Для максимального обеспечения безопасности РККА 3 мая 1919 г. Оргбюро ЦК приняло предложение Дзержинского, чтобы представитель Особого отдела ВЧК «еженедельно делал доклады чл[ену] ЦК Сталину для доклада Оргбюро или непосредственно Оргбюро». О состоявшемся решении поставили в известность М.С. Кедрова [672] : Сталин был человеком жестким, и Дзержинский, очевидно, надеялся с его помощью расправиться с самостоятельностью заведующего Особого отдела, упорно именовавшего себя председателем Управления 00 ВЧК. Сталин и Дзержинский сработались еще в январе 1919 г., когда их вместе направили для ликвидации «Пермской катастрофы», в результате которой пострадал престиж Троцкого и его аппарата.

13 мая Совет Обороны одобрил подготовленное в РВСР постановление о переподчинении особых отделов. Военные добились на совместном заседании Политического и Организационного бюро ЦК прав для Реввоенсоветов назначения и смещения с должностей соответствующих начальников Особых отделов. Более того, Оргбюро и лично Феликсу Дзержинскому поручили «найти ответственных руководителей для Особого отдела ВЧК». Фактически военные получили согласие на замену Кедрова на посту руководителя ОО при ВЧК, хотя допустить к руководству военной контрразведкой человека Троцкого партийное руководство ни за что бы не согласилось [673] .

В условиях лета 1919 г., когда одно контрреволюционное выступление в армии следовало за другим, а в центре — в Москве — агентурные сводки курировавшего центральный военный аппарат и отчасти Полевой штаб Особого отдела при МЧК фиксировали рост градуса напряженности, обособленность аппарата ОО ВЧК стала недопустимой. К тому же случались и откровенные курьезы. 25 июля, получив требование Дзержинского об аресте двух очередных «заговорщиков» (командующего 12-й армией генштабиста Г.Я. Кутырева и члена РВС большевика Н.А. Семашко), Троцкий, не удостоив председателя ВЧК личным ответом, передал своему заместителю для доклада в ЦК: «Принимая во внимание ряд произвольных арестов, которые несут жесткую дезорганизацию», дальнейшие аресты проводить «только по прямому постановлению Цека». Склянский направил телеграмму Троцкого Ленину, Стасовой и Смилге [674] . Кутырев и Семашко были арестованы: первый за требование подчинения 7-й армии (как известно, руководимой членом Политбюро Г.Е. Зиновьевым), а второй — за хорошее отношение к военным специалистам. Из документов можно сделать предположение, что это были козни Зиновьева. Косвенно это подтверждается длительным отсутствием реакции на телеграммы Троцкого по этому поводу в ЦК РКП(б) [675] , результатом был состоявшийся, вопреки заверения Троцкого, арест Кутырева и Семашко. Тогда председатель РВСР через Склянского отписал в Центральный комитет партии: «Прошу сообщить, почему арестован Семашко. Напоминаю, что это партийный работник с серьезными заслугами по части организации формирований. Его преступление на Запфронте состояло в том, что он требовал подчинения 7-й армии Запфронту. Он был арестован против состоявшегося соглашения Лациса и Раковского, против моего заявления, что без санкции ЦК он арестован не будет. От ЦК никакого ответа я не получил на свой запрос. Между тем Семашко арестован. Жду ответа. Жабин — политком 11 — й дивизии — его характеризует с лучшей стороны. Дивизию он привел в хорошее состояние. Из доклада вытекает совершенно недопустимое и прямо преступное отношение к русским частям на Латышском фронте. Доклад препровождается с курьером» [676] .

