Когда фиванский правитель Яхмос I (1552–1527 гг. до н. э.) изгнал гиксосов, объединил Египет и основал XVIII династию, Фивы стали главным городом единой страны, а Амон, слившись с Ра, — верховным божеством всех египтян и царем богов. Фиванский бог ветра Амон уподоблялся солнечному Ра, что породило новый синкретический образ — солнечного бога-творца. Это был сугубо политический шаг — соединить самых популярных богов Нижнего и Верхнего Египта — регионов, которые были разделены свыше 200 лет.

Фараоны новой династии связывали собственные военные и политические успехи с покровительством Амона-Ра и значительную долю трофеев отдавали на культовое строительство в Карнаке, фиванском храмовом комплексе (основные работы в храме Амона-Ра пришлись как раз на XVIII династию, хотя его возведение началось еще при Сенусерте I в XX в. до н. э.). Культ Амона-Ра безболезненно пережил еретика Эхнатона, порвавшего с фиванскими жрецами и установившего культ сияющего солнечного диска Атона, и был восстановлен, как все прочие культы, сразу после смерти фараона-отступника.

Верховным жрецам Амона-Ра принадлежало 2/3 храмовых земель в стране, 90 % барок и культовых лодок, а также другие ресурсы. С такой властью и влиянием они считались второй вслед за фараоном силой в стране. После распада единого египетского царства в 1075 г. до н. э. фиванская династия жрецов правила Верхним Египтом 75 лет (до 950 г. до н. э.). Военачальник и верховный жрец Амона Херихор был провозглашен правящим верховным жрецом в 1080 г. до н. э., на исходе правления последнего фараона XX династии Рамсеса XI. Прошло пять лет, царь погиб при невыясненных обстоятельствах, страна распалась, а фиванские жрецы (Дом Херихора) сохранили контроль над Верхним Египтом.

В это время в Танисе воцарилась XXI династия (1075-945 гг. до н. э.), но фактически под ее властью находился только Нижний Египет. Ее основатель Смендес I (1075–1048 гг. до н. э.) приходился сыном верховному жрецу Амона-Ра и одной из наложниц фиванского бога, а женат он был на дочери Рамсеса IX, фараона XX династии. Последний фараон танисской династии Псусеннес II (960–945 гг. до н. э.) одновременно выполнял обязанности верховного жреца Амона под именем Псусеннеса III.

В 945 г. до н. э. фараон Шешонк I смог сделать своего сына верховным жрецом Амона и, объединив таким образом Верхний и Нижний Египет, основал XXII (ливийскую) династию.

Культ Амона-Ра египтяне привнесли в подконтрольную Нубию и Судан. Оракул Амона прорицал в оазисе Сива посреди ливийской пустыни. В Греции Амона чтили под именем Зевса-Аммона, мужчины с бараньими рогами на голове.

Атон был известен как второстепенное солнечное божество, одна из ипостасей Ра, со времен Древнего царства. Первые упоминания о нем можно найти в «Повести о Синухете» времен XII династии (Среднее царство), автор которой полагал, что плоть умершего фараона возносится на небеса и сливается с солнечным диском Атоном.

Атону в образе человека с головой сокола (так изображали Ра-Хорахти) стали поклоняться еще при фараоне Аменхотепе III (1403–1365 гг. до н. э.), стремившемся ослабить могущественное фиванское жречество. При его сыне Аменхотепе IV (1365–1348 гг. до н. э.) конфликт столичных жрецов и царя достиг апогея: правитель дистанцировался от верховного фиванского бога, подчеркнув свою связь с солнечным Ра в противовес Амону прекратил строительство храмов Амона и начал возведение храма Атона в Карнаке — храмовом комплексе Фив.