В армии Андреев служил писарем, нес караульную службу, был бойцом похоронной команды, и как вспоминали его сослуживцы, старался на каждую солдатскую могилу положить букетик полевых цветов. Война наполнила его новыми переживаниями и раздумьями о путях страны и народных судьбах. Демобилизовавшись, он снова продолжает работу над романом, дописывая задуманные главы, переписывая законченные. В конце войны его судьба уже неразрывно связана с Аллой Александровной Бружес, художницей, отмеченной, как признавали даже ревнивые современницы, боттичеллиевской красотой. Он писал в стихах, ей посвященных, о тех днях:

Но счастье у очага оказалось кратким. 21 апреля 47-го года арестовали Даниила Андреева, через день его жену. Она вспоминала: «Поздно вечером 23 апреля пришли за мной. Вошли трое. Капитан, возглавлявший визит, вел себя вполне корректно. Обыск был для него привычной и обыденной работой. Он длился четырнадцать часов. Всю нашу большую библиотеку перебирали по книжке: искали роман и стихи, о которых уже знали…» К осени были арестованы близкие друзья, знакомые с романом «Странники ночи», и родственники. При аресте последней обитательницы квартиры Добровых, его двоюродной сестры, дверь большой добровской комнаты забили гвоздями. «Забивали топором, мучительно долго. Невольно представлялся гроб…» – описывала этот арест соседка.

Следствие велось под руководством высших чинов МГБ – Абакумова и Комарова. Обвинение было устрашающим – террор, подготовка покушения на Сталина. Основывалось обвинение главным образом на романе «Странники ночи». В одной из глав описывалась якобы существовавшая на Якиманке подпольная группа, вынашивавшая подобный план. На Лубянке никак не могли или не хотели поверить, что это всего лишь художественный вымысел, пусть и крамольный. Остальные доказательства выбивали из подследственных в течение полуторогодового следствия. Абакумов в спецсобщении Сталину приводил выбитые из подследственного малоправдоподобные признания: «…Я неоднократно задумывался над возможностью осуществления своих террористических замыслов против главы Советского государства во время торжественного заседания или спектакля в Большом театре, но опять пришел к выводу, что это неосуществимо, так как во время торжественного заседания или представления свет в зале гасится и делать прицельный выстрел крайне затруднительно, а в антракте трудно улучить момент, чтобы остаться вне публики, стрелять же прямо из публики я считал бессмысленным самопожертвованием, так как для того, чтобы прицелиться и произвести выстрел, необходимо какое-то время, в течение которого всегда кто-либо из окружения заметит и помешает осуществлению моих намерений…» Сталин абзац с этими словами подчеркнул.

В постановлении Особого Совещания при МГБ СССР говорилось: «Андреева Даниила Леонидовича за участие в антисоветской группе, антисоветскую агитацию и террористические намерения заключить в тюрьму сроком на двадцать пять лет, считая срок с 23 апреля 1947 года. Имущество конфисковать». Вместе с ним по тому же делу было осуждено еще девятнадцать человек, приговоренных к лагерям на срок от десяти до двадцати пяти лет. Они были признаны виновными в том, что «являлись участниками антисоветской террористической группы, созданной и возглавляемой Андреевым, участвовали в сборищах, проводимых Андреевым, на которых высказывали свое враждебное отношение к Советской власти и руководителям Советского государства; распространяли злобную клевету о советской действительности, выступали против мероприятий ВКП(б) и Советского Правительства и среди своего окружения вели вражескую агитацию». Осужденные избежали расстрела лишь потому, что как раз в то время смертная казнь в СССР ненадолго была отменена.

По окончании следствия роман «Странники ночи», несмотря на протест автора, уничтожили, как и весь архив Андреева, в котором были не только его рукописи, но и письма отца. Не хочется верить в гибель «Странников ночи», романа, по свидетельствам современников, незаурядного…

После приговора, 27 ноября 1948 года Даниил Андреев из страшной Лефортовской тюрьмы МГБ был переведен во Владимирский централ. Его сокамерниками здесь в разное время были пленные высокопоставленные немцы и японцы, принимавший отречение царя В.В. Шульгин, академик В.В. Парин, осужденный по ленинградскому делу историк Л.Л. Раков и многие другие заметные люди, часто ни в чем не виновные. Попадались и просто уголовники. Именно здесь, в тюрьме, Даниил Андреев написал главные свои книги, ныне широко известные.

Вот что он говорит о начале работы над «Розой Мира». «Я начинал эту книгу в самые глухие годы тирании, довлевшей над двумястами миллионами людей. Я начинал ее в тюрьме, носившей название политического изолятора. Я писал ее тайком. Рукопись я прятал, и добрые силы – люди и не люди – укрывали ее во время обысков. И каждый день я ожидал, что рукопись будет отобрана и уничтожена, как была уничтожена моя предыдущая работа, отнявшая десять лет жизни и приведшая меня в политический изолятор».

Писать «Розу Мира» поэт стал, пережив новые мистические озарения, когда ему открылись те иноматериальные миры, которые лишь мельком просверкнули пред ним давней июльской ночью на Неруссе. Эти озарения, бессонные ночи на тюремных нарах, уносившие в трансфизические странствия, напряженная творческая работа, тяжелые переживания о судьбе жены, о которой он долго не имел никаких известий, томившейся в Дубровлаге, привели к тяжелой депрессии и инфаркту.

Уже после смерти Сталина, когда в режиме появились некоторые послабления, он написал поразительное по искренности и бесстрашию заявление на имя Председателя Совмина Г.В. Маленкова: «Мое враждебное отношение к советской системе имело в основе своей отрицание не столько экономической стороны этой системы, сколько политической и культурной. В частности, я не видел в нашей стране подлинных демократических свобод и, увы, моя собственная судьба подтвердила это. Теперь, как и раньше, мое отношение к советской власти зависит от той степени свободы слова, печати, собраний, религиозной деятельности, какую советская власть осуществляет фактически, не в декларациях, а на деле. Не убедившись еще в существовании в нашей стране подлинных, гарантированных демократических свобод, я и сейчас не могу встать на позицию полного и безоговорочного принятия советского строя».

Это заявление стоило ему, по крайней мере, лишнего года, проведенного в тюрьме. Освобождение пришло только благодаря неотступным хлопотам жены ровно через десять лет после ареста. В эти годы хрущевской «оттепели» освобождались из тюрем и лагерей многие сталинские узники. Были освобождены и реабилитированы «за отсутствием состава преступления» и осужденные по делу Даниила Андреева. Правда, вернулись не все. Умерла в лагерной больнице двоюродная сестра, в потьминском инвалидном доме умер брат… Поэт чувствовал и себя виновным в их гибели.