После приказа № 61 я, естественно, не мог оставаться на моем посту, ибо оценка моей деятельности как первого, поднявшего знамя борьбы с Коминтерном, была квалифицирована как измена, и мне было поставлено в вину, что я решительно восстал против своеволия чехов на русских железных дорогах, запретив им бесконтрольно пользоваться телеграфными проводами и имуществом, на которое они привыкли смотреть как на свою собственность. Своим преследованием безобразий, творимых чехами, я восстановил против себя социалистов-революционеров, тесно связанных с чешским центром в Сибири, и ту часть омского генералитета, которая старательно заискивала перед иностранным командованием и чехами. С другой стороны, я не мог немедленно привести в исполнение свое решение об уходе в Монголию, так как японское командование решительно воспротивилось этому моему намерению, находя, что осуществление его поставило бы всю Забайкальскую область и линию железной дороги под удар со стороны Амурской области. В результате всего этого я был вынужден временно оставаться в Чите, ожидая прибытия специальной следственной комиссии, о назначении которой я просил Омск немедленно после того, как конфликт разразился.

Комиссия под председательством генерал-лейтенанта Катанаева и в составе пяти членов военных и гражданских юристов, в числе коих был и военный юрист генерал-майор Нотабеков, прибыла в Читу и немедленно приступила к работе. Ей была предоставлена полная возможность знакомиться со всеми делами всех без исключения учреждений и частей. После тщательного расследования комиссия установила, что военные грузы не только никогда не задерживались мною, но экстренными мерами, вне всякой очереди проталкивались по Забайкальской жел. дороге до станции Мысовая. Некоторая задержка происходила вследствие того, что на КВЖД не хватало вагонов и агенты заготовительных органов Омска допускали злоупотребления, уступая предоставленные им вагоны за соответствующее вознаграждение частным предпринимателям, которые везли в Сибирь самые разнообразные товары с чисто спекулятивными целями. В Омске ряд высших чинов Управления военных сообщений был предан суду за спекуляцию вагонами, и суд вынес обвиняемым очень суровый приговор, смягченный адмиралом. Комиссия генерал-лейтенанта Катанаева открыла также, что распоряжением иркутского губернатора Дунина-Яковлева, который, как я указал выше, будучи социалистом-революционером, находился в непримиримой оппозиции правительству и втихомолку сотрудничал с красными партизанами, часть вооружения и снаряжения снималась на станции Иннокентьевская якобы для нужд местного Иркутского гарнизона. Для меня, однако, не было секретом, что все задержанное имущество направлялось не в Иркутск, а в партизанские отряды Щетинкина, Калашникова и др. Почти все вооружение и обмундирование, шедшее из Америки, не без ведома генерала Гревса, ярого противника Омского правительства, передавалось из Иркутска красным партизанам. Дело являлось настолько безобразным с точки зрения морали и элементарной порядочности американских представителей в Сибири, что министр иностранных дел Омского правительства Сукин, являясь большим американофилом, с трудом смог замять начавшийся было разгораться скандал.

Комиссия в результате тщательного исследования всего следственного материала пришла к заключению, что все обвинения, предъявленные мне, не имели под собой никаких оснований и приказ № 61 в лучшем случае являлся печальной ошибкой введенного в заблуждение Верховного правителя.

В это время левыми социалистами-революционерами было произведено покушение на меня, и я был довольно тяжело ранен. Верховный правитель, осведомившись о моем ранении и о результатах следствия, не только отменил приказ № 61 и восстановил меня во всех правах, но вскоре же произвел меня в чин генерал-майора и назначил командующим войсками Читинского военного округа. В октябре месяце 1919 года последовало назначение меня военным губернатором Забайкальской области и помощником Главнокомандующего вооруженными силами Дальнего Востока и Иркутского военного округа, каковым являлся генерал Розанов, имевший свою главную квартиру во Владивостоке.

О том, что конфликт мой с Омском был вызван недоразумением и, главным образом, интригами ген. Лебедева, говорит и сам адмирал в показаниях своих, данных им чрезвычайной следственной комиссии в Иркутске. Привожу выдержки из этих показаний в той их части, которые касаются меня (Центроархив. Допрос Колчака. Стенографическая запись. Государственное издательство. Ленинград. 1925 г. Допрос 6 февраля 1920 г., стр. 194, 195, 196).

«…Вслед за тем вечером, в то время когда мы потребовали прямой провод во Владивосток для переговоров с Ноксом, мне доложили, что прямого провода нет, что Чита прервала сообщение. Я предложил начальнику Штаба выяснить этот вопрос. На это мне ответили СОВЕРШЕННО НЕОПРЕДЕЛЕННО, ГОВОРИЛИ, ЧТО НИКАКОГО ПЕРЕРЫВА НЕТ, А ВСЕ-ТАКИ МЫ НЕ МОЖЕМ ПОЛУЧИТЬ ВЛАДИВОСТОК; было ясно (?), что перерыв находится в Чите».

