После ухода американцев, война вспыхнула с новой силой. Основной движущей силой пока стали сомалийские кланы — и победивший американцев клан хабр-гадир, ослабленный боями, обречен был на то, чтобы стать врагом для всех. В апреле девяносто пятого — начались бои милиции Айдида с представителями клана хавийя, одного из крупнейших. В июле девяносто пятого — полностью сгорел крупнейший рынок в стране — рынок Бакараха, уничтожив товара на многие миллионы долларов — в поджоге обвинили Айдида, который якобы за это получил деньги от иностранцев. В сентябре девяносто пятого — отряды Айдида (хабр-гадир) начали наступление на юго-восток страны, на враждебные кланы. В октябре девяносто пятого — полковник Хассан Мухамед Нур Шатигадуд создал межклановое вооруженное ополчение, названное «Армия сопротивления Равахейн» Начались бои за Бодайбо, Худдур и Байдоа. В октябре же — боевики Али Махди Мохаммеда открыли огонь по гражданским судам в порту Могадишо, что привело к прекращению поставок гуманитарной помощи, голоду и нарастанию недовольства. В девяносто шестом был взят Бодайбо, после чего генерал Айдид перенес вою резиденцию туда. Войска хабр-гадир возглавил его сын, Хусейн Айдид, бывший морской пехотинец США.

В апреле девяносто шестого — Айдид возвращается в Могадишо, который до этого контролировался боевиками Али Махди Мохаммеда и злейшего врага генерала — лидера исламистов Османа Атты. Части генерала Айдида начинают уличные бои в городе, постепенно продвигаясь к кварталу Медина, оплоту исламских экстремистов в городе и в стране. Уже во время боев в самом квартале Медина — генерал Айдид был смертельно ранен снайпером и позже — скончался от полученного ранения, пуля, возможно, была отравлена. Его преемником становится Хусейн Айдид — но наступление прекращается и больше — хабр-гадир уже никогда не сможет претендовать на всю территорию страны. Все группировки, временные союзы, заключенные против габр-гадир распадаются на части и начинается ожесточенная война всех против всех…

В это же время — начинается постепенный подъем в стране радикального ислама.

Ислам в Сомали был всегда, но он был настолько перемешан с традиционными религиями и племенными обычаями, что его нельзя было назвать исламом в чистом виде. Первые радикальные группировки — это были Вахда эль-Шабааб эль-Ислам и Джама эт эль-Ислами — появились в стране в шестидесятые, но президент Мохаммед Сиад Барре жестоко преследовал проповедников чистого ислама, и многие его сторонники были вынуждены бежать, в том числе — на Ближний Восток, где обзавелись связями среди исламских радикалов. Эти группировки начнут возвращаться в страну только в середине восьмидесятых, когда Барре решит провести либерализацию — которая и приведет в конечном итоге к войне. Радикалы — сыграют в начале войны немалую роль, ведь она зародится на севере Сомали, оружие восставшим через Красное море будут поставлять именно исламисты.

В условиях полного крушения государственности — одной из минимальных потребностей народа Сомали стала система судопроизводства. Хоть какого-то, позволяющего решать хотя бы мелкие бытовые и семейные споры. Такие суды стали появляться при мечетях: имамы стали разрешать споры как судьи. Потом — у мечетей стали появляться и вооруженные отряды: ведь исламистам Сомали оказывали помощь с Ближнего Востока, для нищей как церковная крыса Сомали это были огромные деньги. Поступающие средства позволили сначала нанимать вооруженные отряды для защиты мечетей от грабителей, потом — эти отряды стали исполнять роль судебных приставов, силой обеспечивающих исполнение решений судов. Одновременно с этим происходил естественный отбор: денежные средства получали только наиболее радикальные имамы, в том числе вернувшиеся из Саудовской Аравии и принявшие там ваххабизм. Так в стране — появился и ваххабизм и первые люди Аль-Каиды…

