Автономов бежал из Екатеринодара в станицу Тихорецкую, где находился штаб группы Сорокина. В разговоре по телефону с членом ЧШО А. Турецким Александр Исидорович заявил, что не считает себя смещенным с поста и не будет передавать командование ЧШО, который «...идет за некоторыми лицами, которые не являются даже выборными, делают позорное и кошмарное дело на руку немецким империалистам. Мне придется силою святого оружия заставить понять, до какой гибельной мысли, до какого позора дошла власть Кубанской республики...» Фронтовые части на съезде в станице Кущевской поддержали бывшего главкома, а вот красные войска в Екатеринодаре оказались на стороне ЦИК и ЧШО.

Это было уже объявлением войны! Автономов требовал вывести из Чрезвычайного штаба «проходимцев, которые не являются выборными Кубано-Черноморской республики», разграничить функции исполкома, ЧШО и командного состава. Сорокин предлагал Автономову силой своей группы взять Екатеринодар, разогнать «еврейский УК» и созвать съезд для избрания «народной власти» на Кубани.

Александр Исидорович опасался ехать в Екатеринодар, а члены ЧШО и ЦИКа боялись выехать из Екатеринодара на фронт. И не зря боялись... Представители ЦИКа, прибывшие для переговоров, были арестованы. 23 мая по телеграфу в советские войска Северного Кавказа было послано циркулярное распоряжение: не выполнять приказов Автономова и арестовать главкома. ЦИК Кубано-Черноморской республики и ЧШО объявили атамана изменником и предателем революции: «...поведение Автономова связано с авантюрой и движением германо-гайдамацких банд на вольную Кубань... С целью предания великой рабоче-крестьянской революции... На случай выяснения его преступности он объявляется предателем революции и вне закона».

23 мая 1918 года был образован единый Кубано-Черноморский Совнарком под председательством Абрама Рубина, который также был большим недругом Автономова.

Чрезвычайный комиссар юга России Г. Орджоникидзе приказал Автономову «подчиниться постановлению Штаба обороны, сложить звание главнокомандующего... Всякое противодействие и междоусобица будут рассматриваться как измена и предательство революции». Александр Исидорович подчинился и, сдав командование, приехал в Екатеринодар. В то же время, 26 мая 1918 года, ЧШО был упразднен и вместо него на основании декрета ВЦИК РСФСР был сформирован военный комиссариат.

28 июня Автономов прибыл на III съезд Советов Кубани и Черноморья. Хотя съезд был собран для ареста и суда над Автономовым, он так и не был задержан и его «вопрос» остался нерешенным. Причиной тому была его поддержка представителей армии, составлявших четверть делегатов съезда. На съезде Орджоникидзе от имени Совнаркома предложил Автономову отправиться в Москву для доклада правительству о военном положении на Северном Кавказе и о произошедшем конфликте. Понимая шаткость своего положения, Александр Исидорович подчинился и выехал «за правдой» в Москву.

Там Автономов встретился с Троцким, от которого получил новый мандат на формирование воинских частей из кавказских горцев. В августе 1918 года Автономов уже участвует в обороне Владикавказа (ныне — г. Орджоникидзе) — командовал бронепоездом. Его даже назначили командующим формирующейся 12-й армии, состоявшей, правда, из одной дивизии. Но занять новый пост он не успел. Отступая с 11-й армией через горы, Александр Автономов умер от тифа в начале 1919 года и был похоронен в осетинском ауле Пуй.

Драма неистового командарма Сорокина была показана А. Толстым в трилогии «Хождение по мукам». В июне — начале августа 1918 года он — помощник командующего войсками Кубанской Советской республики, а уже 4 августа Сорокин сменил на посту главнокомандующего Красной армии Северного Кавказа А. Снесарева, обвиненного в контрреволюции. Армия Северного Кавказа (с октября 1918 года — 11-я Красная армия) составляла тогда мощную силу до 40 тысяч бойцов при 80 орудиях и двух бронепоездах. Она воевала с переменным успехом против Донской и Добровольческой армий.

В октябре 1918-го Сорокин возомнил себя диктатором Кавказа и начал расстреливать своих и чужих. По его требованию был казнен командарм Таманской армии И. Матвеев, а также несколько генералов бывшей императорской армии, живших тогда на Северном Кавказе. Сорокин заявил, что руководители ЦИК республики — «евреи, которые продавали революцию белым». 21 октября в Пятигорске он приказал арестовать и расстрелять руководителей ЦИК Северо-Кавказской Советской республики и крайкома РКП(б): ненавистного ему председателя ЦИК А. Рубина, секретаря крайкома М. Крайнего, председателя фронтовой ЧК Б. Рожанского, уполномоченного ЦИК по продовольствию С. Дунаевского.

Через несколько дней 2-й Чрезвычайный съезд Советов Северного Кавказа сместил Сорокина с поста главнокомадующего и назначил на его место Ивана Федько, а 30 октября Сорокин со своим штабом был арестован кавалерийским полком Таманской армии. На следующий день командир 3-го Таманского полка Иван Высленко застрелил арестованного Сорокина во дворе тюрьмы.

Орджоникидзе позже писал: «Я считаю своим долгом заявить, что, несмотря на всю необузданность Сорокина, несмотря на его преступление, совершенное по отношению к нашим товарищам, с контрреволюцией он никаких связей не имел. Сорокинская история создалась на почве отступления Кубанской армии и недоверия между Сорокиным и руководителями кубанской советской власти».