Пахомиев мужской скит, основанный священно-иноком Пахомием и иноком Филаретом, после появления в нём в 1790 году холодного Никольского храма с колокольней стал известен под именем Средне-Никольского монастыря. В 1798 году строится ещё и тёплая Покровская церковь. При обращении монастыря в единоверие в 1837 году сопротивление его насельников было особенно сильным, и власти использовали против них в зимнее время пожарные брандспойты. С 1843 года этот монастырь был преобразован в женский единоверческий, куда переселили тех инокинь соседнего женского Средне-Успенского монастыря, которые отступили от старой веры.

Средне-Успенский монастырь был прежде известен как Анфисин скит. Основан в 1783 году в полутора километрах от слободы Мечетной (ныне город Пугачёв) и полностью сгорел в 1815 году. После пожара инокини перебрались на новое место, в двух километрах от мужского Средне-Никольского монастыря, и выстроили здесь Успенскую часовню. Маргаритин женский скит, основанный инокиней Маргаритой по благословению с Рогожского кладбища, помещался близ озера Калач, в пяти километрах от Верхне-Спасо-Преображенского монастыря. В 1782 году здесь была освящена Покровская часовня, а в 1841 году этот, получивший также название Покровского, женский монастырь был полностью уничтожен властями.

Влияние иргизских монастырей на жизнь старообрядцев-поповцев в России невозможно переоценить. Священники этих монастырей окормляли великое множество приходов даже в других губерниях. По воцарении императора Александра I зафиксирован случай, когда 12 мая 1803 года старообрядцам села Городец Нижегородской губернии местные губернатор и архиерей разрешили приглашать к себе по необходимости священника с Иргиза. Одно лишь ограничение накладывалось на этого священника: ему запрещалось служить вне того селения, в которое он был выписан. Спустя 10 лет власти стали строже смотреть на деятельность Иргиза. В 1816 году старообрядцы Владимирской губернии просили позволить им принять к себе иргизского священника, 9 ноября в просьбе им было отказано. Гнев правительства вызвал случай в Вольске, где четыре тысячи старообрядцев без формального разрешения построили храм, приняли к себе с Иргиза двух священников и диакона, которые в 1817–1818 годах открыто служили и даже совершали торжественные крестные ходы с колокольным звоном. Сведения об этом дошли до Министерства внутренних дел, возникло следственное дело, которое чуть было не кончилось изгнанием «бегствующих» священников из самих иргизских монастырей.

В 1821 году правительство потребовало от иргизских монастырей дать подписку, что они не будут принимать к себе «бегствующих» священников. Требуемая подписка не была дана — старообрядцы объяснили, что не могут добровольно лишиться священников, а если всё-таки это случится, то они вынужденно перейдут в федосеевское или иное беспоповское согласие. В то же время они дали обязательство не принимать священников, отлучившихся от своих приходов без ведома архиерея, а принимать только уволенных, удалённых от приходов, но не запрещённых в служении. О приёме таких священников они обещали ставить в известность гражданское начальство. Правительство не согласилось с этими доводами. В 1821 году иргизским монастырям было предписано: 1) беглым духовным лицам не дозволять ни под каким предлогом отлучаться от монастырей под опасением взыскания за бродяжничество; 2) вновь беглых священников и диаконов не принимать. Затем в изданных 26 марта 1822 года общих правилах для начальников губерний относительно бегствующих священников была сделана первая попытка квалифицировать их действия как уголовные, но сам состав преступления ещё никак не определялся. Через пять лет, 28 октября 1827 года, было сделано распоряжение, по которому к уголовно наказуемым деяниям уже был прямо отнесён переход в старообрядчество. Тем самым государственное законодательство вновь вернулось от почти либерального отношения к старообрядцам при Екатерине И ко временам драконовских «Двенадцати статей» царевны Софьи.

Поскольку в 1832 году император Николай I отнял у иргизских насельников все права, дарованные при Екатерине II, в том числе право иметь легальных священников, которым выдавали паспорта для передвижения по всей России, именно в этих монастырях впервые появилась мысль об учреждении старообрядческого архиерейского престола за границей (эта идея была впоследствии осуществлена, когда в 1846 году к старообрядчеству присоединился босно-сараевский митрополит Амвросий).