Первый исламский суд появился еще в девяносто четвертом на севере страны. Второй — в девяносто шестом в городке Белетвейн. Затем суды стали создавать и другие города — в отличие от племенных судов они старались разрешать дела справедливо, пусть и по нормам шариата. Постепенно — суды стали создавать систему образования (медресе при мечетях), здравоохранения, собственную полицию, становиться точками, вокруг которых собирались все, кому ужен был порядок. Суды и те, кто был с ними связан — не делили людей на кланы и племенные группы, в отличие от тех кто вел гражданскую войну — и людям это нравилось. В девяносто восьмом — исламские суды округов Ифка, Халан, Цирколо, Варшадда, Харараале решили объединить свои усилия, договорились о признании решений друг друга и создании объединенной стражи. С этого времени — власть и влияние судов стали быстро расти, людям нужен был хоть какой-то порядок. Уже в девяносто девятом суды контролировали торговлю на восстановленном рынке Бакараха, в июле девяносто девятого — установили посты на дороге из Могадишо в Афгон. В это же время — решением одиннадцати исламских судов была создана Организация исламских судов Сомали. В ее главе стал шейх Хасан Абдулла Херси, выходец из Огадена, провинции Эфиопии где шла гражданская война, а руководителем спецслужб Судов стал Фазиль Абдаллах Мухаммед, активный член Аль-Каиды, участвовавший в боевых действиях в Афганистане, в нападении на эсминец Коул, в терактах у посольств США в Дар-Ас-Саламе и Найроби, в других нападениях.

На территориях, находящихся под контролем судов — установился примерно тот же порядок, что в Афганистане при талибах. Женщины должны были носить чадру, мужчины — бороду. Закрывались кинотеатры, запрещали футбол, азартные игры, наркотики. После терактов 9/11 правительство США объявило вне закона организацию Эль-Барракат, занимавшуюся переводом денег в Сомали — и все бизнесмены оказались в зависимости от нелегальной сети Хавала, полностью контролируемой исламскими радикалами. Это еще больше упрочило власть судов.

Видя, что происходит — Соединенные штаты Америки принялись воздействовать на ситуацию, прежде всего силами ЦРУ — потому что было принято категорическое решение о невозможности повторного ввода войск в Сомали. Какое то «законно избранное» правительство уже существовало — но раскручивать его начали лишь после GWOT, до этого — оно контролировало разве что те кабинеты, в которых сидело. Страна была разорвана на части — уже давно, в девяностые откололся и стал независимым Сомалилэнд, северные провинции на берегу Аденского залива, с которых начиналась гражданская война. В девяносто восьмом — откололся соседний Пунтленд, это стратегическая точка, стык Аденского залива и Индийского океана. Наконец в две тысячи втором году — появилось искусственное образование на юго-востоке Сомали, не оправданное ни историческими, ни этническими причинами — просто там была наибольшая концентрация племенных боевиков, и они не хотели, чтобы в контролируемых ими регионах прорастали исламские суды. В новое автономное объединение вошли регионы Средняя и Нижняя Джуба, Бая, Бакуя и Гедо и уже упоминавшаяся Армия сопротивления Равахейн, ставшая армией нового протогосударства. Почти сразу же после провозглашения автономии между командующим Армии сопротивления Равахейн Хассаном Мухамедом Нуром Шатигадудом и его двумя заместителями (по сути полунезависимыми полевыми командирами) Адан Мухамедом Нур Мадобе и Мухамедом Ибрагимом Хабзаде начались вооруженные столкновения.

Но именно на этом фундаменте — американцы стали строить силу против возраставшей власти Судов. В 2004 году в городе Бендоу желающие получать американскую помощь деньгами, оружием и инструкторами полевые командиры и главари племенных ополчений создали Союз для восстановления мира и борьбы с терроризмом. Законное правительство было сформировано заново, полевые командиры получили в нем вполне пристойные посты — так лидер боевиков — сепаратистов юга Шатигадул стал министром финансов. В том же году — на конференции Африканского союза под давлением США было принято решение о признании переходного правительства Сомали и отправки миротворческого контингента, в основном состоящего из эфиопской армии ему на помощь. У эфиопов были свои причины вмешиваться — спорная провинция Огаден принадлежала эфиопам, но там жили люди, этнически общные с сомалийцами и глава Исламских судов, который назывался «Шейх Турки» — тоже был из Огадена. Злейшие враги эфиопов эритрейские сепаратисты — были главными поставщиками оружия и каналом переправки исламистских боевиков в Сомали. Эфиопы и раньше вторгались на приграничные территории Сомали — но теперь это была полномасштабная операция. Если не хочешь воевать на своей земле — воюй на чужой. В период 2005–2006 годов переходное правительство, состоящее в основном из южных сепаратистов — поддержала Хабр-Гадир и вооруженная милиция Ботана Исы Алина, крупного криминального и племенного авторитета.