В 2004–2007 годах занимал пост Председателя Правительства Российской Федерации.

С 9 октября 2007 года — Директор Службы внешней разведки Российской Федерации.

В конце 2009 года, накануне своего профессионального праздника (20 декабря 1920 года Ф. Э. Дзержинский подписал исторический приказ № 169 о создании Иностранного отдела ВЧК, преемниц

ей которого в наши дни является Служба внешней разведки Российской Федерации) российские разведчики впервые за всю историю существования отечественной внешней разведки обрели свою официальную символику.

Указ об учреждении геральдического знака — эмблемы, флага и знамени Службы внешней разведки Российской Федерации (СВР России) был подписан Президентом Российской Федерации 31 октября и вступил в силу 6 ноября 2009 года. Этим же указом были утверждены Положения об эмблеме и флаге, а также о знамени СВР России, их описание и рисунки.

В описании геральдического знака — эмблемы, ставшей официальным символом СВР России, отмечается, что основным ее элементом является золотой двуглавый орел с поднятыми распущенными крыльями, увенчанный двумя малыми коронами и над ними — одной большой короной, соединенными лентой. В лапах орла — диагонально перекрещенные серебряные меч и пылающий факел. На груди орла — круглый щит, окованный серебром, с радиальной насечкой и двенадцатью золотыми закрепами. Поле щита лазоревого (василькового) цвета. В поле щита — серебряная пятилучевая сияющая звезда, в центре которой — голубое изображение земного шара с золотыми параллелями и меридианами.

Эмблема Службы может выполняться в одноцветном изображении.

Интересно, что каждый элемент эмблемы СВР России, по словам специалистов в области геральдики, несет свою собственную смысловую нагрузку. Так, золотой двуглавый орел символизирует принадлежность Службы к федеральным органам исполнительной власти. Круглый щит характерен для вооружения русских воинов. Количество закрепов на щите — двенадцать — ассоциируется со временем (12 часов на циферблате, 12 месяцев) и символизирует непрерывность любого вида деятельности Службы во времени. Закрепы выполнены в виде геральдических роз, означающих сохранность тайны.

Изображение земного шара символизирует масштабы деятельности Службы в пространстве, а пятилучевая сияющая звезда — пять континентов.

Серебряный меч в лапе орла указывает на принадлежность Службы к силам обеспечения безопасности государства и защиты его интересов. А серебряный пылающий факел подчеркивает специфику деятельности Службы по выявлению тайного, скрытого.

Свое значение имеет и цветовая гамма: золото символизирует принадлежность к высшей власти, серебро — чистоту помыслов, а лазоревый (васильковый) цвет щита — принадлежность к российским спецслужбам.

Указом допускается использование в качестве самостоятельной эмблемы СВР России щита с расположенной на нем пятилучевой сияющей звездой с земным шаром, наложенного на диагонально перекрещенные меч и пылающий факел (средняя эмблема), а также пятилучевой звезды с земным шаром (малая эмблема).

В Положении о знамени Службы внешней разведки Российской Федерации указывается, что оно является официальным символом и воинской реликвией СВР России.

Знамя изготавливается в единственном экземпляре и находится под круглосуточной охраной. Оно используется при проведении особо торжественных мероприятий в Службе. Его вынос осуществляется с соблюдением определенного воинскими уставами ритуала.

Вручение знамени производится в торжественной обстановке Президентом Российской Федерации.

Знамя представляет собой двустороннее прямоугольное полотнище красного цвета с каймой лазоревого (василькового) цвета и узкой внешней каймой белого цвета. Полотнище знамени и кайма обшиты золотистой тесьмой. По лазоревой кайме проходит золотистый плетеный орнамент, на белой кайме вышиты золотистые звездочки.

На лицевой стороне полотнища знамени, в центре, — главная фигура Государственного герба Российской Федерации: золотой двуглавый орел, поднявший распущенные крылья.

На оборотной стороне полотнища, в центре, — эмблема СВР России. В верхней части синей каймы орнамент прерывается надписью «ОТЕЧЕСТВО», в нижней ее части — надписью «ДОБЛЕСТЬ ЧЕСТЬ». Надписи слов, которые являются девизом сотрудников Службы, выполнены золотистыми буквами, стилизованными под старославянский шрифт.

15 декабря 2009 года в Георгиевском зале Большого Кремлевского дворца, который является залом воинской славы Отечества, Президент России Дмитрий Медведев вручил директору СВР России Михаилу Фрадкову знамя Службы внешней разведки Российской Федерации.

В торжественной церемонии приняли участие руководители основных подразделений Службы и ее ветеранских организаций, видные разведчики-ветераны, вписавшие немало достойных страниц в ее историю, гости, представлявшие другие российские спецслужбы, руководители ряда министерств и ведомств Российской Федерации.

В ходе церемонии вручения знамени Президент России констатировал, что сотрудников СВР всегда отличали высокий профессионализм и преданность своему делу.

Глава государства отметил, что обстановка в мире на сегодняшний день весьма сложна. «При этом все мы являемся свидетелями того, как выстраивается новая глобальная конфигурация, как возникают новые центры силы, приходят в движение те политические силы, которые, может быть, не так были заметны на мировой арене. Это создает новый расклад, который является вызовом для нашего государства и по которому нам необходимо принимать разумные решения».