Начальниками управления за период его существования были А.Ф. Кадышев, Ф.Д. Бобков (с 23 мая 1969 г. по 18 января 1983 г., когда он был назначен первым заместителем председателя КГБ), И.П. Абрамов, Е.Ф. Иванов, который позднее стал также первым начальником управления «З» («Защиты конституционного строя», созданного на основе 5 Управления КГБ СССР 13 августа 1989 г.), В.П. Воротников.

В августе 1969 г. был образован 7 отдел, в который были выведены из 5 отдела функции выявления и розыска авторов анонимных антисоветских документов, содержащих угрозы террористического характера, а также оперативной разработки и предупреждения враждебной деятельности лиц, вынашивавших террористические намерения.

В июне 1973 г. был образован 8 отдел по борьбе с подрывной деятельностью зарубежных сионистских центров и спецслужб Израиля, а в следующем году — 9 и 10 отдел. На 9 отдел 5 управления КГБ возлагались задачи оперативной разработки антисоветских группирований, имеющих связи с зарубежными центрами идеологической диверсии, а 10 отдел, совместно с ПГУ КГБ, занимался вопросами проникновения в структуры, выявления планов и замыслов зарубежных спецслужб и центров идеологических диверсий и осуществлением мероприятий по парализации и нейтрализации их деятельности.

В июне 1977 г., в преддверии проведения XXII Олимпийских игр в Москве, был создан 11 отдел, призванный проводить «осуществление оперативно-чекистских мероприятий по срыву идеологических акций противника и враждебных элементов в период подготовки и проведения летних Олимпийских игр в Москве». Отдел этот тесно контактировал свою работу с 11 отделом ВГУ, также занимавшимся борьбой с международным терроризмом.

12 группа 5 управления, на правах самостоятельного отдела, обеспечивала координацию работы с «органами безопасности друзей», как именовались спецслужбы социалистических государств.

В феврале 1982 г. был образован 13 отдел для выявления и пресечения «негативных процессов, имеющих тенденцию к перерастанию в политически вредные проявления», в том числе изучения нездоровых молодежных формирований — мистических, оккультных, профашистских, рокеров, панков, футбольных «фанатов» и им подобных. Также на отдел возлагалась задача обеспечения безопасности проведения массовых общественных мероприятий в Москве — фестивалей, форумов, разного рода конгрессов, симпозиумов и т. д.

14 отдел занимался предотвращением акций идеологической диверсии, направленной в среду журналистов, сотрудников СМИ, общественно-политических организаций.

В связи с образованием новых отделов, штат управления к 1982 г. увеличился до 424 человек.

Всего же, как вспоминал Ф.Д. Бобков, по линии деятельности 5-го управления, «пятой линии» в КГБ служило 2,5 тысячи сотрудников. В среднем в области в 5 службе или отделе работало 10 человек. Оптимальным был и агентурный аппарат, в среднем на область приходилось 200 агентов.

Отметим, что с образованием 5 Управления КГБ при СМ СССР приказом председателя были запрещены все аресты и привлечения к уголовной ответственности по статье 70 УК РСФСР («за антисоветскую агитацию и пропаганду») территориальными органами госбезопасности без санкции нового управления.

В то же время, обязательными условиями для возможного ареста и возбуждения уголовного дела стали наличие иных, помимо признания обвиняемыми лицами собственной вины, источников доказательств — вещественных доказательств, заявлений очевидцев и показаний свидетелей.

Как отмечал Ф.Д. Бобков, «мы совершенно сознательно и обосновано пошли на то, чтобы принять на себя ответственность за последствия принимаемых решений о привлечении к уголовной ответственности. И надо сказать, что это наше требование, объявленное приказом председателя КГБ для территориальных органов (хотя оно и не касалось прав и полномочий подразделений военной контрразведки — 3 Главного управления КГБ), было весьма неодобрительно воспринято руководителями управлений КГБ, которые увидели в нем «покушение» на собственные прерогативы и полномочия.

Хотя, объективно, это жестко проводившееся в жизнь решение только способствовало повышению качества следственной работы, разумеется, проводившейся под прокурорским надзором.

И арестов таких было немного. В основном они приходились на такие мегаполисы как Москва, Ленинград, а по республикам СССР их насчитывались буквально единицы».

Не предваряя конкретных статистических данных, которые мы представим читателям далее, сразу оговоримся, что это утверждение подтверждает и одна из наиболее информативных работ по данной проблеме –

Монография Председателя Московской Хельсинкской группы (МХГ) Л.М. Алексеевой «История инакомыслия в СССР: Новейший период». (М., 2001), в которой приводятся фамилии около 200 «гражданских активистов», якобы «преследовавшихся КГБ».

Во-вторых, Андропов в 1972 г. запретил проведение розыска авторов разного рода анонимных воззваний, обращений и писем, за исключением тех случаев, когда в них содержались угрозы совершения насильственных антигосударственных действий, в том числе террористических актов, призывы к совершению государственных преступлений.