После армии — преподаватель ОмГУ, затем поступает в аспирантуру Ленинградского государственного университета, в 1986 году защищает кандидатскую диссертацию. Работал в Омском государственном университете, занимал должности доцента, заместителя декана, декана юридического факультета.

С 1990 по 1993 год — народный депутат РСФСР, член Верховного Совета Российской Федерации.

Был единственным членом Верховного Совета России, выступившим 12 декабря 1991 года на сессии парламента против ратификации «беловежских» соглашений. Голосовал против их ратификации.

В декабре 1991 г. становится председателем Координационного Совета движения Российский общенародный союз (РОС), с 1994 г. — Председатель Российского общенародного союза как политической партии. Сопредседатель Фронта Национального Спасения с момента создания и до июля 1993 г.

В сентябре 1993 г. осудил государственный переворот Б. Ельцина, оставался до последнего дня в осажденном Доме Советов, при разгроме парламента подвергся избиениям и кратковременному аресту.

1993–2000 гг. — депутат Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации первого и второго созывов. 1994–1995 гг. — член Комитета по делам общественных объединений и религиозных организаций. 1996–2000 гг. — заместитель председателя Государственной Думы, сопредседатель депутатской группы «Народовластие», депутат и заместитель председателя Парламентского Собрания Союза Беларуси и России, председатель Комиссии по вопросам формирования Союзного государства Беларуси и России.

С 1999 г. — Председатель Попечительского совета Уголовно-исполнительной системы, занимающейся нуждами осужденных и лиц, работающих в местах лишения свободы.

С 1996 г. добивался отставки правительства В. Черномырдина. В 1999 г. голосовал за отрешение от должности Президента России Б. Ельцина по всем пяти пунктам обвинения.

В декабре 2001 г. на Учредительном Съезде Партии Национального Возрождения «Народная Воля» избран ее председателем. В 2007 г. партия переименована в Политическую Партию «Народный Союз».

Доктор юридических наук (1998 г.). С 1999 г. — профессор кафедры юридического факультета Омского государственного университета, директор (с 2000 г. — президент) Института национальной стратегии реформ, одновременно с мая 2000 г. по август 2002 г. — заместитель директора Института социально-политических исследований РАН. В 2000–2001 гг. — заведующий кафедрой правовых и гуманитарных проблем национальной безопасности Института прав человека МГСУ, с 2001 г — профессор кафедры теории и истории государства и права МГУК.

Одновременно с мая 2000 г. — адвокат, а с августа 2001 г. по январь 2003 г. — председатель президиума Межрегиональной коллегии адвокатов помощи предпринимателям и гражданам. С 2003 г. — председатель президиума Союзной коллегии адвокатов.

С августа 2002 г. ректор Российского государственного торгово-экономического университета (РГТЭУ).

С сентября 2003 г. — сопредседатель Высшего Совета избирательного блока «Родина» (народно-патриотический союз).

Декабрь 2003 г. — декабрь 2007 г. — депутат, а с 2004 г. — заместитель Председателя Государственной Думы ФС РФ 4 созыва.

С декабря 2007 года (после избрания нового состава Государственной Думы РФ, к участию в выборах которой его партия не была допущена Избиркомом РФ) вернулся на должность ректора Российского государственного торгово-экономического университета.

Заслуженный деятель науки Российской Федерации.

Женат, имеет четверых сыновей.

Д. В. Лобанов: Сергей Николаевич, чем для Вас был Советский Союз?

С. Н. Бабурин: Это была Родина. Это было то общество, без которого жизнь не мыслилась. Это был определенный стандарт нравственных отношений с близкими, знакомыми. Это были Вооруженные Силы Советского Союза, в которых я служил срочную службу. Это был тот мир, в котором каждый из нас жил. И, если говорить честно, то до 1991 года вряд ли кто, по крайней мере, за себя отвечаю точно, делал серьезное разделение между обществом и государством, как это делают ученые. Психологически для людей это было единым образованием. И поэтому гибель Советского Союза как государства для меня, как и для очень многих людей в нашей стране, означала катастрофу вселенского масштаба, обрушение устоев, без чего не мыслилось существование.

Да, недостатки были. В отличие от очень многих, для меня «Перестройка» не принесла откровений о сталинских репрессиях, потому что я вырос в Сибири, на севере Омской области, и со времен отрочества общался с теми, кто сидел, и с теми, кто сажал. И, вы знаете, отношения между ними были весьма своеобразными и далеко не однозначно конфронтационными. Это часто были отношения таких раздосадованных единомышленников. Я до сих пор помню своего земляка, ветерана Гражданской войны, вступившего в комсомол в 1919 году, который в 1937 году в нашем же маленьком городе был оперуполномоченным НКВД. Он начал ухлестывать за находившейся в ссылке сестрой Тухачевского, узнав о чем, начальник райотдела вызвал его и сказал: «Ты выбирай: либо бабы, либо партбилет». Он говорил, что почему-то в той ситуации выбрал партбилет. Я с ним был знаком уже в 1970-е годы, когда он был исключен из партии в связи со своей девятой свадьбой, когда он девятый раз женился. Хотя, с точки зрения партийной идеологии, к нему не было замечаний. Он очень своеобразно рассказывал и о войне, и о репрессиях — без эмоциональной окраски, но с подробностями.