Одним из инициаторов ее постройки являлся граф С.Ю. Витте. Став в 1892 году министром финансов, он подал Александру III докладную записку, в которой впервые наметил широкую программу политического, экономического и военного развития Дальнего Востока. Основу развития дальневосточных владений России С.Ю. Витте видел, прежде всего, в строительстве Великой сибирской магистрали. Помимо всех политических и экономических выгод, железная дорога, по мнению С.Ю. Витте, должна была обеспечить «русскому военному флоту все необходимое, дать ему твердую точку опоры в наших военных портах. С открытием дороги… флот может быть значительно усилен и в случае политических осложнений… получит… важное значение, господствуя над всем международным коммерческим движением в тихоокеанских водах». Мудрый политик, С.Ю. Витте прекрасно понимал, что только флот может обеспечить надежную защиту далеких российских окраин и ее заморских территорий.

В 1894 году в Корее вспыхнуло восстание. Якобы в помощь корейскому правительству Китай и Япония ввели в Корею свои войска. В конечном итоге эта «помощь» обернулась войной между Китаем и Японией. Озабоченное безопасностью своих границ русское правительство отнюдь не желало видеть Японию в качестве своего соседа еще и на суше. Как вести себя перед лицом возникшей японской угрозы? Этот вопрос явился предметом обсуждения на ряде так называемых «Особых совещаний», в которых участвовали ведущие министры, нередко под председательством царя.

Первое Особое совещание состоялось 21 августа 1894 года. Его решение звучало так: попытаться совместно с Англией добиться прекращения японо-китайской войны на основе «сохранения status quo». Однако из этого ничего не вышло. Япония продолжала военные действия, и вскоре Китай был разбит. После непродолжительного сопротивления в ноябре 1894 года пал и Порт-Артур.

Второе Особое совещание состоялось 1 февраля 1895 года. На этот раз приходилось уже считаться с захватом Японией Кореи, части Маньчжурии, полуострова Ляодун и ряда других территорий. На совещании обсуждался вопрос, стоит ли России в качестве стратегической компенсации оккупировать один из островов, лежащий на юге Кореи? Не надеясь на готовность флота, управляющий Морским министерством П.П. Тыртов предложил действовать лучше на суше — занять часть Маньчжурии. С этим не согласился военный министр П.С. Ванновский. Он отверг возможность использования против Японии сухопутных сил. На востоке их просто не было.

В конечном итоге изгнать Японию с материка удалось дипломатическим путем. В результате совместного нажима ряда европейских государств Япония вынуждена была отказаться от военного присутствия и в Маньчжурии, и в Корее. Однако в соответствии с подписанным 17 апреля 1895 года мирным договором с Китаем она оставила за собой Ляодунский полуостров и Порт-Артур. Это не устраивало Россию. Поддерживаемая Германией и Францией Россия заявила протест, в котором говорилось, что обладание Японией Ляодунским полуостровом явилось бы «вечной угрозой Китаю, делало бы призрачной независимость Кореи и было бы вечным препятствием прочности мира»». Буквально через неделю после подписания мирного договора представители России, Германии и Франции одновременно, но каждый в отдельности потребовали от японского правительства отказа от Ляодунского полуострова. Ультиматум трех государств, обладавших на Тихом океане мощными морскими силами, подействовал отрезвляюще, и 10 мая 1895 года Япония возвратила Китаю весь Ляодунский полуостров, правда, оговорив себе при этом существенное увеличение контрибуции.

Отказ Японии от Ляодунского полуострова и Порт-Артура явился первым успехом русской дипломатии на Дальнем Востоке. Вся последующая деятельность России в этом регионе связана с именем С.Ю. Витте. Для уплаты контрибуции Китаю требовались деньги, и деньги немалые. Китайское правительство начало переговоры с европейскими банками. Воспользовавшись трудностями переговоров, С.Ю. Витте предложил Китаю добыть для него у французских банкиров под гарантию русского правительства заем в 150 миллионов рублей. В июле 1895 года контракт между Китаем, французскими банками и российским правительством был подписан. К концу 1895 года по инициативе С.Ю. Витте под покровительством русского правительства был учрежден Русско-китайский банк. Руководящее положение в правлении банка принадлежало России. Устав банка предусматривал самые разнообразные операции на Дальнем Востоке, вплоть до получения железнодорожных концессий на всей территории Китая.

В апреле 1896 года на коронацию Николая II приехала китайская делегация. Переговоры, проходившие в Москве при активном участии С.Ю. Витте, завершились договором об оборонительном союзе России и Китая против Японии. При нападении Японии на Китай, Корею или на восточные владения России каждая из сторон обязалась оказать помощь другой своими вооруженными силами. Для доставки войск в случае войны Китай разрешил России построить железную дорогу через Маньчжурию до Владивостока. Концессию на ее строительство получил Русско-китайский банк. С.Ю. Витте добивался разрешения на ответвление дороги к Порт-Артуру, но получить концессию на это не удалось. Договор между Китаем и Русско-китайским банком о строительстве железной дороги был подписан в сентябре 1896 года. Для строительства и эксплуатации железной дороги банк учредил Общество Китайской Восточной Железной Дороги (КВЖД). Фактически Общество финансировалось русской казной. Контракт предоставлял Обществу КВЖД исключительные права, в том числе право управлять всеми землями, входившими в полосу отчуждения, отведенную под строительство дороги. Общество КВЖД имело даже право создавать на территории Китая свою собственную вооруженную полицию.

В конце 1897 года Германия предприняла попытку приобрести в дальневосточных водах военно-морскую базу. Выбор морского министра адмирала А. Тирпица, в прошлом командующего дальневосточной эскадрой, пал на бухту Киао-Чао (Циндао). При посещении в Петергофе своего двоюродного брата Николая II кайзер Вильгельм II постарался выяснить, как отнесется Россия к захвату Циндао. Государь заверил его, что Россия не претендует на Циндао, но поскольку русский флот пользуется в этой бухте правом преимущественной якорной стоянки, Николай II считал необходимым, чтобы Германия согласовала свои действия с российским морским командованием.

В процессе переговоров немцы предложили России компромисс: не возражать против захвата Германией Циндао и вознаградить себя приобретением Порт-Артура. Однако ждать завершения переговоров немцы не стали, и в ноябре 1897 года без согласования с российской стороной высадили десант в Циндао. В результате возникла острая ситуация, грозившая русско-германским конфликтом. Впрочем, обстановка вскоре разрядилась. Правительство России приняло предложение немцев, и в декабре 1897 года русская эскадра вошла на рейд Порт-Артура. В марте 1898 года был подписан договор с Китаем о сдаче России в аренду Порт-Артура и Ляодунского полуострова сроком на 25 лет. Одновременно Китай согласился на постройку Россией железной дороги от Порт-Артура до Харбина — для соединения с КВЖД.