6 августа 1919 г. Полит- и Оргбюро на совместном заседании рассмотрело вопрос об аресте ГЯ. Кутырева, по итогам чего приняло решение «запросить Павлуновского» [677] . 13 августа 1-й заместитель Особого отдела отписал Склянскому для Троцкого: «Передаю 2 документа, из которых первый представлен по моему требованию: [I.] “Товарищу Склянскому. По делу об аресте члена Реввоенсовета Семашко и генштаба Кутырева могу дать следующие объяснения: 1) В следствии о Зап[адном] фронте имеются материалы о Семашко и Кутыреве, материалы вполне достаточные для возбуждения против них следственного процесса, но ни в коем случае недостаточные для ареста указанных лиц; 2) Примерно месяц тому назад в Москве был заместитель т. Лациса, которому я и передал все фактические данные о Семашко и Кутыреве, с тем чтобы УкрЧК провела дальнейшее по данным Особого отдела следствие, сама сделал[а] определенные выводы; 3) Категорически утверждаю, что никаких распоряжений ни в письменной, ни в устной форме об аресте Семашко и Кутыреве не отдавал и отдавать не мог. Я неоднократно советовался с т. Гусевым и Данишевским о том, как удобнее вызвать их для допроса по делу, причем если и предусматривалась возможность ареста Семашко, то только в связи с его показаниями по делу; 4) Арест и доставление в Москву Семашко и Кутырева явились для меня полной неожиданностью, сорвавшей дело. С товарищеским приветом Павлуновский”; II. Удостоверение… члену Реввоенсовета Семашко, генштабу Кутыреву и делопроизводителю Рогозину, с тем что они освобождены из-под ареста без предъявления обвинения» [678] . Словом, я не я и лошадь не моя. А в дураках в очередной раз оказался Великий и Могучий Лев Давидович. Только Троцкий был не тем человеком, который мог стерпеть издевательства бывшего матроса. 15 августа председатель РВСР выразил в телеграмме «крайнее сожаление» по поводу состоявшегося-таки неправомерного ареста Кутырева и Семашко из 12-й армии («безобразия») [679] . Из приказа по Полевому штабу следует, что 16 августа ГЯ. Кутырев отправился к себе в 12-й армию [680] . Вероятно, требования Троцкого на этот раз не были проигнорированы. Но особисты уже не могли остановиться. Узнав о замыслах очередных арестов (на этот раз командира бригады Афонского), Троцкий 14 августа 1919 г. назвал заместителя Кедрова И.П. Павлуновского «человеком психически неустойчивым», которому «невозможно» «выдавать… заслуженных работников на основе его подозрений». Председатель РВСР предложил Политбюро ЦК телеграммой заменить руководителя 00 ВЧК на «ответственное лицо, внушающее доверие к способности разобраться в деле и в людях» [681] . Обвинение Афонского было основано на фабрикации 4-месячной давности «удостоверений с подложными печатями» (15 августа Троцкому доложил об этом Склянский) [682] . Троцкий 18 августа возложил на Склянского решение вопроса по сношению с 00 ВЧК [683] . В тот же день Политбюро, рассмотрев телеграмму Троцкого, отказало в освобождении Афонского: «Из представленных Особым отделом документов выяснилось, что Афонский привлекается Ревтрибуналом 6-й армии и что против него имеются весьма серьезные обвинения». К сложившейся ситуации Политбюро отнеслось со всей серьезностью: «Постановлено поручить разбор этого дела комиссии в составе: тт. [Х.Г.] Раковского, [Г.Л.] Пятакова и [Я.Х.] Петерса. ЦК придает этому делу особое значение ввиду серьезности улик, просит срочно рассмотреть дело и представить на заключение в ЦК» [684] . Относительно Павлуновского «ЦК находит, что никаких данных для присоединения к мнению Троцкого нет». Возможно, на вердикт повлияло присутствие на заседании Феликса Дзержинского: военное ведомство представлял Эфраим Склянский, не имевший в партии никакого веса [685] . Да и член Коллегии ВЧК Петерс обязан был отстаивать позиции Павлуновского. По сути решение Политбюро представляло собой негласную легализацию политики Особого отдела в отношении сотрудников ведомства Троцкого. Однако и оставлять неуправляемого Кедрова у руководства военной контрразведкой было недопустимо. 18 августа 1919 г. Особый отдел ВЧК возглавил председатель ВЧК Дзержинский; 1-м заместителем председателя ОО стал И.П. Павлуновский [686] .

28 июля 1919 г. на заседании Оргбюро ЦК Дзержинский поставил вопрос о переводе члена коллегии ВЧК Варлаама Аванесова из Наркомата госконтроля на работу в ОО ВЧК вследствие важности работы Особого отдела. ОБ высказалось за перевод Аванесова, но окончательное решение оставили до согласования с наркомом госконтроля Иосифом Сталиным. Исследователь О.И. Капчинский в этой связи отметил, что Аванесов к тому времени уже входил в коллегию ВЧК как представитель ВЦИК и Наркомата госконтроля и хорошо знал контрразведывательную работу [687] . В.А. Аванесов стал 2-м заместителем председателя ОО [688] .

