Руководство.

Секретариат.

Оперативное отделение.

Следственная часть.

1-й отдел (Генеральный штаб, штабы фронтов, армий, разведуправление).

2-й отдел (ВВС, ПВО, ВДВ).

3-й отдел (танковые войска, артиллерия).

4-й отдел (по руководству работой особых органов фронтов по родам войск).

5-й отдел (службы тыла).

6-й отдел (войска НКВД).

7-й отдел (оперативный учет).

8-й отдел (шифровальный).

Административно-хозяйственно-финансовое отделение.

В январе 1942 года в состав УОО НКВД вошла контр разведка флота. Был создан 9-й отдел (ВМФ). А в июне того же года к уже существующим девяти отделам добавилось три новых:

10-й отдел (по руководству контрразведывательной работой особых органов фронтов и округов);

11-й отдел (инженерные и химические войска, саперные армии, оборонительного строительства и войска связи);

12-й отдел (Главное управление формирований и комплектования Красной Армии).

На 30 июня 1942 года расстановка начальствующего состава и структура Управления особых отделов выглядела так:

Руководство (В. С. Абакумов, С. Р. Мильштейн, Ф. Я. Тутушкин, Н. А. Осетров, Л. Ф. Цанава).

Секретариат (Я. М. Броверман).

Оперативное отделение (А. В. Миусов).

Следственная часть (Б. С. Павловский) в составе трех отделений:

1-е отделение – по шпионажу;

2-е отделение – по антисоветским формированиям;

3-е отделение – по руководству следственной работой на периферии.

1-й отдел (И. И. Москаленко) в составе трех отделений:

1-е отделение – по оперативному управлению Генерального штаба, штабам фронтов и армий;

2-е отделение – по всем другим управлениям и отделам Генштаба;

3-е отделение – по Главному разведывательному управлению Генштаба, разведорганам фронтов и армий.

2-й отдел (А. А. Авсеевич) в составе пяти отделений:

1-е отделение – по штабу ВВС;

2-е отделение – по вооружению и тылу ВВС;

3-е отделение – по Академии ВВС и периферийным частям ВВС;

4-е отделение – по ПВО;

5-е отделение – по ВДВ.

3-й отдел (В. П. Рогов) в составе трех отделений:

1-е отделение – по Главному автобронетанковому управлению Красной Армии, управлениям фронтов, армий, танковых армий, корпусов и бригад;

2-е отделение – по артиллерийским управлениям фронтов, артотделов армий, артиллерии Резерва Верховного Главнокомандования, Управлению Гвардейских минометных частей, гвардейским минометным частям;

3-е отделение – по Главному артиллерийскому управлению Красной Армии.

4-й отдел (Г. С. Балясный-Болотин) в составе четырех отделений:

1-е отделение – по руководству агентурно-оперативной работой особых органов (по родам войск) на Карельском, Ленинградском, Волховском, Северо-Западном, Калининском фронтах, в 7-й отдельной армии [28] , резервных армиях;

2-е отделение – по руководству агентурно-оперативной работой особых органов (по родам войск) на Западном, Брянском [29] , Юго-Западном, Южном, Северо-Кавказском [30] фронтах;

3-е отделение – по борьбе с изменой, дезертирством, самострелами, организации заградительной службы;

4-е отделение – по редакциям военных газет, органам военной прокуратуры, военным трибуналам, военным академиям, Центральному дому Красной Армии.

5-й отдел (К. П. Прохоренко [31] ) в составе двух отделений:

1-е отделение – по Главному интендантскому управлению Красной Армии, управлениям фронтов, интендантским отделам армий, Управлению снабжения горючим;

2-е отделение – по Главному санитарному управлению Красной Армии, Ветеринарному управлению, фронтовым и окружным сан– и ветслужбам, Главному автодорожном управлению, Главвоенстрою, Военпроекту (академии).

6-й отдел (С. П. Юхимович) в составе четырех отделений:

1-е отделение – по пограничным войскам и учебным заведениям войск НКВД;

2-е отделение – по внутренним войскам и войскам ох раны тыла фронтов;

3-е отделение – по железнодорожным, промышленным и конвойным войскам;

4-е отделение – по органам военного снабжения войск НКВД.

7-й отдел (А. Ф. Соловьев) в составе двух отделений:

1-е отделение – по действующему учету управления особых отделов, отчетности фронтовых особорганов, учету изменников, шпионов, диверсантов, террористов, паникеров, дезертиров, самострельщиков и антисоветских элементов, особому учету изменников Родины, агентов разведки и лиц, скомпрометированных по показаниям последних;