«…Затем я получил известие, которое ПОТОМ ОКАЗАЛОСЬ НЕДОРАЗУМЕНИЕМ, но тогда на меня произвело впечатление чрезвычайно серьезное: это была первая угроза транспорту с оружием, обувью и т. д., задержанному где-то на Заб. ж. д. Впоследствии оказалось, что это было не предумышленной задержкой, а задержкой благодаря непорядкам на линии; мне же доложили это так, что я поставил это в связь с перерывом сообщения и решил, что дело становится очень серьезным, что Семенов уже задерживает не только связь, но задерживает доставку запасов».

На вопрос одного из членов чрезвычайной следственной комиссии (Алексеевского): «А вашего приказа о лишении Семенова должности вы не отменяли?» – адмирал Колчак ответил: «Нет, не отменял; я отменил его после следственной комиссии, когда Катанаев вернулся и, проведя расследование, сказал, что ФАКТА И НАМЕРЕНИЯ со стороны Семенова прервать связь и ничего не доставлять на фронт НЕ БЫЛО и что все это было помимо него».

После ознакомления с результатами работы следственной комиссии и моими докладами о положении на Дальнем Востоке адмирал убедился в полной вздорности всех возводимых на меня обвинений в нарушении связи, нежелании подчиняться и в стремлении к полной изоляции Дальнего Востока от Омска. Он понял, что все эти обвинения – результат интриг честолюбцев, считавших себя более достойными тех постов, кои занимались мною. Поэтому после ликвидации конфликта адмирал довольно часто вызывал меня к прямому проводу и спрашивал моего мнения по поводу тех или иных намеченных мероприятий. Первый вызов последовал в начале июня 1919 года, когда мне было предложено высказать свое мнение по целому ряду вопросов в связи с движением на Пермь генерала Гайды. Позднее адмирал просил меня воздействовать на братьев Пепеляевых, вставших на путь сибирского сепаратизма после того, как армия генерала Пепеляева была отведена в тыл и расположена в районе Томска и ст. Тайга. По этому случаю мною были посланы телеграммы премьер-министру Пепеляеву и его брату, генерал-лейтенанту Пепеляеву, о необходимости теснейшего объединения всех противобольшевистских сил вокруг Верховного правителя и сохранения в интересах родины единого идеологического фронта. Вскоре же по поручению Верховного правителя мною был представлен ему план дальнейшей борьбы с большевиками.

В основу этого плана мною были положены, главным образом, соображения и данные о настроениях народных масс и их отношение к нам и преследуемым нами целям. Результаты данных, представленных Верховному правителю, были весьма неутешительны для нас: народ слепо верил обещаниям большевиков и стремился к миру во что бы то ни стало. Безответственная агитация социалистов и их обещания переустройства мира вызывали раздражение против белых, которых считали единственным препятствием на путях ко всеобщему умиротворению и работе по проведению необходимых и благодетельных реформ. Мы, не желая обманывать народ, не могли обещать ему тех благ, на которые не скупились наши противники, и народ верил не нам, а им, и потому нас не поддерживал и считал за смутьянов, преследовавших свои эгоистические цели.

Кроме того, я считал, что план наступления Сибирской армии своим правым флангом на соединение с англичанами на севере был неудачен, вследствие дикости и малой населенности театра предстоящих военных действий. Слабо развитые пути сообщения не могли способствовать установлению связи и правильному снабжению частей этого фронта. Редкость населения не давала возможности рассчитывать на получение сколько-нибудь значительного контингента пополнения и на возможность получения питания армии хотя бы отчасти местными средствами. С другой стороны, имело бы полное оправдание с точки зрения стратегии и политики продвижение Сибирской армии в Поволжье. Продвигаясь в этом направлении, она достигла бы соединения с юго-западной армией генерала Деникина, отбрасывая красных на север, к фабрично-заводскому району, и лишая их возможности использования хлебных запасов южной России. Таким образом, мы приобретали большие возможности, особенно в том случае, если бы одновременно с наступлением соединенных Сибирской и Добровольческой армий с севера повели бы согласованное наступление на Петроград – Москву войска Северного фронта генерала Юденича и англичане из Архангельска. Правда, при осуществлении этого плана противник имел более короткие операционные линии и находился в непосредственной близости от своих баз, что давало ему возможность действовать короткими ударами по всем направлениям, но, с другой стороны, я не сомневался в том, что моральное значение того стратегического окружения большевиков, которое достигалось при реализации моего плана, должно было в сильной степени повлиять на красных и заставить их или стремиться к прорыву в Туркестан, или готовиться к капитуляции в Москве.