Это была старая как мир практика, такими же старыми испытанными средствами были подкуп и клевета. Все это пустили в оборот: в газетах и на собраниях внушалось, что власть в Кронштадте захватили белые офицеры, чтобы восстановить монархию, что мятежников финансируют зарубежные белогвардейские центры; что на помощь им идет английская эскадра, а в крепости действуют иностранные шпионы. Все попытки восставших сообщить в город правдивые сведения пресекались, Кронштадт был блокирован, и береговая охрана задерживала всех, кто оттуда шел. Отправленная 6 марта для мирных переговоров делегация кронштадтцев была арестована, делегаты расстреляны, та же участь постигла следующие делегации. В Петрограде агитаторы убеждали рабочих, что матросы жируют за их счет, отсюда и нехватка продовольствия, и этому верили многие. Сыграла роль и давняя неприязнь к «клешникам». Информаторы доносили: «Отношение к клешникам враждебное»,«часть рабочих проявляла заметное беспокойство о судьбе Петрограда... что в связи с мятежом может выступить Финляндия на стороне мятежников, а это создаст новую войну». В сводках приводились рассуждения рабочих: «Что клешникам не хватает... были одеты, обуты лучше других, а теперь натворили», «матросов надо проучить», «носились с клешниками, вот и доносились!»

Сводка 12 марта свидетельствовала об успехе официальной пропаганды: «Волнений никаких выдающихся не замечено, кроме недовольства на недостаток продовольствия, и это погашается их [рабочих] сознанием, что всему виной мятежники, по ликвидации которых рабочие снова заживут мирной трудовой жизнью». 4 марта Г. А. Князев записывал: «Ночью лучи прожекторов скользили по небу... 4ак жутко было следить за этими бесшумно бегающими лучами... Теперь скоро булки будут — так думают многие наивные люди». После забастовок рабочие получили невиданно щедрые пайки, в которые входили мясо и рис, а их малолетним детям полагалось по сто грамм шоколада и по банке сгущенки! Разгоревшиеся вокруг пайков страсти вытеснили все остальное, и недавние политические требования были забыты. Всюду «трения на заводах из-за выдачи неравномерных пайков», — доносили информаторы; «нарушают нормальный ход работы споры о распределении обуви и одежды, которые происходят по всем предприятиям. Это больше интересует рабочих, чем все кронштадтские события»; «говорят, власть все равно, уж скорее бы хлеба прибавили». Последние отзвуки «волынок» обернулись трагифарсом: рабочие 4-й парусиновой фабрики угрожали присоединиться к кронштадтцам, если начальству опять дадут муки, а остальным — нет. Можно ли осуждать рабочих за отступничество или лучше понять их — ведь голод и нищета, как известно, убивают «благородство врожденных чувств».

Между тем в Петроград прибывали войска, руководство операцией было поручено командарму М. Н. Тухачевскому, к концу военных действий под его началом было 45 тысяч человек. В кронштадтском гарнизоне было около 27 тысяч матросов и солдат. Там был создан штаб обороны, в который вошли офицеры гарнизона, а комиссаром был назначен представитель Временного ревкома Яковенко. И все же в Кронштадте надеялись, что дело не дойдет до кровопролития, и послали в Петроград делегацию для мирных переговоров. Но Тухачевский прибыл говорить не о мире. Вечером 7 марта по его приказу был начат артиллерийский обстрел крепости, а на рассвете 8 марта войска пошли на штурм, но восставшие отбили атаку огнем с боевых кораблей и орудий береговой обороны. «Нас бросала молодость на кронштадтский лед», — писал поэт Эдуард Багрицкий. В то утро в атаку пошли три тысячи курсантов военных училищ, и пославшие их на штурм были убийцами: наступая по заснеженному льду без маскировочных халатов, они оказались мишенями, большинство их погибло или было ранено, многие утонули под разбитым снарядами льдом. Цинизм этой бойни был тем отвратительней, что в те же часы на открытии X съезда РКП(б) Ленин объявил о намерении правительства отменить продразверстку и о других уступках, которых требовали кронштадтцы, но в той же речи говорил о необходимости уничтожения мятежников.

В Петрограде царила тревога, по данным политсводок, «разговоры тихие, при приближении замолкают»; «на улицах, как и вчера, боязливость и отсутствие политразговоров»; «интеллигенция молчит»; «обыватель боится». Кое-что все же удалось подслушать, например, 9 марта в очереди толковали: «Комиссаров поприжмут теперь, лучше станет». Князев записал в тот день: «Когда шел... домой — палили из тяжелых орудий. Кто — Кронштадтцы или Питерцы? Передают, что много убитых и раненых. У всех выжидательное настроение». В толпе рабочих информатору «разговоров уловить не удалось, т. к. идут все быстро, но были слышны возгласы: „так их и надо, и побьют их“, но к кому относились эти слова, выяснить не пришлось». Все это время по приказу Тухачевского шли расстрелы в «неблагонадежных» воинских частях, в которых сочувствовали кронштадтцам или прямо отказывались воевать против них. И марта Г. А. Князев записал городской слух: «Кронштадтцы отбили три атаки с большим уроном для наступающих... Наступление ведется так. Впереди высылаются красноармейцы, а за ними курсанты с пулеметами, которые расстреливают всякого, кто не хотел бы идти вперед. Настроение у солдат самое тяжелое. Бросают винтовки, патроны и при первой возможности разбегаются». Но и среди петроградских военных училищ обнаружились «неблагонадежные»: большая часть курсантов Училища командного состава флота (ныне Военно-морское высшее училище им. М. В. Фрунзе) отказалась выступить против кронштадтцев. «Возникай содружество ворона с бойцом, / Укрепляйся мужество сталью и свинцом», — писал поэт Эдуард Багрицкий. Он прославлял не этих курсантов, но их мужество было высшей пробы, а расплатой стало зловещее «содружество ворона с бойцом»: их погрузили в эшелон и повезли в южном направлении, якобы для службы на Черноморском флоте. «Мне не удалось, однако, найти подтверждения прибытия их в Севастополь или Николаев», — писал историк российского флота С. А. Зонин.