По данным 1828 года, число иноков и инокинь во всех пяти монастырях Иргиза составляло около трёх тысяч человек. При монастырях были богатые ризницы, библиотеки. Настоятели и настоятельницы избирались иноками и инокинями, затем утверждались удельной конторой (центральным ведомством, управлявшим собственностью царской фамилии, которой принадлежали земли Иргиза), а позднее — губернской казённой палатой (местный орган Министерства финансов). Обладая правами и обязанностями сельских старост, настоятели представляли интересы насельников перед гражданской властью. Письменными сношениями с властями ведал настоятель Средне-Никольского монастыря. После передачи Иргиза в ведение губернского начальства был запрещён приём новых насельников, а уже жившим там было запрещено свободное передвижение по России. При таких условиях разорение монастырей на Иргизе стало неизбежным, и впоследствии все монастыри Иргиза были насильственно обращены в единоверие.

Историк старообрядчества В.Г. Сенатов справедливо назвал основанные в 1771 году в Москве Преображенское и Рогожское кладбища «старообрядческими кремлями», едва не затмившими славу и блеск единого общерусского Московского Кремля. Один из этих кремлей — Преображенское кладбище — «превратился в культурный, экономический и религиозный оплот… беспоповской половины старообрядчества. Благодаря отсутствию иерархии при внутренней её “ненужности”, здесь образовалась своя иерархия, и кладбище сделалось “Сионом”, то есть для огромной народной массы приобрело такое значение, какого не имел даже исторический Московский Кремль. Преображенское кладбище для старообрядцев-беспоповцев было то же, чем Иерусалим для иудеев и христиан; его главный наставник, в особенности Семён Кузьмич, пользовался в своих народных массах таким высоким авторитетом и уважением, какого не имели ни Платон, ни Филарет синодальной церкви. Его называли “патриархом”, к его воле относились как к Божией воле, его благословение превратилось в самую сущность святости» [150] .

Преображенское кладбище было основано Ильей Алексеевичем Ковылиным (1731–1809) в Москве 14 сентября 1771 года для содержания больных и погребения умерших беспоповцев от свирепствовавшей тогда в городе чумы. С XIX века оно стало духовно-административным центром всего федосеевского согласия. Здесь проходили федосеевские соборы 1810, 1814, 1816, 1817 и последующих годов, отсюда распространялись письменные обращения «ко всем христианам», Преображенский богослужебный устав стал образцом для подражания. С духовным авторитетом росло и материальное благосостояние общины. Так как дети федосеевцев властями почитались незаконными, то обычный порядок наследования был нарушен. Не имея возможности оставлять имущество близким, федосеевские купцы передавали всё нажитое в общину, которая беспроцентно (и даже иногда безвозвратно) ссужала деньги одноверцам.

В основном сохранившийся до наших дней комплекс зданий был выстроен в 1784–1811 годах по проекту архитектора Ф.К Соколова. По пространственному замыслу комплекс подражает Выговской пустыни, с делением на северный (мужской) и южный (женский) монастыри. По преданию, до основания Преображенского кладбища федосеевцев в Москве насчитывалось около двадцати домов; после его образования к 1825 году число их за счёт присоединения местного населения возросло до 12 тысяч прихожан и двух тысяч призреваемых. Согласно указу от 1 сентября 1771 года, в котором населению предлагалось «учредить на свой кошт карантинные дома и лазареты», И.А. Ковылин подал прошение разрешить «построить против Преображенского в земляном валу карантин для больных». Здесь была устроена застава для контроля проезжающих, построены бараки, небольшая деревянная часовня для отпевания умерших беспоповцев, отведено место для погребения. После конца эпидемии вокруг кладбища в оставшихся бараках начали проживать вдовы и сироты умерших беспоповцев. Это кладбище быстро приобрело важное значение в жизни согласия. Изменился его облик. Московский главнокомандующий А. Прозоровский доносил 25 октября 1792 года Екатерине II: «Близ Преображенской заставы, в самом Камерколлежском валу, находится часовня, для которой вал сей заровняли, чтоб более дать место погосту. Сия часовня каменная представляет наружность церкви, около оной довольно каменного жилого строения, в котором они (беспоповцы) содержат богадельню более 1000 человек».