Оперируя в госпиталях, Пирогов буквально творил чудеса, не отказываясь от, казалось бы, безнадежных случаев. Для его страстной натуры вопрос в ту пору решался так: если можно оперировать, значит, нужно оперировать. Петербургские врачи с нетерпением ждали его операций, ведь это была настоящая хирургическая школа.

В покойницкой Обуховской больницы Пирогов прочитал для ведущих петербургских врачей курс лекций по хирургической анатомии. Поскольку в империи Николая I даже курс анатомии нельзя было прочитать без высочайшего разрешения, один из известнейших русских медиков, лейб-хирург его величества Арендт, испросил требуемое разрешение и сам стал самым ревностным слушателем Пирогова.

Лекции молодого хирурга были точны и наглядны. Каждое утверждение подкреплялось демонстрациями одновременно на нескольких трупах: на одних он показывал положение органов в той или иной области тела, на других делал все операции, производящиеся в данной области.

В Академии наук перед почтеннейшим собранием Пирогов прочитал лекцию о ринопластике. Он купил в парикмахерской манекен из папье-маше, отрезал у него нос, а лоб обтянул куском старой резиновой галоши. Рассказывая ход операции, выкроил из резины нос и с блеском пришил его на место. Он убедительно говорил об огромных возможностях пластической хирургии, о не изученных еще способностях человеческого тела, таких как «восстановление целости поврежденных частей и развитие новой жизни в частях, перемещенных или пересаженных».

Фактически профессорская деятельность Пирогова началась еще до его утверждения в профессорском звании. По существу, это произошло в Риге и продолжилось затем в Дерпте и Петербурге.

Министр Уваров принял будущего профессора Пирогова в домашнем халате. Как говорится, «О, времена, о нравы!» Он согласился назначить Пирогова в Дерпт, поругал дерптских студентов и указал на необходимость исправлять их нравственность, поскольку во время посещения Уваровым Дерпта студенты позволили себе посмеяться над господином министром. Уваров играл поясом от халата, думал о чем-то своем, ему было не до Пирогова, не до кафедр хирургии и вообще не до ведомства народного просвещения, которым он руководил. Он жил своей далекой от интересов Пирогова жизнью. Что ж, каждому свое.

Профессорская жизнь началась для Пирогова с освоения немецкого языка. Заканчивая первую лекцию, Пирогов сказал: «Господа, вы слышите, что я худо говорю по-немецки. Поэтому мои лекции могут оказаться не такими ясными, как мне бы хотелось. Прошу вас сообщать после каждой лекции, в чем я не был достаточно вами понят, и я готов вновь повторять и объяснять все, что необходимо». Скоро хирургия стала у студентов одним из любимейших предметов. Когда ученики попросили у Пирогова его портрет, то он подарил им литографию с надписью: «Мое искреннейшее желание, чтобы мои ученики относились ко мне с критикой, моя цель будет достигнута только тогда, когда они убедятся в том, что я действую последовательно; действую ли я правильно? – это другое дело; это смогут показать лишь время и опыт».

Молодой профессор начал с того, что объявил главным девизом своей деятельности абсолютную научную честность. Этот девиз он пронес через всю жизнь.

В 1837 году – на втором году профессуры – Пирогов выпустил первый том «Анналов хирургического отделения клиники императорского университета в Дерпте». В 1839 году вышел в свет еще один том.

«Анналы» – это собрание историй болезней, распределенных по разделам в зависимости от характера заболевания.

Подробные, тщательные описания сопровождались статьями-обобщениями, размышлениями, заметками, выводами. В «Анналах» много записей с анализом ошибок: «…я совершил крупную ошибку в диагнозе», «…чистосердечно признаюсь, что в этом случае я, может быть, слишком поторопился с операцией», «…в нашем лечении была совершена только одна ошибка, в которой я хочу чистосердечно признаться», «…при этом я не заметил, что… глубокая артерия бедра… не была перевязана», «…больного, описанного в случае 16, я таким образом буквально погубил… Я должен был быть менее тщеславным, и если я уже однажды совершил ошибку, решившись на операцию, то мог хотя бы спасти больному жизнь ценою жертвы конечности».

Пирогов требует от себя правды и честности. Не случайно он взял эпиграфом к «Анналам» слова Жан-Жака Руссо: «Пусть труба Страшного суда зазвучит, когда ей угодно, я предстану перед высшим судьей с этой книгой в руках. Я громко скажу: вот что я делал, что думал, чем был!»

Николай Бурденко назвал пироговские «Анналы» «образцом чуткой совести и правдивой души», Иван Павлов – «подвигом». «Анналы» – это правдивый рассказ о том, как распознавали болезни, как лечили, как заблуждались и как побеждали медики того времени. Но «Анналы» – это и научный документ, на страницах которого нашли место важные пироговские прозрения. Бесстрашные шаги из прошлого в будущее. Отказ от шаблона мысли, шаблона взгляда, шаблона действия, от «непостижимого стремления человеческого ума заключить природу в ограниченные рамки искусственной, надуманной классификации».

Операции шли иначе, чем сегодня. Вот, например, описание операции по ампутации бедра: «…Были сделаны два боковых разреза, чтобы можно было отвернуть кожу. У границы отвернутой кожи мышцы перерезаны двумя сильными сечениями и кость перепилена. Длительность операции – 1 минута 30 секунд. Было наложено шесть лигатур, одна кожная артерия перекручена. Во время операции и наложения повязки больной то и дело впадал в глубокий обморок, который преодолевался холодным опрыскиванием лица и груди, втиранием под носом аммиачной нюхательной соли и небольшими дозами винного напитка. Больной просил соленого огурца и получил ломтик».

Пирогов много оперировал. За первые два года профессорской деятельности он провел триста двадцать шесть крупных операций: перевязывал артерии, ампутировал конечности, удалял руку вместе с лопаткой, вылущивал опухоли, делал глазные операции, занимался пластической хирургией.

Николай Иванович оперировал не только в Дерпте. Брал двух-трех помощников и отправлялся в поездку по губернии. Поездки эти называли в шутку «Чингисхановыми нашествиями». В небольших городах Пирогов останавливался на неделю и успевал сделать полсотни и больше операций.