Каульбарс был официально назначен командующим 2-й армией 28 января(10 февраля) 1905 года и вступил в командование 30 января(12 февраля). До 8(21) февраля он знакомился позициями и частями {1901} . Его армия вновь готовилась к наступлению на Сандепу, а ее штаб вновь подвергся импровизационной реорганизации. Что же касается штаба 3-й армии, то он, начав работу в полном составе 10(13) января уже через 20 дней подвергся изменениям. Получив от Куропаткина приказание оставить Рузского, Каульбарс собирался взять с собой 4 полковников Генерального штаба и начальника штаба ген. Мартсона. Последний, как выходец из Варшавского округа, лишался, таким образом, ближайших сотрудников. Временно командующим 3-й армии назначался командир XVII-го Армейского корпуса генерал барон А. А. Бильдерлинг. Он тоже был очень недоволен медлительностью своего назначения {1902} . Был весьма недоволен и Рузский. Алексеев вяло пытался сопротивляться планам этой перестройки штабов в разговорах с Каульбарсом. Сотрудник штаба 3-й армии отмечал закономерность этой войны — русские взводы, роты и батареи ни в чем не уступали на поле боя японским, но чем крупнее было подразделение, тем хуже оно было по сравнению с японским. Сказывалось качество управления {1903} . Как генерал-квартирмейстер, Алексеев абсолютно правильно понимал значимость системы управления войсками: «Ведь не могут вести войну ротные и батальонные командиры; нужна сила направляющая. А у нас она слаба, и в этом важнейшая причина того тяжелого хода дел, который отражается на всем и здесь, и в России» {1904} .

Каульбарс взял с собой двух полковников — Н. А. Бабикова и Н. В. Краснокутского и ген.-м. А. Р. Эйхгольца {1905} , то есть наиболее близких ему людей, которых он выбрал для «первого эшелона» штаба еще в Одессе. Первый из них, об уходе которого жалел Алексеев, был старшим адъютантом управления генерал-квартирмейстера, то есть его помощником и первым заместителем. Его сменил полковник П. Д. Парский. Таким образом, и Гриппенберг, и Каульбарс, и ряд их ближайших сотрудников проработали на своих должностях около двух месяцев, после чего начались перемены. Пришлось привыкать к новым людям и отношениям. Бабиков, судя по всему, был действительно знающим офицером. Оказавшись среди незнакомых ему людей, на новой должности Каульбарс доверял ему больше чем Рузскому, которого хотел сменить. В результате Бабиков, как доверенное лицо командующего, стал действовать в обход начальника штаба и генерал-квартирмейстера армии {1906} . Изменение положения главных лиц штаба сразу же почувствовали и все сотрудники штаба — работа штаба в этих условиях была парализована {1907} .

В это время 2-я армия вела подготовку к повторному штурму Сандепу — там собирали осадную артиллерию, 28 шестидюймовых, 4 сорокадвухлинейных орудий, 28 шестидюймовых мортир, 8 восьмидюймовых мортир, имевших 20-кг. пироксилиновые бомбы. Каждое осадное орудие имело запас в 156 снарядов, восьмидюймовые мортиры — 40 пироксилиновых бомб. К батареям была подведена переносная сетка узкоколейной железной дороги. Руководство артиллерией было поручено командиру III Сибирского корпуса ген. Н. И. Иванову. «…на основательную артиллерийскую подготовку на этот раз вполне можно было рассчитывать. — отмечал ген. П. К. Ренненкампф, конный отряд которого находился на правом фланге 2-й армии. — В VIII, X и Сводном Стрелковом корпусе от 6 до 12 часов дня позиции противника с точно измеренных расстояний должны были громить 278 скорострельных, 40 поршневых орудий, 40 полевых мортир и 38 осадных орудий. По глубокому убеждению артиллерийского начальника шестичасового огня этой массы артиллерии должно быть достаточно, чтобы снести все деревни на позиции противника и пехоте оставалось бы только занять таковые, удержать и дать возможность артиллерии выехать на новые позиции» {1908} .

Прорыв фронта был основан на использовании «артиллерийского кулака», нечто подобное тому приему, который через десять лет начнут применять против русских армий австро-германцы в Галиции. Разница была в том, что решимости и единства в выполнении решений у русского командования не было. Одно за другим шли совещания. 8(21) февраля в них принял участие и Алексеев. В этот день Куропаткин отдал приказ о переходе 2-й армии в наступление через четыре дня с целью охвата левого фланга армии Оку. Армия Ноги еще не успела подойти из-под Порт-Артура. Для русских армий оставался слабый шанс добиться перелома ситуации в свою пользу. Но их командование по-прежнему не соответствовало уровню стоящей перед ним задачи. Так, например, при смене командования именно Алексеев, а не командующий 3-й армией и не начальник штаба, обещал Каульбарсу помощь в наступлении {1909} . Причину этого объясняет Алексеев, по свидетельству которого 4(17) февраля на совещании у Куропаткина произошла размолвка: «Каульбарс с Мартсоном настолько круто потолковали, что расставаясь руки друг другу не протянули, связующей нитью между штабами, пожалуй, буду лишь я» {1910} .

