На початку наступного року лідери повстанців вели переговори з Мазепою і царем про прийняття Правобережжя під булаву гетьмана Мазепи і «високу царську руку». 2 березня 1704 р. Петро І спеціальним листом закликав Палія негайно передати Білу Церкву полякам і капітулювати, інакше його змусять виконати вказівку російські війська. Самусь як наказний гетьман передав 5 лютого 1704 р. булаву Мазепі. Палій же відкинув вимогу царя і посилив боротьбу – активізували діяльність козацькі загони на Волині, Поліссі і в Галичині. У травні 1704 р. Мазепа за наказом царя перейшов Дніпро. Палій передав йому Білу Церкву без бою, перейшовши до Немирова, в результаті чого розпочалося нове повстання на Поділлі й Брацлавщині. Був ризик, що воно охопить запорожців, Молдавію, тому Мазепа і цар вирішили покінчити з виступом, заарештувавши Палія.

Увечері 31 липня 1704 р. за наказом Мазепи був заарештований Семен Палій, який з невеликим загоном перебував у таборі козацького війська під Бердичевом. Гетьман негайно послав чималий загін сердюків і компанійців до Білої Церкви. Немирів гетьман наказав передати польському гарнізонові. Гетьманські війська зайняли Фастів, Корсунь і Богуслав, після цього повстання по суті завершилося, Мазепа з полками наприкінці жовтня 1704 р. повернувся на Лівобережжя. На Правобережжі залишилися полки Самуся та Іскри.

У результаті «нової Хмельниччини» було відроджено козацький територіальний устрій на Правобережжі, об’єднано козацьку Україну обох берегів Дніпра, проте союз Петра I та Речі Посполитої робив козацьке Правобережжя заручником тонкощів царської політики. 1714 р., аби закріпити союз із поляками, цар віддав Августу II колись відвойовану козаками частину Правобережжя.

С. Палію присвячено народну пісню, поему Т. Шевченка «Чернець», поему Л. Боровиковського, твори Ю. Мушкетика, Ф. Бурлаки, Т. Осьмачки, Данилу Братковському – драму «Остання ніч» М. Старицького; на честь Самуся взяв собі псевдонім відомий партизанський керівник у війні 1812 р. Федір Потапов.

9 листопада 1708 р., село Горки (нині – Новгород-Сіверський район, Чернігівська область).

Гетьман Лівобережної України Іван Мазепа; його племінник Андрій Войнаровський (1680–1740; блискучий аристократ, потенційний спадкоємець булави за життя дядька, викрадений російськими агентами і засланий до Якутії, де й помер); генеральний писар Пилип Орлик (1672–1742; з 1702 р. генеральний писар Лівобережної Україні, гетьман в еміграції з 1710 р., видатний дипломат, політичний діяч, поет).

Партнерами Мазепи на переговорах були король Швеції Карл XII (1682–1718; король з 1697 р., прихильник абсолютизму, відчайдушний, брутальний і набожний протестант, геніальний полководець, неодноразовий переможець російських, саксонських, польських, данських військ у ході Північної війни, яка стала фатальною для його невеликої імперії) і прошведський король Речі Посполитої Станіслав Лещинський (1677–1766; у 1704–1709 рр. король Речі Посполитої під шведською протекцією, проголошувався королем у 1733–1734 рр., тесть короля Франції Людовіка XV, останній герцог лотаринзький).

Зміни в досить стійкій зовнішньополітичній орієнтації гетьмана Мазепи розпочалися після початку невигідної для козацької України Північної війни (1700 р.). 1706–1707 рр. датуються перші обережні спроби переговорів зі Станіславом Лещинським та, ймовірно, Карлом XII через посередників з метою отримання гарантій для козацької України у випадку перемоги шведів у Північній війні. Оригінал таємної угоди зразка 1708 р. не зберігся, там могло йтися про можливу протекцію Швеції і/або Речі Посполитої над Гетьманщиною. Наприкінці літа 1707 р. стався відомий донос В. Кочубея та І. Іскри на Мазепу, що закінчився стратою обох донощиків. Переговори Мазепи і Карла пожвавилися після вступу шведської армії на територію козацької України наприкінці вересня 1708 р. (чого Мазепа не планував і не бажав). Шведи швидко рухалися територією Сіверщини на південь, а паралельно з ними, але дещо східніше поспішало в Україну російське військо, яке мало наказ від Петра I не вступати в генеральну битву з Карлом, виснажуючи ворога тактикою «спаленої землі» та рейдовою війною. У результаті найбільше страждала та територія, де точилися бойові дії. Гетьман Мазепа встиг зробити досить багато за той недовгий час, який залишався йому для підготовки до виступу. Він зосередив чимало артилерійських припасів у Батурині, транспортні засоби, провіант та одяг – у полкових центрах Лівобережжя. Проте населення України залишалося в цілому непоінформованим про плани свого гетьмана – це був зворотний бік знаменитого Мазепиного мистецтва конспірації.

Гетьман Мазепа гостро відчував небезпеку бути викритим. Нерідко історики, посилаючись на листи Петра I, вважають, що для царя зміна Мазепою зовнішньополітичного курсу стала цілковитою несподіванкою. Проте чутки про контакти українського гетьмана з Лещинським ходили і в Польщі, і серед іноземних дипломатів у Москві. 12 жовтня 1708 р. до рук росіян потрапив шляхтич Якуб Улашин, що віз до гетьмана Мазепи лист від Станіслава Лещинського. Лист потрапив до російського канцлера Головкіна, і той писав Мазепі про чергову спробу очорнити його в очах російського уряду.

Спочатку гетьман Мазепа, бачачи, що вже не уникнути розорення України внаслідок бойових дій, вирішив обмежити їхній театр Сіверщиною. До шведського короля було послано родича гетьмана, Івана Бистрицького, з полоненим ліфляндцем-перекладачем з листами до короля та його першого міністра графа Піпера, в яких Мазепа пропонував Карлу прийняти Україну під свій захист і зайняти своїми військами Сіверщину (Бистрицький побачився з Карлом у таборі поблизу села Понурівка 29 жовтня і швидко повернувся до Мазепи з позитивною відповіддю від шведського короля). Метою цього було відсікти Україну від основних сил російської армії, вигравши час і сили. Цей план провалився через надто повільні дії шведського генерала Лагеркруни та невизначеність позиції полковника Скоропадського. Російські гарнізони зайняли Стародуб, Новгород-Сіверський, Погар, Почеп тощо. Фактично це означало втрату для шведів можливості наступу на Москву Брянським шляхом. Карл рушив далі на південь, а гетьман Мазепа зрозумів, що далі зволікати не можна. Цар вже декілька разів надсилав до Батурина листи із вимогами до Мазепи йти в похід з усіма наявними козацькими силами, водночас ведучи партизанську війну проти шведів. Гетьман відповідав на заклики Петра I своїми маніфестами до українців, у яких ішлося про необхідність воювати проти шведів, але сам не йшов з північного Лівобережжя – саме тут, у районі між селом Салтикова Дівиця та Батурином, були зосереджені основні запаси провіанту та боєприпасів. 27 жовтня Мазепа дав останню аудієнцію царським посланцям Феодосію Дурову та Михайлу Второву, наголосивши на своєму поганому стані здоров’я.