И марта кронштадтцы отправили в Петроград новую делегацию для переговоров, но и на этот раз делегаты были арестованы, а позже расстреляны. В городе говорили, что из Петергофа видны пожары в стороне Кронштадта, Князев записал услышанное: «Ораниенбаум взят мятежниками, курсанты отказываются идти в наступление и не подчиняются комсоставу, все коммунисты перебиты во время последнего наступления». Шептались, что «подъем курсантов поддерживается тройным пайком и дачей спирта, две дивизии отказались идти в бой, после 9 часов возят расстрелянных», «что нет у нас снарядов и сил, половина курсантов перетонула подо льдом». Кронштадтцам сочувствовали немногие, горожане не хотели новых потрясений, тем более что 15 марта съезд РКП(б) утвердил постановления об отмене продразверстки и о свободе торговли! А после торжественного закрытия съезда его делегаты отправились в Петроград «давить мятежников».

В Кронштадте понимали абсурд положения: после этих решений съезда борьба теряла смысл. Офицеры штаба обороны предлагали начать наступление на Петроград, где можно было надеяться на поддержку войск гарнизона, но «на такую братоубийственную бойню гарнизон [Кронштадта] не мог пойти. Вместо серьезного вооруженного сопротивления было решено уйти на финскую территорию, о чем ревком и договорился с правительством Финляндии», — вспоминал Иван Ермолаев. Кронштадтцы отказались от продолжения братоубийственной бойни, но большевистские вожди требовали от Тухачевского именно этого — уничтожения восставших. Тухачевский отдал приказ: «В ночь с 16-го на 17-е марта стремительным штурмом овладеть крепостью Кронштадт». На этот раз командарм основательно готовился к штурму, он решил обстреливать крепость химическими снарядами, но из-за неблагоприятной погоды газовую атаку пришлось отменить. Через несколько месяцев у Тухачевского будет возможность применить химические снаряды с отравляющим газом при подавлении восстания тамбовских крестьян.

В ночь на 17 марта войска пошли в наступление, но стремительного штурма не получилось — передовые отряды атакующих прорвались в крепость лишь к 5 часам вечера, и бой продолжился на улицах. Тухачевский приказал «при действиях в городе широко применять артиллерию в уличном бою... Жестоко расправиться с мятежниками, расстреливая без всякого сожаления... пленными не увлекаться». Несмотря на численный перевес нападавших, в тот день им не удалось сломить сопротивление кронштадтцев. Ночью бой утих, и из крепости потянулась молчаливая вереница людей: больше 8 тысяч человек уходили в Финляндию. Эта черная цепь на заснеженном льду всю ночь связывала обреченный Кронштадт с чужим, финским берегом. После их ухода в городе продолжали обороняться отряды прикрытия и те, кто решил остаться. Только около полудня 18 марта они объявили, что сдаются и складывают оружие.

В Петрограде сообщили о подавлении мятежа. «Сегодня на фабриках и заводах было объявлено об успехах красных войск в Кронштадте. Это известие произвело двоякое впечатление. Часть рабочих вместе с коллективистами [коммунистами] шумно изъявляли радость по этому поводу... Другая же часть очень недоверчиво отнеслась к известиям, выражала сомнение, говорила, что эти новости дутые», — доносили информаторы. Г. А. Князев записал 17 марта: «Всю ночь была слышна стрельба, даже стекла тряслись... Сегодня выстрелы особенно слышны... Вечер. Выстрелов почти не слышно. Слухи о падении Кронштадта распространились по городу. Взволнованы все необычайно... Ужас безудержный овладел многими». По официальным данным, атаковавшие войска потеряли при штурме 572 человека убитыми и 3285 ранеными, а осажденные — 1 тысячу убитыми и больше 2 тысяч ранеными. Две с половиной тысячи кронштадтцев было взято в плен. Официальные сведения о числе пленных вызывали сомнения у историков, в различных исследованиях приводятся разные данные. С. А. Зонин писал: «Не только участие в боях, но и само пребывание в Кронштадте и на его фортах в дни восстания квалифицировалось как преступление. Учитывая потери в боях, примерно 13—18 тысяч защитников Кронштадта были пленены». Потом начались суды и расстрелы, пленных расстреливали в Кронштадте и в окрестностях Петрограда, в лесу под Павловском, возле Царского Села, в Ораниенбауме. Тех, кого отправили в концлагеря, тоже не щадили: в концлагере в окрестностях Холмогор привезенных кронштадтцев сразу построили в шеренгу и расстреляли каждого второго. В 1923 году власть объявила «мятежникам» амнистию, и многие из бежавших в Финляндию вернулись на родину, но они недолго оставались на свободе. Председатель Временного ревкома С. М. Петриченко, который ушел в 1921 году в Финляндию, в 1945-м был выдан финнами советским властям. Его не спасло то, что с конца 20-х годов он сотрудничал с советской разведкой, и в 1947 году Петриченко погиб в концлагере.