Надзор из центра, со стороны приказов, был мелочным и бдительным, хотя и не очень действенным. Для проверок и наведения порядка приказы посылали «сыщиков» на места, поощряли взаимную слежку и доносы воевод их товарищей, дьяков. Это приводило к открытым столкновениям. В Мангазее, например, доносы и стычки между воеводами Г. И. Кокоревым и А. Ф. Палицыным закончились форменным побоищем: в военные действия вступили ратные люди местного гарнизона, торговцы и промышленники.

Воеводы нередко попадали под следствие. Но злоупотребления не прекращались. Воевод довольно часто сменяли, но и это не помогало. Во многие города, особенно небольшие, для управления посылали служилых людей, престарелых, израненных, малоспособных или же попросту неграмотных. Все это сильно снижало эффективность местного управления.

Выборные учреждения и лица действовали под контролем воевод и их помощников. В Поморье черносошные крестьяне и посадские люди выбирали городового и всеуездного старосту, земских судеек, целовальников и прочих. Эти представители местного выборного управления осуществляли «развод» (распределение) общей суммы повинностей, служб, падавших на уезд с городом.

Далее, в посадских и волостных общинах всем «миром» во главе с выборными лицами делали «разруб» (разверстку) тех же повинностей и служб между отдельными тяглецами; выборные окладчики или разрубные целовальники собирали налоги, следили за исполнением повинностей. В ходе «развода» и «разруба» богатые, «лучшие» люди из крестьянских и посадских общин, нередко при поддержке воевод, перекладывали главную тяжесть обложения на средние и бедные слои населения. На этой почве возникали конфликты, вспыхивали восстания.

Соперничество и борьба шли и среди «лучших» людей посадского и крестьянского «мира», между выборными. И воеводы, не церемонясь, отменяли выборы: своей властью назначали выборных лиц, наказывали их батогами, сажали в тюрьму.

В других районах России отсутствовали и подобные, весьма скромные, элементы самоуправления. Так было, например, в южных и юго-восточных городах и уездах с преобладанием приборных служилых людей (стрельцы, пушкари, городовые казаки и др.) и мелкопоместных детей боярских. В них воеводы имели очень большую власть, вплоть до права набора и верстания служилых людей; воеводы эксплуатировали служилых людей в своих хозяйствах, оскорбляли их достоинство и т. д. В Поволжье и Сибири они же грабили нерусские народы.

Управление огромной страной с ее более чем 250 уездами, а в восточных районах их размеры были очень велики, представляло большие трудности. Этим вызвано формирование более крупных территориально-административных единиц, так называемых разрядов. Уже в предыдущем столетие формируются группы городов, где ставились гарнизоны и полки для защиты пограничных областей от нападений воинственных соседей. Прежде всего это «Береговой разряд», линия городов-крепостей по берегу реки Оки, на которые опирались войска для борьбы с нашествиями крымских и ногайских татар.

Центром береговой линии был Серпухов. Потом, по мере продвижения населения к югу от Оки, ослабления опасности набегов линия обороны тоже отодвинулась к югу, в «поле», ее центром стала Тула, «Города от польской украины» — так называли эту линию. Здесь сложился Украинный, или Тульский, разряд — своего рода пограничный военно-административный округ. Воеводы Тульского округа-разряда мобилизовывали военные ресурсы городов и уездов, им подчинявшихся, для организациии обороны страны с южной стороны. Собирали средства для содержания войск, управляли массой служилых людей. Тульский воевода направлял деятельность всех полковых и городовых воевод разряда.

Поскольку граница отодвигалась все дальше на юг, значение Тульского разряда постепенно падало. Центром южной обороны стала Белгородская засечная черта с центром в Белгороде. Здесь в 1663 году возник Белгородский разряд, или Белгородский полк, которому подчинялись несколько десятков городов и уездов. Белгородский воевода должен был «к Белгороду… ведать городы и в них воевод и ратных полковых и осадных всяких чинов людей службою и судом, и денежными и хлебными всякими доходы». Два года спустя власти организовали Севский разряд для защиты юго-западного пограничья, от Крыма и Речи Посполитой.

Охрана западной границы лежала на Смоленском разряде (организован после взятия Смоленска в 1654 году), северо-западной границы — на Новгородском (упоминается в источниках с 1656 года). К концу столетия появляются разряды Московский, Владимирский, Тамбовский, Рязанский, Казанский (с центром в Симбирске); Сибирские: Тобольский, Томский, Енисейский, Ленский (центр — Якутск); главным из них был Тобольский, а сам Тобольск считался «стольным градом» всей Сибири.

Разряды-округа, несмотря на то, что их воеводы имели разную компетенцию, а ряд внутренних округов (Московский и другие) был ликвидирован, сыграли существенную роль в организации пограничной обороны, в улучшении административного управления на местах. По сути дела, разряды подготовили появление петровских губерний — промежуточного звена между центральным и уездным звеньями управления.

Активизировалась после Смуты законодательная деятельность. Это и неудивительно — события начала столетия до того подорвали все учреждения и установления, что с воцарением Михаила Федоровича многое нужно было восстанавливать, переделывать или делать заново. Один современник в связи с этим довольно точно заметил: «Царство внове строитися начат».

Это оживление, помимо работы земских соборов и Боярской думы, приказов и воевод, коснулось и законодательной работы, осуществлявшейся первыми двумя учреждениями во главе с царем. Принятые ими решения, постановления, приговоры существенно дополнили «новоуказные статьи» второй половины XVI века, накопившиеся после Судебника 1550 года. Этот обширный материал, почти за столетие, отразился и в указных книгах разных приказов: дьяки регулярно записывали относившиеся к их компетенции указы и приговоры высших властей. И когда в ходе Московского восстания 1648 года дворяне и посадская верхушка поставили вопрос об упорядочении управления, в том числе и о составлении нового свода законов, в распоряжении властей, согласившихся с этим требованием, оказался обширный материал из «новоуказных статей».