К заслугам Бернадота как министра принадлежит спасение им от смертной казни более 2 тысяч участвовавших в беспорядках жителей Тулузы. К нему как-то пришёл министр юстиции и спросил, как следовало поступить с теми тулузцами, вина которых была не так уж велика.

— Отпустите их, — ответил военный министр.

Министр юстиции собрался уже уходить, но остановился в дверях и спросил:

— А что делать с теми, кого взяли с оружием в руках?

— Если они пустили оружие в ход, то единственным наказанием для них может быть лишь поступление на службу в армию, — ответил Бернадот. — Всех прочих отпустите домой.

Во время работы Бернадота в военном министерстве был случайно раскрыт роялистский заговор. Заговорщики послали пробное письмо Баррасу, но оно по ошибке попало к Сиейесу. Т. Хёйер описывает попытку вовлечения военного министра в якобинский заговор, когда к нему в сентябре 1799 года явилась депутация якобинских лидеров, обеспокоенных действиями министра полиции Фуше, направленными против их партии. Депутацию возглавляли Журдан, Ожеро и Саличетти. Они обвинили Барраса, Сиейеса и Фуше в узурпировании власти и попрании конституции и предложили Бернадоту войти в заговор и арестовать членов Директории. В новом якобинском правительстве Бернадоту была предложена ведущая роль. По воспоминаниям Сарразэна, Бернадот, Ожеро и Журдан должны были стать консулами, а сам мемуарист — военным министром. Бернадот тогда якобы отказался участвовать в "незаконном" заговоре, но заявил, что, как только сложит с себя обязанности военного министра, употребит всё своё влияние в армии на то, чтобы способствовать претворению якобинских планов в жизнь. Как конкретно он имел в виду способствовать "претворению якобинских планов" — путём военного переворота или захвата власти в парламенте, — не совсем ясно. Сарразэн утверждает, что Бернадот донёс о заговоре Баррасу и Сиейесу и тем самым сорвал замыслы заговорщиков. В своих поздних мемуарах кораль Карл XIV Юхан вспоминает, что в бытность свою военным министром Франции взвешивал возможность ограничить состав Директории тремя членами. Уж не отголоски ли это якобинского заговора?

В щекотливое положение попал Бернадот и в другой раз, когда скрывавшийся в Париже принц Энгиенский пришёл к нему и под обещание будущих почестей, власти и богатства попросил помочь ему укрыться от преследования Директории. Бернадот, сославшись на присягу Республике, порекомендовал принцу немедленно уехать из Парижа, ибо в противном случае он будет вынужден отдать приказ о его аресте. Военный министр в данном случае не хотел рисковать своей карьерой, считая момент для переворота слишком неудачным. "Если Франции суждено стать монархией, то я подчинюсь власти событий, но это буду не я, кто вызовет их", — якобы заявил он принцу. Бернадот не принадлежал к людям, способным поставить всё на одну карту, как это делал, к примеру, Наполеон.

Бернадот колебался. Мешала ли ему сделать выбор приверженность к конституции, законности и порядку? Или главной причиной была его природная осторожность и нерешительность? Как бы то ни было, но он оставлял двери открытыми и для роялистов, и для их противников.

Уходя с поста военного министра осенью 1799 года, он не обогатил свой личный карман ни одним су. Сиейес ревниво следил за деятельным министром, и его личная неприязнь к Бернадоту тоже сыграла свою роль в отставке. "Мы ничего не значим, — как-то съязвил бывший аббат, — никто нас не замечает, правительство состоит из одного только военного министра". Другой раз, услышав речь Бернадота, полную патетики и патриотических призывов, он сказал: "Вон идёт гусь лапчатый, возомнивший себя орлом!" В стране снова поднимали голову якобинцы, и Баррас с Сиейесом боялись, что Бернадот примкнёт к ним и сбросит их в одну ночь на свалку истории. Мнительному аббату всё время чудился Бернадот в образе Каталины.

Как и предполагалось, Бернадот оказался слишком честным и самостоятельным для Сиейеса: когда Сиейес стал предпринимать попытки сделать военного министра орудием исполнения своих личных планов, терпение Бернадота лопнуло, и он подал в отставку.

Отставка была оформлена в лучших иезуитских традициях. 14 сентября 1799 года, во время беседы с Бернадотом по поводу организации т. н. Северной армии, Сиейес, наградив его лицемерными комплиментами о заслугах на посту военного министра, сказал с масляной улыбочкой на губах:

— Нас не удивит, что человек с вашими полководческими талантами сохранил желание при уходе из министерства принять командование над какой-либо армией, которое воодушевит вас…

Бернадетт ответил, что после того как он привёл министерство в надлежащий порядок, его лучшей наградой будет возвращение к своим братьям по оружию. Он и понятия не имел, что этот ответ послужил его ходатайством об отставке. Уже на следующее утро он получил от Сиейеса следующее послание:

"Гражданин министр!

В связи с вашим так часто высказываемым пожеланием вернуться к военной деятельности исполнительная Директория решила назначить на ваше место другого военного министра. Портфель военного министра подлежит временной передаче дивизионному генералу Миле-Мюро. Сдайте ему все дела. Директория с удовольствием примет вас в то время, пока вы будете находиться в Париже, чтобы обсудить с вами всё, что касается командования армией, вам определённой. Сивиес, президент".

Самое удивительное было в том, что на письме была сделана резолюция: "Ходатайство гражданина генерала Бернадота об отставке с поста военного министра настоящим удовлетворяется".

В своём ответном письме Сиейесу он так и написал: "Вы удовлетворили ходатайство об отставке, которое я не подавал". Письмо заключалось прошением о предоставлении военной пенсии, в которой он, как и в поправлении здоровья, сильно нуждался. Ответ Сиейеса был сформулирован ещё более издевательски: "В связи с письмом дивизионного генерала гражданина Бернадота от 29 фрюктидора, в котором он ходатайствует об уходе на пенсию по сокращению штатов, сообщаем о том, что гражданину Бернадоту назначается полагающаяся ему пенсия". Оказывается, Бернадот попросил уволить его с работы по сокращению штатов! В полемику с Сиейесом и Директорией он больше не ввязывался.