После кончины Елены Глинской защитниками государя-мальчика можно считать митрополита Даниила, ослабевшую от репрессий семью Глинских и, возможно, Вельских (родственников великого князя, хотя и отдаленных). Значительная партия стояла за Старицких, и еще одну сильную партию составляли Шуйские. Этим последним приход к власти князя Владимира Андреевича с его властной матерью представлялся, надо полагать, версией "Елена Глинская номер два". Иными словами, нежелательным вариантом развития ситуации.

Исследователи XVI столетия сосредоточивались на роли князя Владимира Андреевича в придворных интригах и притязаниях знати. При этом упускалось из виду, что претендента из семейства Старицких уравновешивала целая гроздь кандидатов из ветви Шуйских. Выставить своего кандидата до смерти князя Владимира Андреевича Шуйские не могли. Но выбить разрозненную и, видимо, довольно слабую группировку, окружавшую Ивана Васильевича, оттеснить ее от кормила власти, а потом сделать великого князя орудием своей воли — о, это был очень хороший план! Он приводил к тому, что Шуйские, используя нелюбимого мальчишку как фасад для княжения их собственного клана, становились реальными правителями России.

Так и сложился действительный ход событий. Разумеется, в подобных обстоятельствах слухи о незаконнорожденности великого князя оказались выгодными для сторонников Старицких, поскольку оправдывали их стремление к трону. Однако полезными они были и для сторонников Шуйских, поскольку ослабляли и без того нетвердую позицию группировки, честно ориентировавшейся на самого Ивана Васильевича.

Итак, в конце 30-х — первой половине 40-х годов XVI столетия Шуйские делают несколько решительных шагов к верховной власти и на некоторое время завоевывают ее. Символом особого положения Шуйских стало принятие князем Василием Васильевичем Шуйским древнего, ставшего к середине XVI столетия архаичным титула наместника Московского. Для этого им пришлось в 1538 году разгромить слабейшего противника. Весной Шуйские арестовали князя Ивана Федоровича Телепнева-Оболенского, отправили его в темницу и там уморили голодом. Двух представителей рода Шуйских вскоре пожаловали боярским чином, и вместе с прежними боярами Шуйскими в думе сидело уже четыре князя этой фамилии! Осенью того же года князя Ивана Федоровича Вельского взяли под стражу, а свиту его разослали "по селом". Дьяка Федора Мишурина, возвысившегося еще при Василии III и державшегося партии юного великого князя, обезглавили "без государского веления". Боярина Михаила Васильевича Тучкова выслали из Москвы "в село". А несколько месяцев спустя самого митрополита Даниила свели с кафедры. Летопись, отражающая точку зрения церкви, сообщает о событиях того времени следующее: "…и многу мятежу и нестроению в те времена быша в христианьской земле, грех ради наших, государю младу сущу, а бояре на мзду уклонишася без возбранения, и много кровопролития промеж собою воздвигоша, в неправду суд держаще, и вся не о Бозе строяше, Богу сиа попущающе, а врагу действующе".

В 1542 году Шуйские свергли митрополита Иоасафа, вступившегося за князя Вельского. Тот же Иван Федорович Вельский отправился на Белоозеро "в заточение", где позднее был убит, а виднейшие сторонники князя — в ссылку "по городом". Летопись добавляет: "И бысть мятеж велик в то время на Москве и государя в страховании учиниша". Более того, с князем Вельским расправились вопреки мнению малолетнего государя, который его "в приближении держал и в первосоветниках". Шуйских поддерживала мощная группировка московской знати и, возможно, Новгород, — не было силы, способной им противостоять.

Покуда свершался переворот, малолетнего государя разбудили среди ночи и заставили "пети у крестов". Великий князь, несмотря на громкий титул, оказался бессилен как-либо помочь своему любимцу князю Вельскому — он не был настоящим государем даже в собственных покоях! Но самое страшное унижение ему пришлось испытать в сентябре 1543 года. Шуйские и их сторонники избили государева приближенного, Федора Семеновича Воронцова, за то, "…что его великий государь жалует и бережет". Это произошло непосредственно во время заседания Боярской думы! На Воронцове разорвали одежду и собирались его убить. Иван IV едва упросил пожалеть фаворита. Однако уговорить Шуйских не отправлять Воронцова в дальнюю Кострому, а ограничиться ссылкой в близкую Коломну, великому князю уже не удалось.

Трудно сказать, в чем причина столь жестокого отношения к Воронцову, отпрыску знатного боярского рода. Некоторые исследователи строили предположения о гомосексуальной связи его с одиноким подростком в великокняжеских одеждах. Твердо доказать или окончательно опровергнуть подобные теории невозможно. Но допустим, нечто подобное случилось — или хотя бы появились устойчивые слухи об осквернении Ивана Васильевича. Как, почему служилые аристократы, стоявшие у подножия трона, допустили подобное? Любой человек, оказавшийся в приближении к венценосной особе, не случаен. Это всегда и неизменно живой результат сложных политических игр, придворных интриг. Рядом с государем-мальчиком оказался Воронцов, и расправа над ним заставляет задуматься: вероятно, и тут была особая игра с нерасшифровываемыми ныне целями. Ивана Васильевича стремились то ли развратить, то ли скомпрометировать, то ли унизить. Но в любом случае таким подростком управлять легче — он ведь с червоточинкой.

Впрочем, торжество Шуйских длилось недолго: через несколько лет они перестают играть столь заметную роль. Но, по некоторым версиям, напоследок Шуйские громко хлопнули дверью, натравив в 1547 году московский посад, разозленный большим пожаром, на родственников Ивана IV, Глинских. Тогда погиб князь Юрий Васильевич Глинский, буквально разорванный толпой, а другие члены семейства пытались бежать в Литву, опасаясь подобного же конца. Их вернули, молодой государь им это малодушие простил, и дело было замято.

Для мальчика период в возрасте приблизительно шести или семи лет стал самым черным, самым тяжелым во всей биографии. Между 1538-м и концом 1543 года юный государь был всего-навсего пешкой в большой игре между мощными кланами аристократов.

Позднее сам Иван IV будет с горечью вспоминать о годах заговоров: "…когда по Божьей воле, сменив порфиру на монашескую рясу, наш отец, великий государь Василий, оставил это бренное земное царство и вступил на вечные времена в царство небесное, предстоять перед царем царей и господином государей, мы остались с родным братом, святопочившим Георгием. Мне было три года, брату же моему год, а мать наша, благочестивая царица Елена, осталась несчастнейшей вдовой, словно среди пламени находясь: со всех сторон на нас двинулись войной иноплеменные народы — литовцы, поляки, крымские татары, Астрахань, ногаи, казанцы… Потом изменники подняли против нас нашего дядю, князя Андрея Ивановича, и с этими изменниками он пошел было к Новгороду… а от нас в это время отложились и присоединились к дяде нашему, к князю Андрею, многие бояре во главе с твоим родичем… Но с Божьей помощью этот заговор не осуществился…"