В июле 1941 года во Львове состоялось заседание руководства бандеровской группировки ОУН, участники которого согласились с профессором С. Ленкавским: «Относительно жидов принимаем все методы, которые ведут к их уничтожению».

Мельниковцы также считали, что евреи несут коллективную вину перед украинским народом и должны быть уничтожены. Члены ОУН уничтожили тысячи евреев во время резни, устроенной 25 июля 1941 года (в так называемый день Петлюры) во Львове, Тернополе, Станиславе и других населённых пунктах.

В 1942 году лидеры бандеровского крыла ОУН изменили свою позицию в еврейском вопросе. На это повлияли: роспуск немцами самопровозглашённого во Львове 30 июня 1941 года правительства Украинского государства во главе с Я. Стецько; арест С. Бандеры, Я. Стецько и других руководителей ОУН, а также то, что большинство проживавших на Украине евреев было к тому моменту уже уничтожено.

В апреле 1942 года Вторая конференция ОУН, констатируя «негативное отношение к евреям, признала нецелесообразным в данный момент международной ситуации принимать участие в антиеврейских акциях, чтобы не стать слепым орудием в чужих руках». В августе 1943 года Третий чрезвычайный съезд ОУН признал равноправие всех национальностей, проживавших на Украине, отказавшись от принципа этнического превосходства украинцев.

Во временных инструкциях ОУН членов организации призывали «не проводить никаких акций против евреев». Откровенно объяснялось изменение позиции в еврейском вопросе: «Еврейское дело перестало быть проблемой (их осталось мало), – но с оговоркой: – Это не относится к тем, кто выступает против нас активно».

Отряды вооруженных организаций, созданных украинскими националистами, включая те, что воевали с немцами, как ОУН и Украинская повстанческая армия (УПА), уничтожали евреев, бежавших в леса, а члены ОУН, служившие в украинской полиции, как и раньше, активно участвовали в антиеврейских акциях. По данным А. Вайса, отряды украинских националистов на Западной Украине уничтожили 28 тысяч евреев.

В румынской зоне оккупации подразделениями румынской армии и жандармерии были уничтожены около 240 тысяч евреев, многие – с особой жестокостью. Так, в Одессе от 19 до 25 тысяч евреев были сожжены заживо на девяти артиллерийских складах. В ряде лагерей, созданных румынской администрацией, многие заключенные умерли от голода.

По данным И. Альтмана, на территории Украины было создано 442 гетто, около 38 % – в румынской зоне оккупации. Одно из первых гетто было создано в Каменец-Подольске 20 июля 1941 года, став первым на оккупированной территории СССР местом, куда депортировали евреев из других стран мира.

К концу июля 1941-го в Каменец-Подольск были привезены из Венгрии 11 тысяч евреев, бежавших из Польши и Чехословакии. В конце августа в Каменец-Подольске были уничтожены 23 600 узников, в том числе все зарубежные евреи.

В начале войны власть на оккупированных территориях принадлежала военному командованию, которое часто требовало от командиров СС ускорить уничтожение евреев. В Симферополе, Джанкое и других местах Крыма военное командование направляло армейские части для сопровождения евреев до мест уничтожения. В итоге в Симферополе было уничтожено более 20 тысяч человек.

В приказе командующего 6-й армией В. фон Рейхенау говорилось: «…солдат должен глубоко сознавать необходимость сурового, но справедливого наказания евреев». В приказе от 20 ноября 1941 года командующего 11-й армией Ф. Манштейна: «Солдат должен понимать необходимость наказания еврейства – носителя самого духа большевистского террора».

В итоге в Крыму при активном содействии местного населения было убито около 5 тысяч евреев-крымчаков, представителей автохтонного населения, и около 18 тысяч представителей других общин.

29 сентября 1941 года, через 10 дней после оккупации Киева, в городе было развешано около 2000 объявлений, призывавших евреев собраться в определенных местах для переселения. 24–29 сентября силами зондеркоманды 4а (айнзацгруппа «С») в Бабьем Яру были расстреляны 33 771 еврей. Согласно сведениям украинских историков, всего в 1941–1943 годах там было уничтожено 150 тысяч евреев.

В Умани в сентябре 1941 года украинская полиция под командованием офицеров и сержантов СС расстреляла около 6 тысяч евреев. По свидетельству немецкого офицера – очевидца казни, украинские полицейские, расстреливавшие евреев, «делали это с таким удовольствием, словно занимались главным и любимым делом своей жизни».

В Ровно 7–8 ноября того же года солдаты СС и украинская полиция уничтожили 21 тысячу евреев из гетто. По свидетельству очевидцев, в Городке Витебской области Белоруссии при ликвидации гетто 14 октября 1941 года «полицаи были хуже немцев».

В рейхскомиссариате «Украина» почти 40 % жертв были уничтожены до Ванзейской конференции. Всего на его территории погибли 514 800 евреев. В дистрикте «Галиция» были организованы 78 гетто, в основном в конце 1941 – начале 1942 года.

Судьба евреев, оказавшихся на территориях, вошедших в румынскую оккупационную зону, несколько отличалась от судьбы евреев других оккупированных территорий СССР. В июле – августе 1940 года были созданы 10 гетто в Буковине, которая стала одной из провинций Румынии.