При этом осенью 1919 г. Особый отдел ВЧК по требованию Троцкого смещал начальников особых отделов на фронте [689] .

До Политбюро не дошел другой скандал, связанный с Мартыном Лацисом. 20 ноября 1919 г. во Всероссийский главный штаб и РВСР обратился с рапортом военный комиссар Западного военного округа, который был на ножах с Особым отделом Западного фронта: Лацис арестовал военного руководителя ЗапВО Александра Николаевича Де-Лазари, по мнению военкома, необоснованно. После освобождения Де-Лазари из-под ареста и амнистирования, о чем член РВС Западного фронта И.И. Юренев сообщил в Москву, притеснения Лацисом других руководителей окружного военкомата продолжались. Военком просил пресечь деятельность ревизионной комиссии под председательством Лациса, назначить новую комиссию из центра для ревизии деятельности комиссариата, немедленно отстранить Лациса от занимаемой должности и предать его суду, прекратить дело Де-Лазари. Естественно, последнее пожелание РВСР оставил без последствий, но уже 21 ноября поставил убрать Лациса из военной контрразведки Западного фронта, изменить состав ревизионной комиссии, для чего направить туда представителя и комиссара от Военно-морской инспекции [690] .

В структуре ОО ВЧК в 1919 г. осталось наследство Отдела военного контроля — Регистрационное отделение во главе с Я.П. Роценом, который 25 июля 1919 г. возглавил Регистрационный отдел ВЧК, переименованный 25 мая 1920 г. в Регистрационно-статистический [691] . В задачи Регистрационного отделения в 1919 г. входили сбор и анализ материалов о шпионских и контрреволюционных организациях, применяемых ими приемах преступной деятельности. В составе отделения наметили создание так называемых «столов» архивариусов и делопроизводителей. «Столы» фактически приступили к формированию «текущего архива» Особого отдела. Регистрационный отдел состоял из трех отделений: учета преступного элемента, состоящего из столов политпартий и духовенства, контрреволюционных, шпионских и белогвардейских элементов, уголовного элемента, а также арестованных лиц; 2) учета комсостава Красной армии; 3) учета советских служащих, а также стола регистрации иностранных подданных, карточного бюро и архива ВЧК [692] . 12 декабря 1919 г. Президиум ВЧК, рассмотрев вопрос «О правильной регистрации дел, находящихся в подведомстенных учреждениях ВЧК в регистрационном отделе ВЧК», вменил в обязанность комендантам ВЧК, Особого отдела ВЧК, МЧК, Особого отдела при МЧК, Транспортного отдела ВЧК, РТЧК центра, всех УТЧК Московского узла ежедневно доставлять к 11 часам утра списки арестованных и освобожденных за истекшие сутки [693] . Более того, заведующий Регистрационным отделом (Роцен) лично обязывался «ежедневно» докладывать Президиуму о правильности поступающих в Регистрационный отдел сведений. Не зря 21 ноября 1920 г. Дзержинский писал: «Самое важное — это организация справок, собирание материалов однородных в одно и прозрачность дел заключенных» [694] .

На апрель 1919 г. структура Управления Особого отдела ВЧК выглядела следующим образом: председатель (М.С. Кедров), 1-й заместитель председателя и одновременно заведующий Секретно-оперативным отделом (А.В. Эйдук), 2-й заместитель председателя (И.П. Павлуновский), Общее отделение (по сути секретариат, Ф.И. Эйхманс), Активное отделение (агентурная работа, наблюдение, аресты и обыски, А.Х. Артузов), Следственное отделение (врид В.Д. Фельдман), Организационно-инструкторское отделение (врид И. Зорин), Регистрационное отделение (Я.П. Роцен), Комендантское отделение (Крумин), Казначейское отделение (В.И. Гайлит), Бюро по выдаче пропусков (Барда) [695] . В.И. Гайлит работал еще в Опероде Наркомвоена — бухгалтером Контрольной комиссии; таким образом, только двое из девяти начальников структурных подразделений Особого отдела ВЧК были бывшими сотрудниками Аралова [696] .