В полной темноте сражение несколько поутихло, лишь в отдельных местах пальба так и не прекратилась. Однако с первым лучом солнца оно было снова продолжено, причем с еще большим ожесточением В четыре часа утра французы силами четырех кораблей (среди которых был и неутомимый «Тон-нант»!) обрушились на «Александер» и уже порядком избитый «Меджестик». Однако и здесь добиться перевеса французам не удалось. Вскоре к двум британским линкорам подошли «Тезей» и «Голиаф». Дав несколько залпов, спустил флаг французский фрегат «Аретуза». С «Тезея» шлюпкой отправили было на «Артемиз» призовую партию, но французы, съехав на берег, взорвали свой фрегат. Тем временем еще четыре французских линкора и два фрегата, дрейфуя под ветер от английских кораблей, оказались вне досягаемости их пушек.

Около шести часов утра «Зилиео, «Голиаф» и «Тезей» снялись с якоря. Повинуясь сигналу Нельсона, они снова атаковали французские корабли. Вскоре французские линкоры «Эрю» и «Меркурий» выбросились на мель и подняли белые флаги.

В одиннадцать часов утра линейные корабли «Женере», «Вильгельм Телль» и «Тимолеон», фрегаты «Джустик» и «Диана», до этого практически не участвовавшие в сражении, подняли все паруса и устремились к выходу из бухты. Шедший последним линкор «Тимолеон», находясь под ветром, не сумел выйти из бухты и выбросился на берег. Бежавших французов пытался преследовать «Зилиес», однако был возвращен к эскадре приказом Нельсона.

Командующий не желал более рисковать, так как дело и так было сделано, и сделано блестяще. Из тринадцати французских линейных кораблей один был взорван, а восемь захвачены, два линкора и два фрегата бежали, а разбитые линейные корабли «Тимолеон» и храбрый «Тоннант» стояли неподалеку от английской эскадры, не в силах дать ход. На «Тоннанте» матросы, выполняя приказ своего погибшего командира, прибили флаг к мачте гвоздями. Но и у Нельсона уже не было сил атаковать. В таком неопределенном положении противники провели остаток дня и всю ночь.

Лишь утром 23 июля «Тезей» и «Леандр» снялись с якоря и подошли к «Тоннанту». Тот отбиваться уже не мог. Немногие оставшиеся в живых члены французской команды взорвали свой корабль и переправились на берег. С собой они унесли и обезображенное тело мужественного Дюпти Туара.

Вскоре на «Вэнгард» к Нельсону шлюпкой прибыл капитан Джеймс Сомарец. Нельсон встретил его на шканцах. Голова контр-адмирала была забинтована. Сомарецу тоже досталось: он был ранен в бедро и бок. Вначале капитан поздравил Нельсона с победой, и тот заулыбался в ответ. Но затем Сомарец решил сказать и об ошибках Нельсона.

— Очень жаль, что мы не… — только и успел произнести он.

Не желая слушать от подчиненного критику своих действий, Нельсон оборвал Сомареца.

— Слава богу, что мы не находились в желаемом вами порядке!

С этими словами он бросился вниз со шканцев и скрылся в своей каюте. Обескураженному Сомарецу не оставалось ничего другого, как отбыть к себе на корабль. Историки считают, что Сомарец решил упрекнуть Нельсона за маневр между французским флотом и берегом, который он считал излишне рискованным и невыгодным. Именно эта стычка на шканцах «Вэнгарда» будет стоить Сомарецу карьеры. Нельсон никогда не мог простить опытнейшего капитана (который был к тому же старше его по возрасту) за попытку критики и даже отказался представить его к награждению по итогам сражения, в котором Сомарец сыграл далеко не последнюю роль!

Итогом Абукирского сражения была потеря французами одиннадцати кораблей и пяти тысяч человек. Потери англичан составили 895 человек. Французского средиземноморского флота больше не существовало!

23 июля на эскадре победителей был отслужен благодарственный молебен, на котором все стояли со слезами на глазах.

Затем Нельсон горячо благодарил своих капитанов. Тогда же офицеры английской эскадры собрали 600 фунтов, чтобы раздать их вдовам и детям погибших матросов.

Через день Нельсон отправил в Лондон 50-пушечный корабль «Леандр» под командой капитана Томпсона с донесением об одержанной победе. Среди трофеев Томпсон вез и шпаги плененных французских капитанов, которые Нельсон презентовал лондонскому лорд-мэру. На «Леандре» в Лондон отправился и капитан флагманского «Вэнгарда» Берри. Однако до Лондона «Леандр» так и не добрался.

Утром 7 августа на траверзе острова Кандия он был перехвачен 74-пушечным французским линейным кораблем «Женере», тем самым, что несколько дней назад чудом вырвался из Абукирской бухты. Капитан Томпсон пытался избежать боя, но противник ему этого не дал. Разъяренные гибелью своих товарищей французские матросы требовали от своих офицеров решительной атаки. Томпсону удавалось несколько раз уклоняться от сближения вплотную. Повреждения Абукира не позволяли отвечать из всех пушек, а ослабленный такелаж избежать непрекращающихся атак. Один за другим были ранены Томпсон и Берри, выбыло из строя более сотни матросов. В 15 часов 30 минут, после шестичасового непрерывного боя, разбитый «Леандр» спустил свой флаг. Французы ликовали. Им удалось если не рассчитаться с англичанами за Абукир, то хотя бы значительно испортить настроение победителям.

Спустя некоторое время «Леандр» снова вернется к англичанам. Сделает это адмирал Федор Ушаков, захвативший «Леандр» при штурме крепости Корфу.

Тем временем в Абукирской бухте Нельсон провел ревизию захваченным французским кораблям. Три из них из-за больших повреждений были сожжены. Остальные шесть под командой Джеймса Сомареца отправлены в Гибралтар в распоряжение командующего британским средиземноморским флотом адмирала Сент-Винсента.

Весть о разгроме французского флота быстро достигла Тулона. Приморские города погрузились в траур. Почти в каждом доме оплакивали отца, сына, брата. Люди проклинали Директорию, однако до уличных беспорядков дело не дошло: еще свежи были воспоминания о якобинском терроре.