Выступления низов против феодалов не прекращались и в годы самого сильного обострения борьбы с интервентами (1609–1612 годы). Восставшие в центральных уездах громили имения бояр и дворян, речные суда богатых купцов. Крестьяне северных и северо-восточных монастырей не вносили платежей, не работали на духовных феодалов. То же происходило в Поволжье, где повстанцы осаждали Нижний Новгород и Казань, захватили Чебоксары, Цивильск, Санчурск и другие города. На северо-востоке в руки восставших перешел Вятский уезд, город Котельнич.

Острая социальная борьба продолжалась многие годы в Астрахани и Пскове, их округах. Астрахань долго, но безуспешно осаждало царское войско Ф. И. Шереметева. Во Пскове ожесточенные схватки между богатыми и бедняками привели к тому, что фактическим главой местной власти в 1609 году стал ремесленник, трепальщик льна Тимофей Кудекуша Трепец. В ходе классовой борьбы верх брали то богатые и знатные, то бедные псковичи. В 1610 году вновь установилось «смердов самовластье», а воеводы и бояре не пользовались никаким влиянием.

Правительство М. Ф. Романова, пришедшее к власти в 1613 году, после освобождения Москвы от интервентов, начало массовую раздачу дворянам и богатым казакам земель, в первую очередь принадлежавших крестьянам, черносошным и дворцовым, проживавшим к северу от Москвы. Их самих превращали, таким образом, в крепостных. А среди них было много тех, кто участвовал в борьбе с интервентами, перешел в казаки во времена самозванцев, Болотникова, «царевича Петра» и др. Власти организовали сыск и возврат беглых крестьян, карали их за непослушание. Восстанавливались старые крепостнические порядки, нарушенные или ослабленные в предшествующие годы Крестьянской войны.

Крестьяне многих уездов к северу, северо-западу, северо-востоку от Москвы с оружием в руках поднимаются в 1614 году в защиту своих прав. На их стороне действуют казаки из бывших крестьян и др. Они собираются в отряды, ведут борьбу с царскими войсками, которые высылают против них московские власти, В Новгородском, Каргопольском и Белозерском уездах отряды восставших насчитывают до 30–40 тысяч человек. Появляются отряды и в других уездах.

Восставшие изгоняют новых помещиков из дворян и казачьих атаманов, убивают их. Многие районы Замосковья, Поморья переходят под контроль повстанцев, которые расправляются с царскими воеводами. В казну перестают поступать налоги из этих уездов. Но власти посылают в районы движения крупные отряды ратников. Поражения восставших в 1615 году под Москвой и в Ярославском уезде кладут конец этому движению и первой Крестьянской войне в целом. Правда, ее отголоски слышатся и через два-три года, когда казаки и крестьяне снова поднимаются против дворян в центральных уездах России.

Отряды польско-литовских и шведских интервентов по-прежнему разоряли русские города и селения. Уходить из России они не хотели. Более того, Густав-Адольф, шведский король, планировал захват Псковской земли. Но осада Пскова окончилась отступлением шведов, и они согласились на переговоры. 27 февраля 1617 года Россия и Швеция заключили Столбовский мирный договор: Новгородскую землю шведы возвратили русским, но оставили за собой земли по Финскому заливу: Иван-город, Ям, Копорье, Орешек. Россия потеряла выход к Балтийскому морю, за который потом вела долгую и изнурительную борьбу.

Не отказывались от своих претензий польские правящие круги. Подросший королевич Владислав осенью 1618 года привел войско к Москве. Но его отбили с большими для врага потерями. Королевич отступил. Вскоре, 1 декабря 1618 года, по перемирию, заключенному в деревне Деулино, под Троице-Сергиевым монастырем, на 14 с половиной лет, военные действия прекратились, но к Речи Посполитой отошли Смоленск и некоторые города по юго-западному пограничью.

Бурные и трагические годы, названные современниками «Смутой», «литовским разорением», отходили в прошлое. Они оставили тяжелые шрамы: разграбленные и разрушенные интервентами города и селения, захваченные ими земли; экономически и политически ослабили государство. Но это же время стало началом героической эпохи крестьянских войн, когда в борьбу против социальной несправедливости, гнета и произвола феодалов, властей втянулись большие массы людей, народные низы. В выступлениях против угнетателей и интервентов как никогда весомо и зримо выявилась решающая роль народа в истории, в судьбах государства Российского.

Смутное время стало в истории России, сознании ее жителей важнейшим рубежом. Долгие годы и десятилетия потрясения, поражения и победы той поры, героической и трагической, будоражили современников и их потомков. Оно породило большое число откликов — в летописных сводах, повестях и сказаниях.

Несколько десятилетий ушло на восстановление хозяйства, сильно пострадавшего в годы «разорения» начала века. Но и тогда оставалось немало незаживших ран, нерешенных проблем. Некоторые из них, имевшие общенациональное значение, правительство попыталось решить уже в первой половине 30-х годов, каких-нибудь полтора десятилетия спустя после Деулинского перемирия с Польшей. Речь шла о возвращении древнерусской Смоленской земли, включенной в состав России еще в начале XVI века, при великом князе Василии III (поход 1514 года), и утерянной в годы Смуты.