В это же время создано ядро будущих еврейских поселений там, где евреи имели аренду мытней и откупов. Это Витебск, Дрогичин, Каменец-Литовск, Мерочь, Минск, Могилев, Бобруйск, Дрисса, Желудок, Мышь, Новогрудок, Полоцк, Глубокое, Городец, Друя, Молчадь, Мотоль, Мстиславль, Мосты, Острино, Пружаны, Радошковичи, Шерешев.

Александр Ягеллон (великий князь Литовский, с 1501 года - король польский), запутавшись в долгах и не имея возможности избавиться от кредиторов-евреев, публикует указ «Жидову с земли вон выбити». В апреле 1495 года изгнанию подверглись все евреи Великого Княжества Литовского - Бреста, Гродно, Трок, Луцка, Владимира-Волынского и Киева. Евреи брестской и гродненской общин переселились в соседнюю Польшу и частично - в имения удельных князей литовских. 

В апреле 1503 года Александр разрешил евреям вернуться в Великое княжество Литовское, возвратив им отчужденное имущество. 

В лице великого князя и короля Жигимонта I Старого (1506-1548) белорусские евреи нашли деятельного защитника. Он укрепил правовое положение белорусского еврейства законодательными актами: освободил их от обязанности выставлять на войну тысячу всадников, уравнял в податном отношении с мещанами, предоставил свободу торговли и ремесла и защитил от произвола воевод и старост, судивших евреев, «яка сами хотят».

Нуждаясь в деньгах для войны с Москвой, Жигимонт задумал в фискальных интересах централизовать власть над евреями и в 1514 году назначил генеральным старшиной всех евреев Великого княжества Литовского таможенного откупщика Михеля Езефовича.

В первой четверти XVI века наиболее цветущие еврейские общины были в Бресте, Гродно и Пинске.

В 1551 году белорусские евреи получили право избрания раввинов. Интересно, что раввин Бреста Мендель Франк титуловался «королевским чиновником», а еврей Шлоймо Израилович был назначен депутатом при Виленском воеводстве. Наиболее знатные евреи в официальных документах обычно титуловались «панами». Подобно шляхтичам, они носили при себе сабли и в случае необходимости всегда готовы были действовать ими. 

В то же время Статут 1529 года запрещал евреям иметь невольников, а Статут 1566 года определял одежду, которую обязаны носить евреи. В частности, они не должны были носить дорогие платья с золотыми цепями. «Пусть носят они желтые шляпы или шапки, а жены их - повойники из желтого полотна, чтобы всякий мог отличить еврея от христианина».

В период с 1569 по 1667 год возникли новые еврейские поселения: Пуховичи, Малеч, Могильно, Слуцк, Смоляны, Брагин, Высоко-Литовск, Копыль, Коссово, Лида, Несвиж, Раков, Радунь, Ружаны, Селец, Словатичи, Сморгонь, Тимковичи, Туров, Гомель, Горки, Копысь, Койданово, Логишин, Любеч, Мозырь, Ошмяны, Речица, Старо-Быхов, Чериков, Узда, Чаусы, Чечерск, Шилов, Зельва. 

Высшим органом еврейского самоуправления являлись Ваады – съезды раввинов и кагальных представителей. Ваад коронных, или польских, евреев существовал с 1580 по 1764 год, еврейские общины Белоруссии объединялись в составе т. н. «Литовского Ваада», сотрудничавшего с существовавшим в Польше Ваадом Четырех Земель. В 1623 году в Брест-Литовске собрался первый Ваад белорусских и литовских общин, маршалком (председателем) которого до самой своей смерти состоял брестский раввин Меир Валь, сын легендарного польского «короля» Шауля (Саула) Валя. 

В 1654 году началась война между Москвой и Речью Посполитой, принесшая белорусским евреям неисчислимые бедствия. Их снова грабили, убивали и изгоняли из городов, завоеванных русской армией. В 1648 году на Украине началось восстание казаков под командованием Зиновия-Богдана Хмельницкого. Десятки цветущих еврейских общин на Украине были разгромлены, тысячи беженцев хлынули в белорусские и литовские местечки. Однако вскоре восстание охватило часть Белоруссии и Литвы. От рук казаков погибло более 2 тыс. евреев Гомеля. «Огнем и мечом» казаки разорили пинскую еврейскую общину и весь Пинский округ.

В XVII в. белорусские евреи пострадали от погромов Богдана Хмельницкого и вторгшихся в 1655 г. русских войск. В ходе восстания Богдана Хмельницкого и последовавших за ним русско-польской и польско-шведской войн погибло около 86 тысяч евреев. 

В результате разделов Польши в 1772, 1793 и 1795 гг. территория Белоруссии вместе с проживавшими там евреями отошла к Российской Империи.

После первого раздела Речи Посполитой в составе России оказалось около 55 тыс. белорусских евреев. Сенатским указом 1775 года было узаконено существование кагалов. По представлению генерал-губернатора Чернышева, евреи в Белоруссии были выделены в особую податную и сословную единицу. С 1780 года евреи получили право записываться в купечество и участвовать в сословно-городском самоуправлении. 

Вскоре все евреи Белоруссии попали в «черту оседлости». По специальному указу Екатерины II, c 1791 года еврейское население удерживалось в границах его расселения. В 1794 году узаконена расширенная «черта оседлости». Евреям разрешалось «отправлять купеческие и мещанские промыслы» в губерниях: Минской, Изяславской (впоследствии Волынской), Брацлавской (Подольской), Полоцкой (Витебской), Могилевской, Киевской, Черниговской, Новгород-Северской, Екатеринославской и области Таврической. Днепр по двум его берегам сделали центральной рекой «еврейской территории».