Отец – псаломщик Иван Иванович Сегенюк. Мать – Феликса Венедиктовна, урожденная Боярская, из польских православных дворян. В 1916 году священник Александр Сегенюк официально принял фамилию матери. Брат – Иван Иванович Сегенюк, участник Первой мировой войны, затем служил в Красной армии, в 1921 году был командиром 8-й батареи воздушной бригады.

Жена – Екатерина Николаевна, урожденная Бояновская, дочь директора Государственного банка Николая Игнатьевича Бояновского. В 1946–1956 годы преподавала английский и французский языки в Ленинградской духовной академии.

Сыновья: Алексей Александрович Боярский – артист; Павел Александрович Боярский – инженер, участник Великой Отечественной войны; Сергей Александрович Боярский – артист театра и кино; Николай Александрович Боярский – артист театра и кино, народный артист РСФСР, участник Великой Отечественной войны.

Внук Михаил Сергеевич Боярский – артист театра и кино.

В 1901 году исключен из семинарии за «толстовство» и «вольнодумство», затем ему разрешили завершить образование. Окончил Волынскую духовную семинарию (1906 г.), Санкт-Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия (1911 г.).

Еще в студенческие годы проявил интерес к рабочему вопросу, проводил на постоянной основе беседы среди рабочих Спасо-Петровской мануфактуры. По словам А.Э. Краснова-Левитина, народник, человек практической сметки, хорошо знающий жизнь, умевший и любивший просто и понятно говорить о самых сложных вещах, Боярский пользовался огромным уважением в рабочей среде.

В 1912 году рукоположен в сан иерея, служил на приходе на пограничной станции Вержболово. Когда началась Первая мировая война, стал полковым священником, в 1915 году недолго занимал пост смотрителя Виленского духовного училища.

С 1915 году служил в Петрограде: вначале в храме св. Марии Магдалины при Училище лекарских помощниц и фельдшериц, затем – в Троицком храме в Колпине, в рабочем пригороде Петрограда. Уже вскоре в приходе были созданы бесплатная столовая, приходской кооператив, огород и пасека, велась благотворительная деятельность, проводились лекции на церковно-общественные темы. В «Истории фабрик и заводов», изданной в СССР в 1930-е годы, отмечалось влияние молодого священника на рабочих Обуховского завода. По словам А.Э. Краснова-Левитина, он замечал каждую мелочь, видел людей насквозь, знал, как и кому помочь. К нему шли все бедняки, пропойцы, люмпены. Поговорит, поругает, а потом придумает практический выход, устроит и поможет. Удивительная черта была в Боярском: естественно и просто говорить обо всем.

В 1917 году избран гласным Колпинской городской думы, выступал с демократических позиций, был сторонником «христианского социализма». Стал одним из организаторов Всероссийского союза демократического православного духовенства и мирян. Был сторонником церковных реформ, создал при храме молодежный «кружок церковных реформаторов». Дружил с протоиереем Александром Введенским, будущим обновленческим митрополитом.

С 1918 года – настоятель Троицкого храма в Колпине.

Вместе с Введенским и рядом других сторонников церковных реформ входил в состав редакционного комитета журнала «Соборный разум», редактировал его общественный отдел. Выступал за «социально ориентированную церковь», которая бы выступала на стороне трудового народа, так как «на его стороне правда».

В 1921 году возведен в сан протоиерея. Преподавал в Петроградском богословском институте.

В 1921 году арестован по обвинению в контрреволюционной агитации. Прошение о его освобождении подписали 1400 рабочих, однако священник все равно был приговорен к году принудительных работ с высылкой за пределы Петроградской губернии. Находясь в заключении, Боярский обратился к уполномоченному губернской ЧК с просьбой не смешивать его с «контрреволюционными попами» и разрешить участвовать в помощи голодающим. Заявил, что принимал очень многое из программы коммунистов, кроме разрешения религиозного вопроса. Вскоре был освобожден по болезни (туберкулез легких) и вернулся к исполнению обязанностей настоятеля храма.

В 1922 году стал одним из лидеров инспирированного властями обновленческого раскола. Обвинил «реакционное духовенство» в равнодушии к судьбе голодающих Поволжья (в духе официальной советской пропаганды того времени). Стал настоятелем Успенского храма, членом Петроградского епархиального управления. На судебном процессе над митрополитом Вениамином (Казанским) (1922 г.) выступал в качестве свидетеля защиты.

Первоначально примкнул к наиболее радикальной обновленческой группировке «Живая церковь». Однако уже осенью того же года ушел из нее вместе с Введенским – они стали лидерами вновь созданной более умеренной организации – Союза общин древнеапостольской церкви. В 1923 году вошел в состав обновленческого «Высшего церковного управления», в августе того же года переименованного в Священный синод.

В 1924–1930 годы настоятель ленинградского храма Спаса-на-Сенной, одновременно оставался и настоятелем Троицкого храма в Колпине.

В апреле-мае 1925 года находился под арестом, но был вскоре освобожден. В том же году возведен обновленцами в сан протопресвитера.

В январе-августе 1926 года также служил настоятелем Исаакиевского собора.

Преподавал практическое богословие в Ленинградском богословском институте. Устраивал в своем храме «детские всенощные», которые совершались по особому, весьма сокращенному чину. Во время этих всенощных дети пели, читали, прислуживали и звонили – взрослым разрешалось только стоять у стен по периметру храма.