Профессор Клемент Мейган, курировавший Кастанеду по антропологии, поощрял сбор интервью у представителей изучаемых народностей. Тема его полевых интервью — использование растений, содержащих галлюциногены, в индейских ритуалах. Он отдаляется от друзей, пропускает деловые встречи и все больше времени проводит в Аризоне и Мексике. По реакции профессора Мейгана на собранный материал ему становится ясно, что он вышел на весьма интересное и малоизученное направление.

Объем полевых записей становился все обширнее, большую часть времени Кастанеда проводит за пишущей машинкой. Обучение оплачивать нечем, и он оставляет университет. После многочисленных переделок к 1965 году у Кастанеды была готова внушительная рукопись — книга под названием "Учение дона Хуана: путь знания индейцев из племени яки". Она была роздана для отзывов и рекомендаций к публикации. В университетской среде отношение к книге разделилось — появились как ее сторонники (во главе с профессором Мейганом), так и те, кто опасался, что личный, "неакадемичный" подход может дискредитировать объективность научных традиций университета.

Но представители обоих лагерей сходились в оценке сочинения как неординарного.

…Три года ушло на уточнение позиций профессуры по поводу публикации книги Кастанеды. Наконец весной 1968 года она вышла в университетском издательстве University of California Press под типовой обложкой университетских учебных пособий. В течение короткого времени она стала бестселлером и продавалась лучше, чем какое-либо другое издание, — за первые 2 года было продано 300 тысяч книг. По договору с держателем авторских прав — издательством УКЛА — "Учение дона Хуана" выпускали также крупные издательства "Боллентайн" и "Саймон и Шустер".

В первой книге Карлоса Кастанеды речь идет о том, как однажды, будучи студентом, Кастанеда в поисках объекта для исследовательского интервью встречается с доном Хуаном — старым индейцем брухо, магом, целителем и мастером древнего ритуала.

Студент-антрополог соглашается и подробно описывает последовавшие события и свои ощущения. Он рассказывает о "митотах" — церемониях употребления пейота и грибов, во время которых у участников появлялась способность взаимодействовать с магической реальностью, полной неких дружественных или враждебных сил.

Первая книга Карлоса Кастанеды снискала фантастический успех, была переведена на 17 языков и до сих пор является одним из супербестселлеров. Споры по поводу ее жанра не утихают: один считают ее уникальным эзотерическим учебником, другие — не менее уникальной литературно-философской мистификацией, третьи — сюрреалистической аллегорией и т. д.

В это время Карлос увлекается философией, посещает лекции по феноменологии, знакомится с работами Гуссерля, Парсонса, Витгенштейна.

Вторая книга "Отдельная реальность: продолжение бесед с доном Хуаном" также носит характер художественнодокументального отчета о встречах с индейцем брухо. Появляются новые персонажи — коллега дона Хуана — дон Хенаро. Он отучает Кастанеду от пристрастия к западной логике и рационализму, демонстрируя нарушение аристотелевских законов пространства и времени. Дон Хенаро парит над полом, в одно мгновение перемещается на горный выступ, удаленный на расстояние 10 миль, отплясывает на краю водопада. Читатель вправе думать, что индейцы манипулируют сознанием Кастанеды. Под этим углом зрения можно рассматривать и описанные в книге превращение и полет самого Кастанеды в виде вороны. Дон Хуан продолжает знакомить его с системой шаманских взглядов на мир, с понятиями "воина" и "охотника", живущих одновременно в двух мирах, с понятием "видения", т. е. способность ощущать за реальными событиями этого мира Великое Ничто, с правилом "контролируемой глупости" — принципа жизни в мире людей.

Вышедшая вскоре третья книга "Путешествие в Икстлан" содержит более систематизированное, чем в предыдущих, изложение основных принципов учения дона Хуана. Последние три главы содержат материал о третьей стадии ученичества, начавшейся в мае 1971 года. Кастанеда понимает, что тот, кто ступил на путь воина — "путь с сердцем", — уже никогда не сможет повернуть вспять. Дон Хуан продолжает открывать аспекты этого пути — искусство быть недостижимым, принцип стирания личной истории, выстраивание отношений со своим "союзником" и борьба с ним, концепцию смерти как советчика, необходимость принятия ответственности за свои поступки и т. д.

За эту книгу в 1973 году Карлос Кастанеда получает звание доктора философии по антропологии. Теперь он — популярная личность, у него берут интервью и приглашают выступать с лекциями перед студентами.

В основе четвертой книги "Сказки о силе" (1974) — данные о конечной стадии ученичества в 1971–1972 годах. Кастанеду готовят к обряду инициации. В пустыне дон Хуан открывает ему свои тайны и дает подробные объяснения о стратегии мага. На этом этапе ученичества Кастанеда чувствует, что его собственное сознание раскалывается. Он убеждается, что привычная картина мира (или тональ) — лишь крохотный островок в бесконечном, непознаваемом и не поддающемся никаким формулировкам мире волшебства — так называемом нагвале. Тональ и нагваль — центральные понятия учения дона Хуана: тональ — мир заданный и разумный, нагваль — мир магических возможностей, воли и превращений. Между ними существует трещина, и путь воина предполагает умение существовать и действовать в обоих мирах. После обряда инициации Кастанеда и два других ученика, навсегда простившись с учителями, совершают прыжок с вершины горы в пропасть — в трещину между мирами. Предполагается, что в ту же ночь дон Хуан и дон Хенаро навсегда уходят из этого мира. Так в книгах Кастанеды заканчивается рассказ о периоде его непосредственного обучения у дона Хуана.

Сразу после появления первых книг о доне Хуане возник вопрос о степени достоверности его образа — реальное ли он лицо, и существовал ли прототип, или же он — плод художественного вымысла. В пользу возможности существования реального прототипа говорит тот факт, что коллега Кастанеды по университету Дуглас Шарон задолго до того, как познакомиться с Кастанедой, также прошел курс ученичества у перуанского курандеро Эдуардо Кальдерона Паломино. В беседах между собой Кастанеда и Шарон отмечали огромное количество совпадений между учениями Эдуардо и дона Хуана.