Подойдя к святому, работавшему на огороде, разбойники стали требовать от него деньги. У преподобного в это время был в руках топор, он был физически силен и мог бы обороняться, но не захотел этого делать, вспомнив слова Господа: «Взявшие меч мечом погибнут» (Мф. 26, 52). Святой, опустив топор на землю, сказал: «Делайте, что вам надобно». Разбойники стали бить преподобного, обухом проломили голову, сломали несколько ребер, потом, связав его, хотели бросить в реку, но сначала обыскали келию в поисках денег. Все сокрушив в келии и ничего не найдя в ней, кроме иконы и нескольких картофелин, они устыдились своего злодеяния и ушли. Преподобный, придя в сознание, дополз до келии и, жестоко страдая, пролежал всю ночь.

Наутро с великим трудом он добрел до обители. Братия ужаснулись, увидев израненного подвижника. Восемь суток пролежал преподобный, страдая от ран; к нему были вызваны врачи, удивившиеся тому, что Серафим после таких побоев остался жив. Но преподобный не от врачей получил исцеление: Царица Небесная явилась ему в тонком сне с апостолами Петром и Иоанном. Коснувшись головы преподобного, Пресвятая Дева даровала ему исцеление.

После этого случая преподобному Серафиму пришлось провести около пяти месяцев в обители, а затем он опять ушел в пустынную келию. Оставшись навсегда согбенным, преподобный ходил, опираясь на посох или топорик, однако своих обидчиков простил и просил не наказывать. После смерти настоятеля отца Исаии, бывшего с юности преподобного его другом, он взял на себя подвиг молчальничества, совершенно отрекаясь от всех житейских помыслов для чистейшего предстояния Богу в непрестанной молитве.

Если святому в лесу встречался человек, он падал ниц и не вставал, пока прохожий не удалялся. В таком безмолвии старец провел около трех лет, перестав посещать обитель даже в воскресные дни. Плодом молчания явилось для преподобного Серафима стяжание мира души и радости о Святом Духе. Великий подвижник так впоследствии говорил одному из монахов монастыря: «…радость моя, молю тебя, стяжи дух мирен, и тогда тысячи душ спасутся около тебя».

Новый настоятель, отец Нифонт, и старшая братия обители предложили отцу Серафиму или по-прежнему приходить в монастырь по воскресеньям для участия в богослужении и причащения в обители Святых Таин, или вернуться в обитель. Преподобный избрал последнее, так как ему стало трудно ходить из пустыни в монастырь. Весной 1810 года он возвратился в обитель после пятнадцати лет пребывания в пустыни.

Не прерывая молчания, он к этому подвигу прибавил еще и затвор и, никуда не выходя и никого у себя не принимая, непрестанно находился в молитве и Богомыслии. В затворе преподобный Серафим приобрел высокую душевную чистоту и сподобился от Бога особых благодатных даров – прозорливости и чудотворения. Тогда Господь поставил Своего избранника на служение людям в самом высшем монашеском подвиге – старчестве.

25 ноября 1825 года Матерь Божия вместе с празднуемыми в этот день двумя святителями явилась в сонном видении старцу и повелела ему выйти из затвора и принимать у себя немощные души человеческие, требующие наставления, утешения, руководства и исцеления. Благословившись у настоятеля на изменение образа жизни, преподобный открыл двери своей келии для всех.

Старец видел сердца людей, и он, как духовный врач, исцелял душевные и телесные болезни молитвой к Богу и благодатным словом. Приходившие к преподобному Серафиму чувствовали его великую любовь и с умилением слушали ласковые слова, с которыми он обращался к людям: «радость моя, сокровище мое». Старец стал посещать свою пустынную келию и родник, называемый Богословским, около которого ему выстроили маленькую келейку.

Выходя из келии, старец всегда нес за плечами котомку с камнями. На вопрос, зачем он это делает, святой смиренно отвечал: «Томлю томящего меня».

В последний период земной жизни преподобный Серафим особенно заботился о своем любимом детище – Дивеевской женской обители. Еще в сане иеродиакона он сопровождал покойного настоятеля отца Пахомия в Дивеевскую общину к настоятельнице монахине Александре, великой подвижнице, и тогда отец Пахомий благословил преподобного всегда заботиться о «Дивеевских сиротах». Он был подлинным отцом для сестер, обращавшихся к нему во всех своих духовных и житейских затруднениях. Ученики и духовные друзья помогали святому окормлять Дивеевскую общину – Михаил Васильевич Мантуров, исцеленный преподобным от тяжкой болезни и по совету старца принявший на себя подвиг добровольной нищеты; Елена Васильевна Мантурова, одна из сестер Дивеевских, добровольно согласившаяся умереть из послушания старцу за своего брата, который был еще нужен в этой жизни; Николай Александрович Мотовилов, также исцеленный преподобным. Н. А. Мотовилов записал замечательное поучение преподобного Серафима о цели христианской жизни. В последние годы жизни преподобного Серафима один исцеленный им видел его стоявшим на воздухе во время молитвы. Святой строго запретил рассказывать об этом ранее его смерти.

Все знали и чтили преподобного Серафима как великого подвижника и чудотворца. За год и десять месяцев до своей кончины, в праздник Благовещения, преподобный Серафим еще раз сподобился явления Царицы Небесной в сопровождении Крестителя Господня Иоанна, апостола Иоанна Богослова и двенадцати дев, святых мучениц и преподобных. Пресвятая Дева долго беседовала с преподобным, поручая ему Дивеевских сестер. Закончив беседу, Она сказала ему: «Скоро, любимиче Мой, будешь с нами». При этом явлении, при дивном посещении Богоматери, присутствовала одна Дивеевская старица, по молитве за нее преподобного.

В последний год жизни преподобный Серафим стал заметно слабеть и говорил многим о близкой кончине. В это время его часто видели у гроба, стоявшего в сенях его келии и приготовленного им для себя. Преподобный сам указал место, где следовало похоронить его, – близ алтаря Успенского собора. 1 января 1833 года преподобный Серафим в последний раз пришел в больничную Зосимо-Савватиевскую церковь к литургии и причастился Святых Таин, после чего благословил братию и простился, сказав: «Спасайтесь, не унывайте, бодрствуйте, днесь нам венцы готовятся». Второго января келейник преподобного, отец Павел, в шестом часу утра вышел из своей келии, направляясь в церковь, и почувствовал запах гари, исходивший из келии преподобного; в келии святого всегда горели свечи, и он говорил: «Пока я жив, пожара не будет, а когда я умру, кончина моя откроется пожаром». Когда двери открыли, оказалось, что книги и другие вещи тлели, а сам преподобный стоял на коленях перед иконой Божией Матери в молитвенном положении, но уже бездыханный. Его чистая душа во время молитвы была взята ангелами и взлетела к Престолу Бога Вседержителя, верным рабом и служителем Которого преподобный Серафим был всю жизнь.