30 июня 1941 года был образован Государственный комитет обороны (ГКО) СССР — высший чрезвычайный орган власти в стране под председательством И. В. Сталина. Сразу же после образования ГКО рассмотрел вопрос о внешней разведке и уточнил ее задачи. Основное внимание обращалось на работу по Германии, Италии, Японии и оккупированным ими странам. Главной задачей ставилось создание агентурных возможностей в правительственных учреждениях, промышленных и научных организациях, разведывательных и контрразведывательных службах этих государств.

Работа разведчиков была всецело подчинена борьбе с фашистской Германией и ее союзниками. Несмотря на огромные трудности в первый период войны, внешняя разведка сумела в кратчайшие сроки перестроиться в соответствии с требованиями военного времени, сохранить ценную агентуру и наладить с ней надежную связь. На протяжении всей войны разведчики находились на переднем крае, своевременно добывали важную политическую и военную информацию, широко проводили активные мероприятия.

Разведывательные данные о военных намерениях противника помогали планировать боевые операции советских войск. Государственному комитету обороны и командованию Красной Армии были доложены важные сообщения, в том числе сведения о предстоящем наступлении немцев на Кавказ, о планах прорыва через Ростов к Сталинграду, о готовившихся крупных операциях противника в районе Курской дуги, регулярно направлялись данные о военно-экономическом потенциале Германии и ее сателлитов. Было налажено систематическое освещение намерений Японии относительно ее непосредственного участия в войне, а также планов США и Англии по открытию «второго фронта».

18 января 1942 года в составе НКВД для руководства зафронтовой работой органов госбезопасности было образовано 4-е управление. Оно занималось формированием разведывательно-диверсионных групп и отрядов в тылу у немцев. Начальник 4-го управления НКВД генерал П. А. Судоплатов одновременно являлся заместителем руководителя советской внешней разведки. Костяк управления составили действующие сотрудники внешней разведки.

В годы Великой Отечественной войны в тылу противника действовало 2200 оперативных отрядов и групп. В их рядах сражалось более половины кадровых сотрудников внешней разведки. Диверсионно-разведывательные подразделения НКВД уничтожили 230 тысяч гитлеровских солдат и офицеров, подорвали 2800 вражеских эшелонов с живой силой и техникой, добывали важную военную, стратегическую и политическую информацию, которая имела большое значение для советского военного командования.

Советской внешней разведке накануне состоявшейся в Тегеране 28 ноября — 1 декабря 1943 года конференции руководителей СССР, США и Великобритании удалось парализовать деятельность подпольных профашистских организаций, успешно противостоять немецким спецслужбам в Иране и совместно с английской разведкой сорвать попытку организации покушения на «большую тройку».

Можно с уверенностью констатировать, что в годы Великой Отечественной войны внешняя разведка и ее сотрудники выполнили свой долг перед Родиной. Даже бывший директор ЦРУ США Аллен Даллес вынужден был признать, что «информация, которую добывали советские разведчики во время Второй мировой войны, содействовала военным усилиям Советов и представляла такого рода материал, который является предметом мечтаний для разведки любой страны».

За образцовое выполнение специальных заданий командования в тылу противника высокого звания Героя Советского Союза были удостоены девять кадровых сотрудников внешней разведки: руководители нелегальных резидентур в Киеве — Иван Кудря, в Николаеве — Виктор Лягин и в Одессе — Владимир Молодцов; командиры разведывательно-диверсионных отрядов и групп Станислав Ваупшасов («Местные», окрестности Минска), Дмитрий Медведев («Победители», Ровенская и Львовская области), Кирилл Орловский («Соколы», Белоруссия), Николай Прокопюк («Охотники», Украина, Польша, Словакия), Александр Рабцевич («Храбрецы», Белоруссия, Польша), а также Николай Кузнецов — разведчик-нелегал отряда «Победители».

Разгром фашистской Германии и милитаристской Японии не привел к улучшению международной обстановки. Правящие круги стран — бывших союзниц СССР не хотели мириться с происшедшими глобальными переменами. Пытаясь не допустить дальнейшего ослабления своих позиций, они встали на путь ядерного шантажа, «холодной войны», сколачивания агрессивных военных блоков и раскручивания гонки вооружений.

Стараниями официальных отечественных и зарубежных историков принято считать, что «холодная война» началась в марте 1946 года, когда бывший премьер-министр Англии Уинстон Черчилль в своей знаменитой Фултонской речи заявил, что Европа оказалась разделенной «железным занавесом», и призвал западную цивилизацию объявить войну «коммунизму» (выступление 5 марта 1946 года в Вестминстерском колледже, расположенном в американском городе Фултон, штат Миссури).

Однако фактически «холодная война» (если рассматривать этот термин как противостояние двух ведущих стран Запада — Великобритании и США и Советской России) началась еще в середине 20-х годов прошлого века. Причем до весны 1945 года ведущую роль в ней играл Лондон, а после окончания Второй мировой войны — Вашингтон. Исходя из этого можно считать, что на время Второй мировой войны Москва, Лондон и Вашингтон заключили некое «перемирие» между собой, чтобы совместными усилиями победить Берлин. А сразу же после Победы агрессивная политика со стороны Лондона и Вашингтона против Москвы возобновилась. Об этом свидетельствуют документы, добытые советской разведкой в тот период.

Так, в меморандуме американского военного руководства № 329 от 4 сентября 1945 года, то есть на следующий день после официального окончания Второй мировой войны и капитуляции Японии, ставилась задача:

«Отобрать приблизительно 20 наиболее важных целей, пригодных для стратегической атомной бомбардировки, в СССР и на контролируемой им территории».

А в меморандуме Объединенного комитета начальников штабов США № 1518, датированном 9 октября 1945 года, указывалось, что основой превентивной ядерной войны против СССР должно стать уничтожение его военно-стратегического потенциала.