Главная проблема произведения – религиозно-философский смысл нигилизма, распространившегося в 1860-е гг. в среде радикальной молодежи. Достоевский, включившись в спор о современном нигилизме, хотел показать, к чему приводят утрата веры в Бога и отказ от нравственной «почвы». По мнению писателя, Раскольников «поддался некоторым странным недоконченным идеям, которые носятся в воздухе». Итог его нигилистического «бунта» – не только преступление против других людей, ведущее человека к полной изоляции от общества, но и преступление против собственной личности, ее саморазрушение (Соня, близкая по духу самому автору, говорит Раскольникову, узнав, что он убийца: «Что вы, что вы это над собой сделали!»).

Достоевского, задумавшего написать «психологический отчет одного преступления», особенно интересовала личность современного преступника («действие современное, в нынешнем году»). Пересматривая традиционные представления о нравственности, покушаясь на основы христианской морали, Раскольников совершает преступление из «теоретических» соображений. Он не только плод творческой фантазии Достоевского: прототипами героя были реально существовавшие люди. «Несколько случаев, бывших в последнее время, убедили, что сюжет мой вовсе не эксцентричен, что убийца развитой и даже хороших наклонностей молодой человек», – заметил писатель (письмо М. Н. Каткову, сентябрь 1865 г.). Сама теория Раскольникова основана на жизненном материале, аргументирована разнообразными историческими примерами. Однако эта теория, на первый взгляд логически безупречная и неопровержимая, став основой поведения героя, не выдержала испытания реальной жизнью.

В «Преступлении и наказании» Достоевский использовал документальный материал, взятый из газетной хроники (в основном уголовной) и журнальной публицистики. Даже фамилии некоторых героев романист не придумал, а позаимствовал из тогдашних газет и журналов. Убийство по «идейным» соображениям, с точки зрения Достоевского, – особенность времени. «… Я убежден, – подчеркнул он, – что сюжет мой отчасти оправдывает современность». Преступление Раскольникова – «головное», «книжное», результат нравственного «помутнения», слепой приверженности молодежи рассудочным построениям. Как заметил следователь Порфирий Петрович, это «дело фантастическое, мрачное, дело современное, нашего времени случай-с, когда помутилось сердце человеческое».

Характерная черта времени – идеологическое самоопределение героев романа. И «униженные и оскорбленные» (Раскольников, Мармеладовы), и те, кто чувствует себя хозяевами жизни (Лужин, Свидригайлов) вынуждены определять, уточнять, формулировать свою позицию – им тесно в рамках традиционной христианской морали. В этом, по мнению писателя, и проявляется неустойчивость, зыбкость мировоззрения его современников. Убийство, совершенное Раскольниковым, также оказывается одной из попыток идеологического самоопределения. Герой испытывает не идею, которая кажется ему незыблемой, а себя, желая понять, какое место в жизни занимает, к какому «разряду» людей принадлежит.

Достоевский полемизирует с современными теориями социального прогресса. Взгляды Раскольникова – отражение идей, отрицавших равенство людей перед универсальными нравственными законами. Его теория оказалась опасно близка к идее «сверхчеловека», возникшей позже и завоевавшей необыкновенную популярность, а также к взглядам, согласно которым все люди делятся на «обыкновенных» и «необыкновенных» (об этом писал, например, Н. Г. Чернышевский в романе «Что делать?»). Образ Лужина – результат полемики автора «Преступления и наказания» с теорией «разумного эгоизма»: лужинский принцип «возлюби одного себя», его рассуждения о «всеобщем благе», «прогрессе» и «экономической правде» – пародия на теорию «разумного эгоизма», которую проповедуют герои романа «Что делать?».

Достоевский считал безнравственными теории, допускавшие использование любых средств во имя достижения какой-то цели, если ради этого надо было пожертвовать моральными нормами и запретами. Их писатель считал универсальными, общечеловеческими. Вне морали, по его убеждению, даже самые благородные и возвышенные идеи, в том числе идея достижения всеобщего «блага», оборачиваются преступлением против человека и человечности. Опасную болезнь эпохи писатель увидел именно в уничтожении веры в «общие правила», которые, по его мнению, являются основой жизни любого человека, в каких бы обстоятельствах он ни находился.

В «Преступлении и наказании» не случайно появляется мотив самоубийства: Свидригайлов застрелился; Раскольников неоднократно думал о том, чтобы покончить с собой; помощник квартального надзирателя говорит об «эпидемии» самоубийств – их совершают «девчонки, мальчишки, старцы». По мнению писателя, самоубийство – закономерный итог отрицания всех нравственных законов: это высшее проявление своеволия и величайшее преступление, тяжкий грех с точки зрения христианской этики.

«Преступление и наказание», таким образом, – это яркий документ эпохи, роман-предупреждение, в котором Достоевский выразил свое убеждение в том, что безнравственные нигилистические идеи, проповедующие вседозволенность, – опасная и «заразная» болезнь: они калечат души людей, ведут их к нравственной гибели. Это понимают и сами герои романа. «Молодежь образованная… уродуется в теориях», – замечает, например, наблюдательный Свидригайлов.

Раскольников и другие герои интересуют Достоевского, когда в них идет сложнейшая внутренняя работа и все их духовные силы напряжены. Писатель изображает кризисные, почти патологические, состояния внутреннего мира героев. Психологизм определяет особенности повествования в романе: писатель как бы «спрессовывает» события, «внешнее» время действия, добиваясь большей смысловой емкости повествования за счет пристального внимания к «внутреннему» действию – нравственно-философскому самоопределению героев. Основное действие в «Преступлении и наказании» занимает девять дней. На протяжении этого короткого отрезка времени герои живут интенсивной духовной жизнью. Их души, особенно душа Раскольникова, становятся «испытательным полигоном» современных идей, мнений, жизненных принципов и «вечных», незыблемых нравственных ценностей.