Юстиниан не мог спорить с Феодорой, хотя и понимал всю разницу их мнений. «Я всего лишь женщина и не понимаю этих противоречий». Вера Феодоры была поистине слепа. Но Августин сказал: «Понимание — вознаграждение, даваемое верой».

Феодора не читала книг. Она говорила, пусть церкви останутся прежними, там, где они были всегда. Если что-то менять, то можно погубить их.

Нельзя было дальше терпеть раскол. Он, словно василиск, наблюдал за Юстинианом, беспокоил Виталиана в те первые годы. Заставлял православных объявлять восстания, ещё больше сплачивал ариан, формируя железный обруч вокруг Средиземного моря. Юстин ведь также пытался примириться с Римом, когда Белизарий отправился туда, православие, казалось, триумфально вступило в город, однако о примирении патриархов запада и востока не могло идти и речи.

Нельзя было допустить, чтобы православная и монофиситская церкви противостояли друг другу. Юстиниан пытался принудить их пойти на уступки, говоря папе Агапету: «Я заставлю тебя согласиться с нами или отправлю тебя в ссылку». Но вместо этого, по принуждению Агапета, он сослал Анфимия.

Юстиниан пытался примирить церкви, указывая на недостатки в трёх главах канонов Халкидона, надеясь удовлетворить восточных священников осуждением западных устоев. Его нападки на три главы вызвали новый взрыв негодования в Африке, Египте и Сирии. Казалось, что епископы восточных приходов предпочитали не менять ничего в канонах Халкидона, не важно, верны они или нет.

Не меняй того, что прошло, умоляла Феодора Юстиниана. Он хорошо помнил её слова, поскольку это был единственный раз, когда она по-настоящему умоляла его. Пусть люди верят в то, во что хотят, пусть каждый придерживается своей веры. Он знал, что она просит за своих друзей на востоке, но не мог отказать, потому что она была больна, в то время когда священники отправились на дальний арабский берег, а миссионеры — к гуннским племенам, куда не могла дойти армия. Его вынудили ослабить военные силы, заплатить за миссии, поэтому Яков шагал по сорок миль в день, чтобы избежать встречи со стражниками, а монахи из Дома Феодоры опередили послов Юстиниана на Кавказ и к берегам Нила.

Чтобы прекратить раскол, Юстиниан изучал доктрины восточной церкви, Василия Великого из Кесарии и Григория Нисского, пытаясь найти в их писаниях что-то общее со своими взглядами. Он пытался признать веру, согласиться с учениями: «...когда мы говорим, что Христос — Бог, мы не отрицаем того, что он был человеком, а когда мы говорим, что он человек, мы не отрицаем того, что он также и Бог...»

Эти тщательно выверенные слова не убеждали церковников. Феодора просила претора привезти папу Вигилия из Рима в Константинополь для последнего разговора. Вигилий согласился, что взаимопонимания можно достичь, и произнёс свой вердикт, поддерживающий нападки Юстиниана на три главы Халкидона.

Тогда казалось, что император победил и раскола больше не будет.

После смерти Феодоры споры возобновились. В присутствии Юстиниана епископы и дьяконы соглашались с его аргументами, когда же покидали его, то начинали говорить другое. Сам Вигилий уже не соглашался и отказывался подтвердить свой вердикт. Разгневанный правитель принялся язвительно обличать римлянина, который не мог покинуть Константинополь. Борьба между ними приняла письменную форму, и Юстиниан требовал, чтобы его пленник подписал согласие с приговором, вынесенным трём главам Халкидона, а Вигилий отвечал, что решения Халкидона абсолютно безошибочны. Ни император, ни папа не могли прийти к единому мнению.

От этой борьбы остались ужасные воспоминания: как измотанный Вигилий запёрся в своём дворце, а затем, спасаясь от угроз Юстиниана, скрывающегося в святилище, поспешил мимо Дома Феодоры к алтарю Святого Петра в прилегающей церкви Двух Апостолов. Претор, которому приказали арестовать папу, вошёл в церковь с солдатами и толпой; солдаты стали выгонять римских дьяконов из-за колонн, а могущественный Вигилий обхватил алтарь и держался за него, пока солдаты не схватили его за бороду и волосы. Тогда тонкие колонны подались, крыша упала, и её подхватили испуганные священники. Затем заревела толпа, выкрикивая проклятия и богохульства, обескураженному претору оставалось только убраться со своими солдатами, оставив Вигилия в покое. Последний ночью перебрался через стену к ждущей его лодке и скрылся в новом святилище, в церкви Святой Юфимии, в Халкидоне. Белизарий послал за ним людей убедить папу вернуться, но Вигилий отказался, описав историю своей борьбы, пока Юстиниан наконец не сдался и не пообещал ему дипломатическую неприкосновенность.

Правитель принял это решение, чтобы показать свою безграничную власть. Он созвал совет для соединения разрозненных церквей. Пятый вселенский собор, послушный его велению, должен был собраться в Константинополе.

Весной прелаты из дальних концов света послушались письменных предупреждений императора, сидя в переходах Великой церкви. Пелагий, который встречался с Тотилой, пришёл говорить с западными братьями, Яков хотел говорить с восточными. Вигилий отказался присутствовать и соглашаться со своим императором. Юстиниан цитировал Священное Писание и требовал, чтобы собор принял единство, но без Вигилия.

В конце концов чувство поражения овладело всеми. Юстиниан позволил папе вернуться на родину со специальным указом для Италии, затем узнал о смерти немощного старца и предложил Пелагию стать его преемником. Нарсес написал из Рима, что латинское духовенство никогда не изменит своих взглядов, а он подозревает Пелагия в том, что тот поддался угрозам императора и греков. Наконец Пелагий встретился с Юстинианом у алтаря Святого Петра, поднял над головой Писание и поклялся, что будет чтить то, что считается святыней на западе. Нарсес признал, что в Риме восточных священников называли империалистами и не допускали к православной вере. «Могущественный император, поверь твоему слуге, когда он заявляет, что народ здесь никогда не допустит, чтобы папой командовал император или патриарх с востока. Водное пространство между нами не так велико, как раскол между нашей и их верой». Нарсес использовал греческое слово «humanoia» (что в переводе означает «человечество») для обозначения тех людей.