Куропаткин по прежнему требовал осторожности для соблюдения внезапности удара. Версия Главнокомандующего была малоубедительной. После первого боя под Сандепу говорить об этом здесь уже не приходилось. «Как бы все распоряжения по переходу в наступление не держалось в секрете, — с недоумением отмечал генерал Ренненкампф, — армия представляет из себя настолько сложный механизм, что она не может неожиданно для противника проявить свое наступательное действие, и при безусловной готовности противника неожиданности и ожидать трудно, тем более при условии основательной подготовки и атаки днем, а не ночью» {1911} . Колебания высшего командования действовали на войска удручающим образом, они все более теряли свою веру в тех, кто распоряжался судьбами русских армий в Манчжурии. Между тем, Куропаткин в своем абстрактно-механистическом отношении к ним не готов усвоить, что под его командованием находятся уже далеко не те люди, как в последнюю большую войну.

«Солдат очень двинулся за последние двадцать пять лет: он уже очень и очень рассуждает — писал после окончания боев под Шахэ доктор полевого госпиталя, — ему мало исполнять приказания, ему нужно понимать, для чего он должен делать то или другое. Видимо, он задается даже вопросом, можно ли воевать вообще… Различные сектантские и политические агитаторы тоже посеяли свое семя. Наконец, и огромный процент запасных в войсках является большим злом. Все это люди, отставшие от своего дела, часто уже пожилые или болезненные, окончательно осевшие на землю, или занимающиеся каким-нибудь промыслом, привыкшие к покойной семейной жизни и постоянно, разумеется, о ней мечтающие» {1912} . С таким запасом настроений армии подходили к последнему сражению русско-японской войны. Сомнения охватили даже генералитет. Вряд ли стоит ставить под сомнение вывод одного из участников наступления на Сандепу — что главный опыт этой операции состоит в том, что она показала, «как не следует атаковывать укрепленные селения» {1913} .

«Колебание и боязнь — вот наши недуги и болезни, — утверждал в эти дни Алексеев, — мы не хотим рисковать ничем и бьем и бьем лоб об укрепленные деревни. Мелкие цели, крупные потери, топтание на месте, противник остается хозяином положения, а быть хозяином положения должны были бы и могли бы быть мы (подч. Алексеевым. — А.О.). Нет, не нужно было бы увеличивать в нашем командовании того, что служит источником наших невзгод, которым пока не предвидится и конца» {1914} . От наступления пришлось отказаться — инициатива окончательно перешла к японцам. С таким запасом русские армии подошли к финальному сражению этой войны. Импровизированные штабы, отсутствие единой системы действий, конфликты между высшим генералитетом, постоянные изменения Главнокомандующим им же утвержденных планов. Незадолго перед Мукденской операцией, 5(18) февраля 1905 года, Алексеев так оценил Куропаткина: «Полководцу нужны: талант, счастье, решимость. Не говорю про знание, без которого нельзя браться за дело. Оценку таланта делать еще не время. Военного счастья нет, а решимость прямо отсутствует, а между тем на войне нужно дерзать и нельзя все рассчитывать» {1915} .

Куропаткин полностью потерял последнюю возможность разбить Ойяму до подхода подкреплений. Русские потери составили около 12 000 чел., из которых 7 000 пришлось на I Сибирский корпус, японские — около 9 000 чел. {1916} . 2-я армия растянулась в линию без резервов за ней. Командование своими конфликтами и перестановками подарило 10 дней противнику и вместо удара по тылам противника наступление встретило хорошо организованную оборону {1917} . При отсутствии налаженной штабной системы управления войсками вмешательство Главнкомандующего в управление ими через голову их непосредственных начальников приводило к путанице, беспорядку и поражениям. Прав оказался командующий Сибирским Военным округом ген.-л. Н. Н. Сухотин, когда после назначения командующих 1-й, 2-й и 3-й Манчжурскими армиями Каульбарса с назначением командиром роты, а на его удивление объяснил, что в Манчжурии будет три ротных командира — Каульбарс, Линевич и Гриппенберг, с батальонного уровня начинается командование Куропаткина {1918} . Эта система управления привела в полное расстройство и штаб Главнокомандующего и управление некоторыми армиями {1919} . Надежная система управления русскими армиями в Манчжурии так и не была налажена, что вскоре привевело их к тяжелому поражению.