Директория встретила Бернадота с распростёртыми объятиями, не жалела в его адрес похвал и лести и даже обещала дать ему военное министерство. На беседе у военного министра В.Шерера Бернадот вместе с Ж.-Б. Клебером выражал возмущение газетной клеветой в адрес военных, но одновременно не одобрял и кампании в армиях по написанию адресов в поддержку Директории. 1 сентября Ш.-М. Талейран дал в честь Бернадота обед, на котором присутствовали генералы Ожеро, Ж.-А. Жюно (1771–1813), Ж. Ланн (1769–1809), куртизанка Тереза Тальен и мадам А.-Л. Жермен де Сталь (1766–1817) со своим любовником, писателем и политиком Бенжамином Констаном (1767–1830). Де Сталь и Констан потом станут друзьями, помощниками и советчиками Бернадота.

В первом письме Наполеону Бернадот сообщил о своём неодобрении как готовящейся вылазкой справа со слабым руководителем, каким был Пишегрю, так и вознёй слева в лагере якобинцев. Он, со своей стороны, приветствовал бы развитие в стране центристских тенденций.

На следующий день Ожеро был назначен комендантом Парижа. 27 августа состоялось торжественное вручение трофейных знамён Директории. С речью выступил Бернадот, произнёсший дежурные фразы о преданности Итальянской армии идеалам революции и выразивший надежду на то, что противоречия в стране улягутся сами собой. Генерал тщательно избегал выражений, которые свидетельствовали бы о вмешательстве военных в политику. И тут слово взял новый президент Директории Ляревелльер. Он так грубо напал на правых, что все слова Бернадота о примирении были тут же забыты, и в воздухе запахло настоящей войной. Бернадот, хотел он того или нет, предстал на этом сборище единомышленником Ляревелльера, тем более что сразу после церемонии со знамёнами директора Баррас и Рёбелль пригласили его к себе отпраздновать событие.

Бернадот неизбежно начал дрейфовать в сторону воинственных сторонников власти. 29 августа он выступил в газете Le Grondeur со статьёй, в которой снова подчеркнул свою лояльность к Директории и в резких тонах заклеймил её врагов. Во втором письме Наполеону его агрессивный тон по отношению к роялистам сохраняется. В то же время он категорически отказывается стать рядом с Ожеро — идея государственного переворота его по-прежнему не вдохновляет. В письме к Наполеону он выражает желание как можно быстрее покинуть Париж и вернуться в Италию. Отпуск оказался совсем не таким, каким он себе его представлял тремя неделями раньше.

4 сентября 1797 года Директория дала наконец Ожеро отмашку, и тот немедленно приступил к выполнению давно подготовленного предприятия. Его солдаты легко окружили нужные здания — в основном правительственные, в которых сидели заговорщики, и всех их, как покорных кроликов, арестовали. Л.Карно успели предупредить, и ему удалось бежать. 17 руководителей заговора отправили "на сухую гильотину" — в ссылку во Французскую Гвиану, "вредные" партии запретили, а выборы в 48 департаментах отменили. Первый военный переворот прошёл быстро и бескровно. Благодаря поддержке Наполеона Директория усидела у власти.

Бернадот на три дня предусмотрительно удалился из столицы и в неизвестном месте пережидал события. В письме Наполеону он написал: "Если бы делу республики угрожала опасность, я конечно бы принял участие, но поскольку не было и намёка на такую катастрофу, я не думал, что мой долг махать ещё одним мечом в этом скоротечном деле, и так слишком военном по своему характеру". В этих словах чувствуется ирония и некоторая доля обиды. На кого? На Наполеона, который сделал ставку на Ожеро, а его использовал как простого курьера? На Директорию, не предложившую ему никакой роли в перевороте 18 фрюктидора? Или на себя и свою нерешительность?

Между тем члены Директории по отношению к Ожеро большого восторга не испытывали и искали ему замену. Вероятно, разобравшись в характере и поведении Бернадота, они стали обращать свои взоры в его сторону. Сам Баррас нанёс генералу несколько визитов и перед его выездом из Парижа вручил подарок от Директории — несколько коней, 2 инкрустированных пистолета, изготовленных на Версальсом заводе, и саблю. К генералу явилась также делегация ветеранов и многозначительно попросила остаться. Директория начала перетасовку своих генералов, и Наполеон, очевидно не желая возвращения Бернадота в Италию, предложил Директории сделать его командующим корпусом в Марселе. Бернадот отказывался, говорил, что на этом посту потребуются глубокие знания человеческой натуры и твёрдый примиренческий характер, в то время как он — простой солдат и привык воевать. В Марселе, сообщает швед Хёйер, ему бы пришлось заниматься чисткой скомпрометировавших себя сторонников Пишегрю, а это было мало приятным занятием. Уж лучше он вернётся на своё старое место. Директория настаивала, и тогда он обставил своё назначение целым рядом требований: гарантия выплаты солдатам и офицерам жалованья, ограничение полномочий комиссаров Директории, выделение секретных сумм денег, необходимых ему для ведения гражданской войны в округе и др. Требования показались Директории неприемлемыми, и вопрос с назначением отпал.

Прежде чем покинуть Париж, Бернадот снова сделал запрос о возможности перевода его на службу в Индию. Согласно воспоминаниям Барраса, генерал представил ему подробный и обстоятельный план изгнания англичан из Индии. Бернадот действовал отнюдь не с кондачка, а изучал культуру и географию Индии. Ему в этом помогал некто Жаклен, морской офицер-энтузиаст, также горевший идеей повоевать в Индии. В качестве альтернативного плана Бернадот предлагал план высадки в Канаде и открытия там фронта против англичан. На сей раз, как и раньше, ничего из этих планов генерала не вышло, и он получил назначение в свою итальянскую дивизию. Бернадот торопился, потому что из Италии пришли слухи, что Наполеон планирует расформировать его дивизию и вручить ему новую.

13 октября 1797 года Бернадот появился в Удине и в замке Пассериано встретился со своим главнокомандующим. Наполеон сделал вид, что ничего особенного не произошло, и стал посвящать его в некоторые детали начавшихся в Кампо-Формио мирных переговоров с австрийцами. Бернадот тоже сделал вид, что не заметил дурной игры и стал настаивать на идее скорейшего заключения с Австрией мира. Далее Бернадот сказал, что и роялисты знают о том, что Наполеон сыграл свою роль в подавлении заговора, что республиканцы тоже относятся к нему с недоверием и что самым лучшим выходом в этой ситуации был бы для всех мир с австрийцами.