Пробыв восемь лет послушником в Саровской обители, Прохор принял иноческий постриг с именем Серафим, столь хорошо выражавшим его пламенную любовь ко Господу и стремление ревностно Ему служить. Через год Серафим был посвящен в сан иеродиакона. Горя духом, он ежедневно служил в храме, непрестанно совершая молитвы и после службы. Господь сподобил преподобного благодатных видений во время церковных служб: неоднократно он видел святых Ангелов, сослужащих братии. Особенного благодатного видения преподобный сподобился во время Божественной литургии в Великий Четверг, которую совершали настоятель отец Пахомий и старец Иосиф. Когда после тропарей преподобный произнес: «Господи, спаси благочестивыя» и, стоя в царских вратах, навел орарь на молящихся с возгласом «И во веки веков», внезапно его осенил светлый луч. Подняв глаза, преподобный Серафим увидел Господа Иисуса Христа, идущего по воздуху от западных дверей храма, в окружении Небесных Бесплотных Сил. Дойдя до амвона, Господь благословил всех молящихся и вступил в местный образ справа от царских врат. Преподобный Серафим, в духовном восторге взирая на дивное явление, не мог ни слова проговорить, ни сойти с места. Его увели под руки в алтарь, где он простоял еще три часа, меняясь в лице от озарившей его великой благодати.

После видения преподобный усилил подвиги: днем он трудился в обители, а ночи проводил в молитве в лесной пустынной келье. В 1793 г., в возрасте 39 лет, преподобный Серафим был рукоположен в сан иеромонаха и продолжал служение в храме. После смерти настоятеля, отца Пахомия, преподобный Серафим, имея его предсмертное благословение на новый подвиг пустынножительства, взял также благословение у нового настоятеля – отца Исаии – и ушел в пустынную келью в нескольких километрах от монастыря, в глухом лесу. Здесь стал он предаваться уединенным молитвам, приходя в обитель лишь в субботу, перед всенощной, и возвращаясь к себе в келью после литургии, за которой причащался Святых Таин.

Преподобный проводил жизнь в суровых подвигах. Свое келейное молитвенное правило он совершал по уставу древних пустынных обителей; со Святым Евангелием никогда не расставался, прочитывая в течение недели весь Новый Завет, читал также святоотеческие и Богослужебные книги. Преподобный выучил наизусть много церковных песнопений и воспевал их в часы работы в лесу. Около кельи он развел огород и устроил пчельник. Сам себе добывая пропитание, преподобный держал очень строгий пост, ел один раз в сутки, а в среду и пятницу совершенно воздерживался от пищи. В первую неделю Святой Четыредесятницы он не принимал пищи до субботы, когда причащался Святых Таин. Святой старец в уединении настолько иногда погружался во внутреннюю сердечную молитву, что подолгу оставался неподвижным, ничего не слыша и не видя вокруг. Навещавшие его изредка пустынники – схимонах Марк Молчальник и иеродиакон Александр, застав святого в такой молитве, с благоговением тихо удалялись, чтобы не нарушать его созерцания.

В летнюю жару преподобный собирал на болоте мох для удобрения огорода; комары нещадно жалили его, но он благодушно терпел это страдание, говоря: «Страсти истребляются страданием и скорбью, или произвольными, или посылаемыми промыслом Божьим». Около трех лет преподобный питался только одной травой снытью, которая росла вокруг его кельи. К нему все чаще стали приходить, кроме братии, миряне – за советом и благословением. Это нарушало его уединение. Испросив благословения настоятеля, преподобный преградил к себе доступ женщинам, а затем и всем остальным, получив знамение, что Господь одобряет его мысль о полном безмолвии. По молитве преподобного, дорогу в его пустынную келью преградили огромные сучья вековых сосен. Теперь только птицы, слетавшиеся во множестве к преподобному, и дикие звери посещали его. Преподобный из рук кормил медведя хлебом, когда из монастыря приносили ему хлеб.

Видя подвиги преподобного Серафима, враг рода человеческого вооружился против него и, желая принудить святого оставить безмолвие, решил устрашать его, но преподобный ограждал себя молитвой и силой Животворящего Креста. Диавол навел на святого «мысленную брань» – упорное продолжительное искушение. Для отражения натиска врага преподобный Серафим усугубил труды, взяв на себя подвиг столпничества. Каждую ночь он поднимался на огромный камень в лесу и молился с воздетыми руками, взывая: «Боже, милостив буди мне, грешному». Днем же он молился в келье, также на камне, который принес из леса, сходя с него только для краткого отдыха и подкрепления тела скудной пищей. Так молился преподобный 1000 дней и ночей. Диавол, посрамленный преподобным, задумал умертвить его и наслал грабителей.

Подойдя к святому, работавшему на огороде, разбойники стали требовать от него деньги. У преподобного в это время был в руках топор, он был физически силен и мог бы обороняться, но не захотел этого делать, вспомнив слова Господа: «Взявшие меч мечом погибнут» (Мф. 26, 52). Святой, опустив топор на землю, сказал: «Делайте, что вам надобно». Разбойники стали бить преподобного, обухом проломили голову, сломали несколько ребер, потом, связав его, хотели бросить в реку, но сначала обыскали келью в поисках денег. Все сокрушив в келье и ничего не найдя в ней, кроме иконы и нескольких картофелин, они устыдились своего злодеяния и ушли. Преподобный, придя в сознание, дополз до кельи и, жестоко страдая, пролежал всю ночь.

Наутро с великим трудом он добрел до обители. Братия ужаснулись, увидев израненного подвижника. Восемь суток пролежал преподобный, страдая от ран; к нему были вызваны врачи, удивившиеся тому, что Серафим после таких побоев остался жив. Но преподобный не от врачей получил исцеление: Царица Небесная явилась ему в тонком сне с апостолами Петром и Иоанном. Коснувшись головы преподобного, Пресвятая Дева даровала ему исцеление.

После этого случая преподобному Серафиму пришлось провести около пяти месяцев в обители, а затем он опять ушел в пустынную келью. Оставшись навсегда согбенным, преподобный ходил, опираясь на посох или топорик, однако своих обидчиков простил и просил не наказывать. После смерти настоятеля отца Исаии, бывшего с юности преподобного его другом, он взял на себя подвиг молчальничества, совершенно отрекаясь от всех житейских помыслов для чистейшего предстояния Богу в непрестанной молитве.

Если святому в лесу встречался человек, он падал ниц и не вставал, пока прохожий не удалялся. В таком безмолвии старец провел около трех лет, перестав даже посещать обитель в воскресные дни. Плодом молчания явилось для преподобного Серафима стяжание мира души и радости о Святом Духе. Великий подвижник так впоследствии говорил одному из монахов монастыря: «…радость моя, молю тебя, стяжи дух мирен, и тогда тысячи душ спасутся около тебя».

Новый настоятель, отец Нифонт, и старшая братия обители предложили отцу Серафиму или по-прежнему приходить в монастырь по воскресеньям для участия в богослужении и причащения в обители Святых Таин, или вернуться в обитель. Преподобный избрал последнее, так как ему стало трудно ходить из пустыни в монастырь. Весной 1810 г. он возвратился в обитель после 15 лет пребывания в пустыни.