республики (оно оставалось в Москве), кроме большой пишущей машинки Отделения передвижений Оперода — она досталось в итоге Курсам разведки и военного контроля. Регистрационному управлению перешел по наследству и караул Оперода. Здание Оперода на Пречистенке № 37 отводилось РУ, «разведывательный отдел» (так в тексте приказа, вероятно, предполагалось создание разведоргана не в составе РУ) и автобазе Полевого штаба; квартиры 23 и 1 по Пречистенке № 39 отводилось под жилье слушателям Курсов разведки и военного контроля. А.Ф. Боярский уже получил приказ немедленно освободить помещение гаража для Курсов. Ликвидировали дела генштабист В.Ф. Тарасов, большевики В.Ф. Семенов и Е.В. Гиршфельд [213] . Однако пока формировали Полевой штаб и, в частности, его Регистрационное управление, Оперод продолжал свою работу.

Полевой штаб вполне мог возглавить однокурсник Теодори Парфений Майгур: он был начальником штаба у Вацетиса, на Восточном фронте [214] . Не случилось — РВС Республики посчитал, что генштабист ускоренного выпуска недостаточно подготовлен для занятия столь ответственного поста. Но и начальник Штаба Высшего военного совета — РВСР, с которым Оперод был на ножах, не оказался на руководящей работе в новой Ставке. 22 октября 1918 г., сдавая должность Ф.В. Костяеву, начальник Штаба РВСР Н.И. Раттель объявил в приказе по штабу: «В совместной работе с[о] многими из служащих штаба я провел непрерывно с конца февраля с.г. — сначала в должности начальника военных сообщений [Высшего военного совета], позже начальника Штаба Высшего военного совета и, наконец, в должности, сегодня сданной моему преемнику. Почти 8 месяцев, проведенных в непрерывной совместной работе по существу в одном и том же учреждении, сроднили меня с ним, и я с горячим сожалением покидаю дружные ряды тружеников штаба. Отправляясь к месту своей новой службы и выполняя веление сердца, прошу всех служащих штаба принять мою искреннюю признательность и сердечную благодарность за оказанную мне их работою помощь при выполнении моих обязанностей» [215] .

5 ноября 7 служащих Оперода были переведены в Военную академию РККА [216] .4 ноября приказом по Опероду объявлялось решение о назначении в Полевой штаб 175 сотрудников Оперативного отдела Наркомвоена [217] , 5 ноября еще II [218] . Данные, вне всякого сомнения, неполные: в списке нет машинисток В.П. Троицкой и Н.А. Голубович, которые затем сыграют роковую роль как в судьбе Г.И. Теодори, так и всего Полевого штаба Реввоенсовета Республики.