23 января протоиерей Философ Орнатский выступил с докладами в Соборном Совете и в Соборном отделе по монашеству, которому было передано прошение петроградской депутации. Владыка Вениамин был восстановлен в правах настоятеля и священноархимандрита Александро-Невской лавры. В заключение своего выступления отец Философ произнес знаменательные слова, как бы предвещая свою скорую мученическую кончину: «Пора сказать, что разбойники взяли власть и управляют нами. Мы терпели, но терпеть далее невозможно, потому что затронуто Святое Святых русской души – Святая Церковь… На сознательное мученичество идти не следует, но если нам нужно пострадать и даже умереть за правду, это надо будет сделать. Крестные ходы докажут всем, что верующий народ объединяется. Духовенству надо проповедывать народу не по праздникам только, а всегда и везде, где можно. Все должны говорить, что необходимо защищать святую веру, надо кричать об этом в трамваях, кинематографах, на железных дорогах… Пора духовенству объединиться с народом. Если Лавра получила защиту, это защитил ее народ. Если отвоюем Церковь, это сделаем при содействии народа…».

По примеру Петрограда было решено устроить общенародный крестный ход в Москве. Вслед за этим крестные ходы прошли по всей России.

20 января издан Декрет об отделении Церкви от государства и школы от Церкви.

На этот акт вопиющего произвола Священный Собор Православной Российской Церкви ответил воззванием ко всем православным христианам России: «От века неслыханное творится у нас на Руси Святой. Люди, ставшие у власти и назвавшие себя народными комиссарами, сами чуждые христианской, а некоторые из них и всякой веры, издали декрет (закон), названный „о свободе совести", а на самом деле устанавливающий полное насилие над совестью верующих… И слыхано ли, чтобы делами церковными управляли люди безбожные, не русские и не православные?…Объединяйтесь же, православные, около своих храмов и пастырей, объединяйтесь все, и мужчины, и женщины, и старые, и малые, составляйте союзы для защиты заветных святынь… Мужайся же, Русь Святая! Иди на свою Голгофу! С тобою Крест Святой, орудие непобедимое…». 11 марта в зале Общества религиозно-нравственного просвещения открылся Петроградский епархиальный съезд духовенства и мирян. Председателем съезда единогласно был избран протоиерей Философ Николаевич Орнатский.

В полном согласии с решениями Поместного Собора были одобрены меры по защите святынь от поругания, главными из которых были:

1. При всех приходских храмах создаются союзы из прихожан и богомольцев, которые должны защищать святыни и церковное достояние от посягательств.

2. В случаях нападения грабителей и захватчиков на церковное достояние следует призывать православный народ на защиту церкви, ударяя в набат, рассылая гонцов.

3. Все, восстающие на Святую Церковь, причиняющие поругание святой Православной вере и захватывающие церковное достояние, подлежат, невзирая на лица, отлучению церковному.

На съезде был избран и затем утвержден митрополитом Вениамином уполномоченный по общеепархиальным делам – известный юрист Иван Михайлович Ковшаров [43] . Как и прежде, ближайшим сподвижником владыки Вениамина был о. Философ Орнатский.

В годы первой революционной смуты, отец Философ воздвигал грандиозный храм в честь Воскресения Христова у Варшавского вокзала [44] . Теперь же, в годы гонений, его мысль обращается к образу священномученика патриарха Ермогена, сплотившего Русь в годы вражеского нашествия. Во время своего пребывания в Москве о. Философ посетил пещерный храм во имя священномученика патриарха Ермогена в Чудовом монастыре, где молился митрополит Вениамин во время штурма Кремля, предпринятого большевиками; и комнату, из которой владыка чудом вышел за несколько минут до начала мощной бомбардировки. В ней о. Филосов подобрал осколок шестидюймового снаряда и привез его в Петроград.

Он предлагает приходскому совету соорудить в подклете Казанского собора пещерный храм во имя священномученика патриарха Ермогена, имя которого неразрывно связано с Казанской иконой Божией Матери. В этом храме предполагалось поместить Казанский образ Пресвятой Богородицы и иконы святых, имена которых носили мученически погибшие митрополит Киевский Владимир и протоиереи Иоанн Кочуров и Петр Скипетров, с соответствующими надписями в память об их кончине. Осколок снаряда, от которого чудом спасся митрополит Вениамин, должен служить лампадою перед иконой Заступницы Усердной.

В страшное время открытого богоборчества к о. Философу постоянно обращались очень многие люди. Он всегда внимательно выслушивал посетителей и, с истинно духовным рассуждением, отвечал на наболевшие вопросы. Его отличало ровное, беспристрастное отношение ко всем людям, даже к представителям новой власти. В ту пору он неустанно проповедывал в различных храмах Петрограда, особенно в рабочих районах, отдавая всю силу своего таланта спасению заблудших и сомневающихся.

В 1918 году Великая Среда, – а именно в среду Иуда предал Спасителя начальникам иудейским, – совпадала с большевистским праздником 1 мая. Митрополит Вениамин и о. Философ Орнатский подготовили воззвание к православным христианам, в котором они призывали верующих не принимать участия в уличных шествиях и гуляниях. Петроградские власти расценили это воззвание как контрреволюционное выступление. На время празднования Святой Пасхи они создали специальную комиссию во главе с Зиновьевым, которая вела за храмами «оперативное наблюдение через постоянных дежурных из ответственных лиц».

Приезд Святейшего патриарха, которого в Любани встречала делегация и в ее составе протоиерей Философ Орнатский всколыхнул Петроград. Ликованию православных не было предела. Святитель Тихон находился в Петрограде только шесть дней, с 11 по 16 июня.

Воодушевленное слово произнес о. Философ Орнатский. Он приветствовал всех с великим праздником Господним, торжественность которого ныне усилена служением Патриарха. В конце речи отец Философ сказал: «Пусть же очнутся, наконец, безбожники и богохульники наших дней, посягающие на святую веру и Церковь, воры и грабители, раздирающие Родину и расхищающие народное достояние, пусть проснутся тепло-хладные и встанут на защиту родных святынь, пора и всем нам объединяться для пробуждения в народе древлерусского благочестия…».

После литургии состоялся крестный ход с несением соборных святынь Чудотворной Казанской иконы и Ковчега со Святыми Мощами патриарха Ермогена, привезенными Святейшим патриархом Тихоном для устраиваемого в подвале Казанского собора пещерного храма. По мысли настоятеля, этот храм должен был увековечить знаменательное, историческое событие – восстановление патриаршества в Церкви Российской и напоминать русским людям о великом подвиге священномученика патриарха Ермогена, спасшего Отечество в годину лихолетья и от внутреннего нестроения, и от вражеского нашествия.