7 января последовал приказ готовиться к переводу на военное положение крепостей Порт-Артур и Владивосток. Одновременно были разработаны и введены в действие приказом адмирала Е.И. Алексеева инструкции по охране кораблей Тихоокеанской эскадры на внешнем порт-артурском рейде. Русские миноносцы впервые вышли в Желтое море для несения дозорной службы.

20 января царский наместник вновь запросил у правительства разрешения объявить мобилизацию войск Дальнего Востока и Сибири и дать указание об использовании флота в случае высадки японцев в Корее. При этом он высказал свое мнение о целесообразности использования морских сил для противодействия высадке японской армии в порту Чемульпо. Высочайшее разрешение на мобилизацию и инструкции об использовании Тихоокеанской эскадры пришли в Порт-Артур 27 января, уже после начала войны.

Сперва была объявлена мобилизация войск дальневосточного наместничества, затем Сибирского военного округа (4-го армейского Сибирского округа), а в начале февраля 1904 года – запасных Вятского и Пермского уездов. Мобилизация проходила без каких-либо осложнений, если не считать громадности расстояний для доставки призванных в армию запасников. Гораздо проще обстояло дело с мобилизацией Забайкальского, Амурского, Уссурийского, Сибирского, части Оренбургского и Уральского казачьих войск – казачьи полки привычно собирались и выступали на войну в считанные дни.

Большой ошибкой российского руководства было запоздалое назначение высшего командования русскими сухопутными и морскими силами на Дальнем Востоке. Если главнокомандующий маршал Ивао Ояма, командующие японскими армиями, намеченными для высадки на материке, и действующим флотом назначались микадо за несколько месяцев до начала войны, то в Санкт-Петербурге решились на такой шаг только после начала боевых действий. Командующий русской Маньчжурской армией генерал от инфантерии А.Н. Куропаткин и командующий флотом Тихого океана вице-адмирал С.О. Макаров получили свои назначения после прихода в столицу вести о нападении японцев на русские корабли в Порт-Артуре и Чемульпо.

Поэтому то, что командующие со своими штабами обычно делают в подготовительный, предвоенный период (изучение оперативных планов, обстановки на театре военных действий, состоянии войска и флота), полководец А.Н. Куропаткин и флотоводец С.О. Макаров вынуждены были делать в условиях уже начавшейся войны. Свое командование Маньчжурской армией и флотом Тихого океана они начали в поезде, который шел из российской столицы в Порт-Артур не одну неделю.

27 января был обнародован Высочайший манифест Николая II с официальным объявлением о начале русско-японской войны. Он гласил:

«В заботах о сохранении дорогого сердцу Нашему мира Нами были приложены все усилия для упрочения спокойствия на Дальнем Востоке. В сих миролюбивых целях Мы изъявили согласие на предложенный японским правительством пересмотр существовавших между обеими империями соглашений по корейским делам. Возбужденные по сему предмету переговоры не были, однако, приведены к окончанию, и Япония, не выждав даже получения последних ответных предложений правительства Нашего, известила о прекращении переговоров и разрыве дипломатических отношений с Россией.

Не преуведомив об этом, что перерыв таковых сношений знаменует собой открытие военных действий, японское правительство отдало приказ своим миноносцам внезапно атаковать Нашу эскадру, стоявшую на внешнем рейде Порт-Артура.

По получении о сем донесения Наместника Нашего на Дальнем Востоке, Мы тотчас же повелели вооруженной силой ответить на вызов Японии.

Объявляя о таковом решении Нашем, Мы с непоколебимой верой в помощь Всевышнего и в твердом уповании на единодушную готовность всех верных Наших подданных встать вместе с Нами на защиту Отечества, призываем благословление Божие на доблестные Наши войска армии и флота».

Высочайший манифест микадо – императора Японии о начале войны с Россией официально вышел на следующий день после опубликования российского, 28 января. В японском императорском манифесте говорилось следующее:

«Мы объявляем войну России и приказываем Нашим армии и флоту всеми вооруженными силами начать враждебные действия против этого государства, а также Мы приказываем всем поставленным от нас властям употребить все силы, при исполнении своих обязанностей во всем согласно с полномочиями, для достижения народных стремлений при помощи всех средств, дозволенных международным правом.

В международных сношениях Мы всегда стремились поощрять мирное преуспевание Нашей Империи в цивилизации, укреплять дружественную связь с другими державами и поддерживать такой порядок вещей, который обеспечивал бы на Дальнем Востоке прочный мир, и Нашим владениям безопасность, не нарушая при этом права и интересы других государств. Поставленные от Нас власти исполняли до сих пор свои обязанности, сообразуясь с нашим желанием, так что Наши отношения к державам становились все более сердечными.