В августе 1857 г. в Японию пришёл первый военный корабль “Канрин-мару” (“Kanrin-maru”), а в марте 1858 г. второй – “Чойо-мару” (“Choyo-maru”), оба построенные в Голландии.

В 1860-е годы корабли и суда европейского типа стали всё чаще строиться и покупаться сёгуном. По его примеру и вассалы стали обзаводиться военными кораблями, в том числе с паровыми машинами.

В 1866 г., к началу гражданской войны, сёгун имел в своём распоряжении не только армию, но и флот. Когда к концу 1868 г. боевые действия переместились на о. Хоккайдо, заявил о своём существовании императорский флот. Первоначально он состоял из небольшого числа кораблей, реквизированных по одному из каждого союзного княжества.

В марте-апреле 1868 г. в состав императорского флота входили “Мошин-мару” (“Moshun-maru”), “Хози-мару" (“Hozuimaru”), “Юхи-Мару” (“Yuhi-maru”), “Фудзияма” (“Fujiyama”), “Мусаси” (“Musatchi”) “Хирю” (“Hiriu”), а также отобранные у сёгуна (19 апреля вместе с несколькими транспортами переметнувшиеся обратно) “Квайо” (“Kwaio”), “Банрю" (“Banriu”), “Квайтен” (“Kwaiten”), “Чиодогата” (“Chiodogata”) и несколько других кораблей, в основном небольших пароходов, пригодных к охране портов, перевозке войск и грузов. В дополнение к имеющимся, императорское правительство купило за границей несколько пароходов, переоборудовав их в военные транспорты.

В начале 1869 г., когда в Токио приняли решение послать эскадру на о. Йеддо для помощи при взятии г. Хакодате (Hakodate), в состав правительственной эскадры вошли корабли: “Котецу” (“Kotezu” или “Kotetsu”, позднее переименованный в “Адзума” (“Adzuma”), броненосный таран купленный у США в 1867 г.), “Касуга” (“Kasuga”), “Тейбо” (“Teibo”), “Иошин” (“Yoshin”), “Чиойо-мару” (“Chioio-maru”), “Эйнен-мару” (“Einenmaru”) и четыре транспорта.

Броненосец “Котецу", стоявший на якоре, в тумане был атакован кораблём сторонников сёгуна “Квайтен", но сумел отбить атаку. В результате жарких многодневных боёв корабли императорского флота смогли либо уничтожить, либо пленить боевые суда противника.

К июню 1869 г. императорский флот состоял из 11 боевых кораблей: “Котецу”, “Мусаси”, “Фудзияма”, “Чиодогата”, “Чиойо”, “Иошин”, “Изуми” (“Izumi”), “Кавачи" (“Kawatchi”), “Сетци” (“Settsu”), “Шиокаку” (“Shiokaku”), “Канко” (“Kanko”) и 8 транспортов. Кроме этого, вассальные князья имели 35 кораблей и пароходов.

В июле 1869 г. правительство учредило министерство военных дел, ведавшее армией и флотом. Оно и занялось приведением в порядок морских учреждений, обследованием имеющихся кораблей и разработкой плана увеличения флота. Проверка наличного корабельного состава показала, что в большинстве боевые суда являются ветхими, малопригодными для службы, но требующими постоянных немалых расходов на ремонт и обслуживание. Военное министерство решило оставить у себя лишь три корабля: “Котецу", “Фудзияма”, “Чиодогата” и четыре транспорта, одним из которых был вновь купленный “Осака-мару” {“Osaka-maru”). Все остальные малопригодные плавсредства вернулись обратно к вассальным князьям. Одно из семи судов было переоборудовано в учебное.

В 1871 г. княжества в Японии ликвидировали и вместо них создали префектуры. В 1872 г. вместо прежних четырёх были учреждены три сословия: высшее дворянство (бывшие князья и аристократия), дворянство (бывшие самураи), простой народ (остальное население, включая буржуазию). Были приняты законы о равенстве всех сословий, свободе выбора профессий и передвижения по стране. В 1872-73 гг. в стране осуществили земельную реформу, законодательно закрепившую частную собственность на землю за теми, кому она фактически принадлежала к тому моменту. В июне 1873 г. был принят закон об отмене всех феодальных податей и повинностей и о введении ежегодного денежного налога в размере 3% от цены земли. Этот налог собирало центральное правительство. Единая власть в стране крепла и она неизбежно должна была обратить свой взор в сторону окружавшего японцев моря. Наверное, если бы в гражданской войне верх взял сёгун, он подобными мерами мог добиться единодержавия, а вместе с ним и экономического роста, чтобы продолжить строительство флота, начатое в 1860-е гг. Независимо от названия победителя, Япония стала бы развиваться сходными путями.

В результате упразднения княжеств список императорского флота в 1871 г. снова пополнился кораблями и пароходами бывших вассалов: “Касуга”, “Кенко”, “Тейбо” (№ 1 и № 2), “Мошин”, “Нишин” (“Nishin”), “Рюсо” (“Риюзё”, “Riuzio” или “Riujo”), “Косоки-мару” (“Kosoku-maru”), “Кокио-мару” (“Kokiomaru”), “Юхио” (“Unio”), “Хоо” (“Ноо”). В том же году правительство закупило в Англии винтовой корвет “Цукуба” (“Tsukuba”, постройки 1854 г.), канлодку “Тсайобин” (“Tsiobin”) и пароход “Токио-мару" (“Tokio-maru”), приобретённый в обмен на маленькие суда “Косоки”, “Хирю” и “Хийо” (“Hiyo”).

В 1870-71 гг., во время франко-прусской войны, нейтральная Япония вооружила три эскадры, получившие приказ базироваться на Йокогаму, Хиого и Нагасаки. В первую вошли броненосец “Котецу”, а с ним “Кенко” и “Тейбо” (№ 2). Вторую составляли “Фудзияма”, “Касуга” и “Сетци”. Нагасаки охраняли “Рюсо” и “Эйнен”. Корвет “Нишин” был направлен крейсировать в район Хакодате. Впервые в японском флоте эти корабли получили морские уставы, инструкции, боевые и повседневные расписания, своды сигналов, регламентировавшие их плавания, как одночные, так и в составе соединения. Командирам было приказано следовать им неуклонно до утверждения возможных изменений, а также составить отзывы на новые руководящие документы.

По окончании франко-прусской войны в марте 1871 г. в японском флоте были образованы две эскадры, названные постоянными. Первая состояла из кораблей: “Фудзияма”, “Рюсо”, “Тейбо” ( № 1), позднее к ним добавился “Мошин”. Во вторую вошли броненосец “Котецу” (“Адзума”), корвет “Нишин”, “Кенко”, “Тейбо” ( № 2). В то же время начались гидрографические исследования побережья, в которых наряду с японскими “Тейбо” ( № 1) и “Мошин” принимали участие и несколько британских кораблей. К концу 1871 г., на основании полученных гидрографами материалов, были созданы первые японские карты.