В соборе похоронены дети Петра I, умершие в малолетстве, здесь погребен и он сам. После смерти Петра в 1725 году саркофаг с его набальзамированным телом шесть лет простоял в строившемся здании. Работы были завершены в 1731 году, и императора похоронили перед алтарем. В Петропавловской крепости трагически закончилась жизнь старшего сына Петра, царевича Алексея. Алексей, его жена Шарлотта, принцесса Брауншвейг -Вольфенбюттельская, и его тетка Мария Алексеевна — сестра Петра I, которая была сторонницей Алексея, также погребены в соборе. Отец отказал сыну и его близким и в посмертной милости: их похоронили не в алтарной части, а при входе, в притворе собора. Согласно символике различных частей храма, его алтарная часть соотносится с раем, а в притворе собора обычно помещается изображение Страшного Суда. В соборе погребены все русские императоры, правившие после Петра Великого, кроме Петра II, умершего в Москве, и Николая II.

Автор «Дневника камер-юнкера Берхгольца, веденного им в России в царствие Петра Великого с 1721 по 1725 год», — одного из интереснейших свидетельств о жизни Петербурга той поры, писал: «Крепость Санкт-Петербург, где находится колокольня, построена у самой Невы и имеет несколько толстых и высоких бастионов, уставленных большим числом пушек... Она есть... род парижской Бастилии: в ней содержатся все государственные преступники и нередко исполняются тайные пытки. Многие пленные шведские офицеры содержались в казематах, находящихся там под валом. Она имеет своего особого коменданта, и туда ежедневно назначается большой караул от здешних полков».

Первым комендантом крепости (1704—1720) стал сподвижник Петра Р. В. Брюс. В 1720 году он умер и был похоронен у стены Петропавловского собора, со стороны его алтарной части. Позднее там хоронили и других комендантов Петропавловской крепости. В 70-е годы XX века на Комендантском кладбище велись археологические раскопки, и иногда, разговорившись с экскурсоводом, можно услышать предание о том, что когда открыли гроб Брюса, тело его не было тронуто тлением. На груди его лежала роза, с виду тоже совсем живая. Но через секунду Брюс и роза рассыпались в прах на глазах у археологов.

Неподалеку от крепости на берегу Невы находился дом Петра I — «красные хоромы». Он был построен по образцу домов в голландском городе Саар даме, где русский царь плотничал и учился кораблестроению. В Саар даме Петр занимал маленькую комнату в доме корабельного мастера, носил скромную одежду рабочего и вместе с другими мастеровыми трудился на верфи, получая жалованье. Непритязательный в личной жизни, Петр I и в Петербурге жил в домике, состоявшем из двух небольших комнат и кухни. Стены комнат были обиты беленым холстом, мебель в них стояла лишь самая необходимая, часть ее сделал сам царь. В одной из комнат он работал и принимал своих сановников, другая служила одновременно столовой и спальней. Снаружи деревянный домик был выкрашен на «голландский манер» под кирпич, центр крыши украшала деревянная мортира, а углы крыши — две деревянные «бомбы».

Это незатейливое жилище вполне отвечало вкусам царя. Невысокие потолки, скромное убранство; комната, служившая одновременно мастерской и кабинетом, — так выглядели покои Петра не только здесь, но и во дворцах, где он жил позже. Его нелюбовь к роскоши приводила к курьезным случаям. Во Франции, когда Петр приехал в Версаль, все было приготовлено к встрече. Войдя в роскошные апартаменты, царь задумчиво и с любопытством оглядел огромный зал со столом, украшенным великолепным сервизом, люстры и зеркала, взял с блюда яблоко — и объявил, что покои ему не подходят, он хочет чего-нибудь поскромнее. Его поселили в дорогом парижском отеле. Он и там не захотел жить в парадных комнатах, а разместился в гардеробной, приказав вместо кровати принести его походную постель, устроенную в кузове кибитки.

Но, не любя роскоши в собственном быту, Петр неуклонно требовал ее в государственном устроении. Великолепные дворцы и парки, роскошные костюмы придворных — всего этого он добивался с деспотической энергией. Новое государство, которое он хотел создать, должно было со временем затмить своим блеском европейские державы. На Петербург в этих планах возлагались особые надежды.

А пока маленький домик царя окружали мазанковые или деревянные дома приближенных. До наших дней из этих строений уцелел лишь дом Петра Великого. Его бережно сохраняли, а в конце XVIII века построили каменный футляр, предохранявший его от разрушения.

Петр I строил город и был готов оборонять его. Император Карл XII, узнав о строительстве Петербурга, высокомерно заметил: «Пусть царь занимается пустой работой строить города, а мы оставим себе славу брать оные». В 1704 году шведы атаковали город с суши и с моря, но были отброшены русскими войсками. В 1708 году армия под предводительством генерала Либекера в последний раз попыталась вернуть Швеции господство на берегах Невы, но русские войска под командованием генерал-адмирала Ф. М. Апраксина разбили ее и тем положили конец этим устремлениям.

Создание русского флота, позволившего отстоять завоеванный выход к Балтийскому морю, Петр начал еще в Воронеже и в Архангельске. Но главную верфь предполагалось построить в Петербурге. В ноябре 1704 года в журнале Петра I появляется запись: «Заложили Адмиралтейский дом и были в остерии и веселились; длина 200 сажен, ширина 100 сажен». 4ак было основано Адмиралтейство, центр российского кораблестроения. Адмиралтейскую верфь выстроили в очень короткий срок. В ноябре 1705 года начальник строительства Яковлев доложил петербургскому генерал-губернатору А. Д. Мен-шикову, что «верфь строением совсем завершилась». В связи со всеми этими чудесами созидания на придворных праздниках, льстя царю, пели: «Бог идеже хочет, побеждается естества чин». Но известно, за счет каких жертв совершались чудеса.