В результате направлением его миссии был избран Алтай – Бийский и Кузнецкий уезды в южной части обширной Томской губернии. Здесь проживали несколько больших племен «инородцев», говорящих на разных наречиях татарского языка, и немало семей русских переселенцев.

Многочисленные организационные и финансовые вопросы по подготовке Алтайской миссии заняли около года.

23 августа архимандрит Макарий с двумя своими сотрудниками – бывшими семинаристами приехали в Бийск, который стал главным центром Алтайской духовной миссии.

С собой архимандрит Макарий вез несколько инструкций. В первой, от Синода, миссионерам было предписано преподавать инородцам христианское учение «сообразно с их младенческим состоянием» в кратком виде и только самые важные догматы, вразумлять, как правильно поклоняться (не боготворить) православным иконам, не прибегать к угрозам и притеснениям, не принуждать соблюдать их посты.

В другой инструкции, составленной тобольским архиепископом Евгением, содержались рекомендации с первых же дней изучать язык инородцев и по мере изучения переводить на него главы из Священного Писания, богослужебные книги и молитвы, а также вести постоянный журнал о ходе своих действий.

Еще одну инструкцию, а точнее, правила для себя и семинаристов составил сам начальник миссии. Правила начинались с такого пункта: «Желаем, да будет у нас все общее: деньги, пища, одеяние, книги и прочие вещи; и сия мера да будет для нас удобностию в стремлении к единодушию…»

Алтайские миссионеры привезли в Бийск также копии постановления Государственного совета от 17 июня 1826 года о льготах инородцам, принимавшим крещение (освобождение на три года от податей и повинностей), походную церковь и все необходимое для ее обустройства, приличный запас книг.

Архиепископ Евгений знал, о чем говорил, советуя начинать миссионерскую деятельность с изучения чужих наречий.

В рассказе Николая Лескова «На краю света» с удивительной точностью описаны те языковые трудности, с которыми сразу же сталкивался православный миссионер: «Выражения поэтические и фигуральные на него вовсе не переводимы, да и понятия, ими выражаемые, остались бы для этого бедного люда недоступны. Как рассказать им смысл слов: „Будьте хитры, как змии, и незлобивы, как голуби“, когда они и ни змеи, и ни голубя никогда не видали и даже представить их себе не могут. Нельзя им подобрать слов: ни мученик, ни Креститель, ни Предтеча, а Пресвятую Деву если перевести по-ихнему словами шочмо Абя, то выйдет не наша Богородица, а какое-то шаманское божество женского пола, – короче сказать – богиня. Про заслуги же Святой Крови или про другие тайны веры еще труднее говорить, а строить им какую-нибудь богословскую систему или просто слово молвить о рождении без мужа, от девы, – и думать нечего: они или ничего не поймут, и это самое лучшее, а то, пожалуй, еще прямо в глаза расхохочутся».

Поэтому первое время миссионерам приходилось общаться с местными жителями через переводчика – «толмача», находя его среди русских переселенцев.

Обосновавшись в Бийске, Макарий с сотрудниками стали знакомиться с окрестностями и местными нравами: узнавать, где живут христианские семьи и есть ли где желающие принять крещение. Выяснилось, что желание покреститься высказывал вслух молодой татарин Элески из селения Улалы (алтайцев ошибочно называли татарами).

Макарий немедленно отправился в Улалу и покрестил юношу, дав ему при крещении имя Иоанн. В миссионерских путевых заметках Макарий запишет: «Молодого татарина Элеску, желавшего вступить в Христову Церковь, имел я намерение оставить хотя на один день оглашенным, но мне сказали, что отец его, кочующий близ Улалы и весьма несогласный в мыслях с сыном своим, если получит известие о предприятии Элески, может отклонить его от исполнения оного. Посему я решил немедленно совершить над ним Таинство Крещения». Дата, которая значится в этом отчете, 7 сентября 1830 года, считается днем основания Алтайской миссии.

Новокрещеный Элески-Иоанн был привезен в Бийск, «дабы научить его молиться Богу». Ему вручили постановление о правительственных льготах и подарки. Должно быть, Макарий надеялся привлечь его к миссионерской деятельности, но первенец миссии вернулся домой…

Одни инородцы смотрели на крещение как на некий магический обряд, другие не хотели его принимать, опасаясь гнева и проклятия шаманов.

«– Как же, бачка, меня крестить? – мне много обида, бачка: зайсан придет – меня крещеного бить будет, шаман придет – опять бить будет, лама придет – тоже бить будет и олешков сгонит. Большая, бачка, обида будет», – объясняет герой рассказа Лескова «На краю света» свой отказ принимать крещение.

Один из сотрудников Алтайской миссии Стефан Ландышев будет вспоминать о том, как готовил архимандрит Макарий алтайцев к крещению: «Заходит он в татарскую юрту; в ней никого нет, кроме татарки, занятой стряпней, и ребенка, плачущего в колыбели. Отец Макарий ведет с нею беседу; татарка заслушивается, но ребенок мешает. И вот берет отец Макарий малютку, качает его, продолжает говорить, и татарка, сквозь плач ребенка своего, узнает истины христианства».

Макарий и сам оставил красноречивые записи о том, в каких условиях он проповедовал: «Огонь пылающий посреди шалаша, мужчины и женщины с дымящимися трубками сидящие вокруг огня, нагие дети, по горячему пеплу ползающие, нечистота и жалкая бедность во всем» (Записки архимандрита Макария, июль 1831 года).

Но он с самых первых дней понимал, что «в нашей службе делание без хранения оказывается тщетным и суетным».

«Мы еще не начинали быть миссионерами, хотя крестили, при помощи Божией, немногих из иноверцев здешних», – писал он митрополиту Филарету Московскому от 15 февраля 1831 года.

Пережив зиму в Бийске, в мае 1831 года отец Макарий с одним своим помощником переехал в большое село Улала. Бывший семинарист Василий Попов еще в ноябре скончался от чахотки.

Согласно отчету миссии, в Улале проживали четыре семейства крещеных черневых татар, три русские семьи пчеловодов и пятнадцать семей некрещеных телеутов. Семьям телеутов не понравилось соседство миссионеров, и они собрались было перейти в другое место.