После пяти лет страданий и репрессий сын одного квартального надзирателя украл у отца ключи от ворот Бюси и впустил в город бургиньонов. Обрадованные парижане подняли восстание; сторонников орлеанской партии убивали или бросали в тюрьмы — потом всех узников перерезали. Как минимум восемь магистров университета были убиты. Те же, кто не сочувствовал бургиньонам, в том числе и канцлер Жан Жерсон, отправились в изгнание. Их судьба напугала остальных: в августе 1418 года университет отправил покаянное письмо Иоанну Бесстрашному в котором напирал на угрозу расправы со стороны арманьяков.

Двадцать второго октября декан медицинского факультета объявил о прекращении лекций и диспутов на всех факультетах и во всех «нациях» из-за войны. Многие преподаватели не решались вернуться в Париж. Две трети студентов из англо-германской «нации» покидали университет после первой ступени образования — получив степень магистра вольных искусств.

С 1416 по 1421 год количество докторов канонического права сократилось на треть, а преподавательский состав богословского и медицинского факультетов — наполовину. Бакалавров стало меньше на 80 процентов, лиценциатов — на треть.

В 1419 году арманьяки организовали убийство Иоанна Бесстрашного, после чего взаимная вражда достигла крайнего ожесточения. Бургиньоны спровоцировали вторжение англичан и едва не покончили с французской государственностью: 21 мая 1420 года был подписан договор в Труа, по которому преемником Карла VI назначался английский король Генрих V. Новый герцог Бургундии Филипп Добрый, представлявший партию бургиньонов, заключил с ним союз против дофина Карла — будущего короля Карла VII.

Профессора Сорбонны принимали деятельное участие в переговорах, предшествовавших заключению этого договора. Его семнадцатый пункт гарантировал права собственности, прерогативы, свободы и вольности университетов и коллегий, находящихся во всех частях страны под английским господством. Чтобы сохранить свои привилегии, члены университета дважды поклялись в верности английскому монарху. Париж на 16 лет оказался в руках англичан.

Стоило установиться затишью (1421–1428), как количество преподавателей на богословском факультете и факультете вольных искусств удвоилось. Но в 1429 году отток студентов из Сорбонны возобновился — и не только потому, что в разоренном Париже было нечего есть, а жителей выкашивала оспа; часть студентов и преподавателей, не желая мириться с иноземным засильем, перебралась из Парижа в Пуатье. В скором времени к прославленным столичным теологам обратились за консультацией: одна странная девушка по имени Жанна уверяла, что «слышит голоса святых», которые пророчат четыре события: освобождение Орлеана, коронование дофина в Реймсе, избавление от англичан Парижа и освобождение герцога Орлеанского. Получив положительное заключение богословов, Карл согласился отправить Жанну д’Арк в осажденный англичанами Орлеан…

Став королем, он выступил покровителем наук, основав в Пуату университет в знак благодарности за преданность ему в тяжелую годину. Папа Евгений IV издал соответствующую буллу в 1431 году.

Практически одновременно английский король Генрих VI основал «английский» университет в нормандском Кане для подготовки руководящих кадров: на Сорбонну надежда была плохая, уж слишком часто она переходила с одной стороны на другую.

В 1437 году Париж снова стал французским. Восстановление власти христианнейшего короля заставило покинуть столицу шотландцев из англо-германской «нации» и профессоров-англичан. И всё же университет называл Карла VII «отцом» и всячески выражал ему свою поддержку, устраивая многочисленные процессии и молебны. Целью всего этого было добиться подтверждения университетских привилегий, что и было сделано дважды.

Торжественное открытие Канского университета состоялось в 1439 году, а десять лет спустя Карл VII вернул город под власть французской короны. Впрочем, университет он уничтожать не стал, отменил лишь факультет гражданского права, которого не было в Сорбонне, да и тот через два года восстановил. Университет был ему за это настолько признателен, что даже вызвался сжечь устав, дарованный ему Генрихом VI. Правда, новый французский король Людовик XI этого не допустил и даже велел университету отпраздновать восстановление Генриха VI на английском престоле 30 октября 1470 года.

Самый старый университет Нидерландов возник при не менее драматических обстоятельствах — во время борьбы Семи провинций за независимость от Испании. В 1575 году Вильгельм Оранский (1533–1584) решил поощрить жителей Лейдена, выдержавших перед этим годичную осаду города испанцами и муки голода, и основал Лейденский университет, который получил название Praesidium Libertatis (Оплот свободы).

Короли были высочайшими покровителями университетов, и учебные корпорации всячески выражали свои верноподданнические чувства. Например, 18 октября 1560 года французский король Франциск II и его мать Екатерина Медичи совершали торжественный въезд в Орлеан. По этому случаю была устроена помпезная процессия. Впереди августейшей пары, среди законников и членов ремесленных цехов, шествовали представители университета во главе с ректором и восемью регентами в алых мантиях. Студенты германской «нации», выступавшие под знаменем с двуглавым орлом, особо отличились пышностью нарядов.

Политический выбор часто определялся религиозными воззрениями. Так, во Франции во время «войны трех Генрихов» (протестанта Генриха Наваррского, короля Генриха III и главы католической Лиги Генриха де Гиза) теологический факультет Парижского университета принял сторону Лиги. В 1589 году он торжественно объявил, что народ вправе подняться против своего короля, «продавшегося» протестантам, с оружием в руках, а в 1590-м — что Генрих Наваррский, к тому времени уже провозгласивший себя Генрихом IV, не имеет никаких прав на французский престол. Главными проповедниками Лиги были доктора Сорбонны, в том числе знаменитый Жан Буше, который после вступления Генриха IV в Париж в 1594 году бежал в Испанские Нидерланды и умер в 95 лет, будучи каноником Турне, но при этом сохранив свой титул «доктора и декана священного факультета богословия Парижского университета и старейшины Сорбонны».