Члены английского посольства описали последние часы Бориса со слов лечивших его медиков. По обыкновению, врачи находились при царской особе в течение всего обеда. Годунов любил плотно поесть и допускал излишества в еде. Доктора посчитали его хороший аппетит признаком улучшения здоровья и разъехались из дворца. Но через два часа после обеда царь внезапно почувствовал дурноту. Перейдя в спальные хоромы, он лег в постель и велел позвать врачей. Доктора не поспели на вызов. До их приезда у Бориса отнялся язык, и он умер.

Стоявшие подле умирающего бояре спросили, не желает ли он, чтобы дума в его присутствии присягнула наследнику. Царь, дрожа всем телом, успел промолвить: «Как Богу угодно и всему народу». Видимо, Борис Годунов понимал, что без соборного избрания его несовершеннолетний сын не удержит корону на голове.

Близкий к царскому двору Яков Маржарет передает, что Годунов скончался от апоплексического удара.

Смерть монарха дала новый импульс гражданской войне в России.

Бояре и духовенство нарекли царевича Федора Борисовича на царство через три дня после кончины Бориса. Записи в книгах Разрядного приказа наводят на мысль о том, что в этом акте участвовали все чины, обычно входившие в состав Земского собора. «Того же месяца апреля, — значится в Разрядах, — патриарх Иев Московский и всеа Русии, и митрополиты, и архиепископы, и епископы, и со всем освященным собором вселенским, да бояре и окольничие, и дворяне и стольники и стряпчие, и князи, и дети боярские, и дьяки и гости, и торговые люди, и все ратные и черные люди всем Московским царством и всеми городами, опричь Чернигова и Путивля, нарекли на Московское государство государем царевича князя Федора Борисовича всеа Русии».

Разрядные записи находят аналогию в епископских посланиях, разосланных по городам сразу после наречения Федора. Отцы церкви подробно описывали, как патриарх с Освященным собором, весь царский синклит — Боярская дума, гости и торговые люди и «всенародное множество Российского государства» просили царицу Марию Григорьевну, чтобы она «была на царстве по-прежнему», а сына великого государя царевича князя Федора благословила «быти царем и самодержцем всей Русской земли». Царевич не презрел «слез и моления» чинов и по благословению и приказу отца «произволил» быть царем.

В действительности наречению царевича Федора не предшествовали ни «моления» чинов Земского собора, ни шествия «всенародного множества».

После своего избрания Борис Годунов сделал сына соправителем и приказал именовать его государем царевичем «всеа Руси». Царевич самостоятельно сносился с иноземными дворами. Очевидно, сам Борис позаботился о том, чтобы заблаговременно подготовить всю процедуру передачи власти наследнику. В обращении патриарха к народу было сказано, что царь Борис, умирая, после себя приказал на царство сына и благословил его крестами, которыми «венчаютца на царство», после чего Федор Борисович «з божьей помощью на своих государствах сел». Патриарх с освященным собором благословили нового царя, а члены Боярской думы, дворяне, дети боярские, приказные люди, гости и всех сотен торговые люди в присутствии патриарха принесли присягу на верность Федору Борисовичу.

Очевидцы свидетельствуют, что именно так все и произошло. Бояре, дворяне, купцы и простой народ были вызваны в Кремль и приведены там к присяге.

Вслед за тем царица Мария и царь Федор Борисович разослали в города наказ, повелев созвать в церкви дворян, служилых людей, посадских людей, пашенных крестьян и всяких «черных» людей и привести их к присяге по специальной записи. Приказные люди записывали имена присягнувших в особые книги, которые надлежало затем отправить в Москву.

В главных городах — Новгороде, Пскове, Казани, Астрахани, в городах Замосковья, Поморья и Сибири присяга прошла без затруднений. Составленные там книги были спешно присланы в столицу. В царском архиве хранилась «свяска, а в ней записи целовальные… после царя Бориса царице Марье и царевичу Федору всяким людем по чином, и записи шертовальные по чином иноземцом». Православные целовали крест, иноверцев приводили к шерти.

Текст подкрестной записи царя Федора полностью повторял текст, составленный при воцарении Бориса Годунова. Он содержал непомерно длинный перечень обязательств, ограждавших безопасность царской семьи. Подданные обещали над царицей и ее детьми «в еде и питье, ни в платье, ни в ином чем лиха никакого не учинить и их не испортить, и зелья лихого и коренья не давать»; «и людей своих с ведовством и со всяким лихим зельем и с кореньев не посылать, и ведунов не добывать на царское лихо»; когда государь куда пойдет, «на следу его всяким ведовским мечтанием не испортить и ведовством по ветру никакого лиха не насылать».

Проекты возведения на трон Симеона Бекбулатовича давно утратили актуальность. Тем не менее советники Федора упомянули его имя в тексте присяги, запретив подданным всякие сношения с ним. Реальная угроза династии исходила от самозванца. Но пояснения насчет самозванца в «целовальной записи» были краткими и маловразумительными. Подданные клятвенно обязывались «к вору, который называется князем Дмитрием Углицким, не приставать и с ним и с его советники ни с кем не ссылатись ни на какое лихо и не изменити и не отъехати…».