Личная жизнь И. IV оказалась весьма бурной и драматичной. Был женат семь раз; последние четыре брака не признаны церковью. В этом отношении его можно сравнить только с Генрихом VIII. В первый раз И. IV женился в феврале 1547, едва ступив на престол. Его избранницей стала Анастасия Романовна (? – 1560), дочь боярина Романа Юрьевича Кошкина-Захарьина-Юрьева и княжны Ульяны Федоровны Литвиновой-Мосальской. Была выбрана из полутора тысяч претенденток, свезенных со всей России. Фактически стала первой русской царицей. Прославилась кротостью, добротой и состраданием к бедным. Имела большое влияние на мужа. В браке родила трех сыновей и трех дочерей: Дмитрия, Анну, Ивана, Марию, Федора и Евдокию. Здоровье царицы было подорвано частыми родами. Не дожив до тридцати лет, она скончалась 7 августа 1560 в селе Коломенском. Смерть Анастасии Романовны послужила причиной первой кампании террора против бояр из ближайшего окружения. Ее жертвами пали протопоп Сильвестр и А. Ф. Адашев, обвиненные в том, что они извели царицу колдовством. Между прочим, исследование, проведенное в конце 1990-ых, подтвердило версию об отравлении Анастасии: в ее останках была обнаружена ртуть в значительной концентрации.

По свидетельству летописца, на похоронах Анастасии И. IV рыдал и «от великого стенания и от жалости сердца» едва держался на ногах. Однако, пришел в себя довольно быстро и «Умершей убо царице Анастасии нача царь яр быти и прелюбодействен зело». Желая образумить царя, обеспокоенное духовенство решило подыскать ему новую невесту. Попытки засватать дочь польского короля Екатерину не увенчались успехом. В 1560 посланцы царя Ф.В.Вокшерин и С. Мякинин отправились на Кавказ «у Черкаских князей дочерей смотрети». 15 июля 1561 в Москву была доставлена княжна Кученей (? – 1569), дочь кабардинского князя Темрюка («из черкас пятигорских девица»). 20 июля того же года она была окрещена по православному обряду митрополитом Макарием и получила имя Мария Темрюковна. 21 июля 1561 И. IV венчался с ней в Успенском соборе. Начиная с 1562 Мария неоднократно сопровождала царя в поездках по монастырям. 21 марта 1563 родила царевича Василия, который умер в двухмесячном возрасте.

По характеру вторая жена оказалась прямой противоположностью первой. Мария с удовольствием наблюдала за медвежьими потехами, пытками и казнями осужденных. Свирепствовал и ее брат Михаил. Вокруг царя подобрались новые люди (Малюта Скуратов-Вольский, Федор Басманов, Богдан Вольский, Василий Грязной, князь Афанасий Вяземский и др). Они внушили царю мысль о неверности и предательстве Марии. В феврале 1565 И. IV покинул Москву и переехал в Александровскую слободу. Марию Темрюковну с собой не взял, а приставил к ней надежный караул и велел не выпускать из Кремля. По сообщению английского дипломата Горсея: «тем временем он отдалил свою черкесскую жену, постриг ее в монахини и поместил в монастырь». 6 сентября 1569 Мария неожиданно скончалась, по мнению Пискаревского летописца: «а тогда же опоил царицу Марью Черкаскову». Брат же ее, Михаил Темрюкович, по велению И. IV, был посажен на кол.

Современники обвиняли «злонравную» Марию в «порче нрава» царя, вызвавшей массовые репрессии и разгул опричнины. Вскоре царь вновь возжелал жениться. Гонцы разъехались по всему царству и привезли в Москву полторы тысячи девиц. После многомесячных смотрин осталось 24 кандидатки. И. IV выбрал из них дальнюю родственницу Малюты Скуратова Марфу Васильевну Собакину. Венчание состоялось 28 октября 1571 в Троицком соборе Александровской слободы. Почти сразу молодую, ядреную девку, сразила неведомая хворь. Она стала «сохнуть» на глазах, а 13 ноября 1571 отдала богу душу. Как и в первых двух случаях, царь заподозрил отравление и повелел учинить розыск. По его результатам на плаху пошло несколько десятков человек. И. IV утверждал, что не успел вступить в супружеские права, поэтому церковный собор признал его брак с Марфой Собакиной недействительным.

Этот исторический эпизод послужил сюжетом пьесы Л. А. Мея «Царская невеста» (1849). В 1899 Н.А.Римский-Корсаков создал одноименную оперу, которая была экранизирована в 1965. Образ Марфы Собакиной присутствует в пьесе М. А. Булгакова «Иван Васильевич» и в поставленном по ней фильме Л. Гайдая «Иван Васильевич меняет профессию» (1973).

Из числа не успевших еще разъехаться претенденток И. IV отобрал новую невесту – восемнадцатилетнюю Анну Ивановну (по другим данным, Анну Алексеевну) Колтовскую, дочь мелкопоместного дворянина. На совершение этого брака потребовалось особое разрешение церкви. И. IV добился своего, оправдываясь государственной необходимостью и тяготами одинокого отцовства. 29 апреля 1572 церковный собор разрешил ему жениться в четвертый раз. Семейная жизнь продолжалась неожиданно долго – целых три года. А. Колтовская проявила себя очень независимой особой и, даже, пыталась бороться с произволом опричнины. Ее главным недостатком оказалось то, что она не смогла родить наследников. В 1575 И. IV заточил А. Колтовскую в Тихвинский монастырь и насильно постриг в монахини под именем Дарьи. И. IV вспомнил о бывшей жене в своем духовном завещании: отписал город Ростов «с волостми и с пустми, и с селы и со всеми пошлинами», а также четырнадцать сел «с деревнями и со всеми угодьями». В отличие от своих предшественниц, А. Колтовская умерла своей смертью в 1626 или 1627.

Историк Н. И. Костомаров приписывал И. IV еще один весьма непродолжительный брак, который обычно не учитывался в официальных биографиях. В ноябре 1573 безо всякого церковного разрешения И. IV женился на Марии Долгорукой, т.е. фактически стал двоеженцем. В первую же ночь он обнаружил, что невеста «прежде супружества потеряла девство», приказал «затиснуть ее в колымагу, повести на бешеных конях и опрокинуть в воду».

Пятой женой И. IV принято считать Анну (Григорьевну?) Васильчикову. Ок. 1575 царь действительно «взял ее к себе», однако, нет свидетельств, что он был с ней обвенчан и что она носила титул царицы. Происхождение Анны Васильчиковой также неясно. Предположительно, она была родственницей Василия Умного-Колычева, нового временщика, сменившего Малюту Скуратова. Через два года А. Васильчикова была насильно пострижена в инокини суздальского Покровского монастыря.

Шестой брак И. IV оказался самым необычным. На сей раз он также обошелся без церковных обрядов. Ок. 1575 И. IV взял себе в сожительницы Василису Мелентьеву (или Мелентьевну), вдову царского стремянного Никиты. По слухам, распалившийся на нее царь прибег к насилию и отравил мешавшего ему мужа: «юже мужа ее опричник закла; зело урядна и красна, таковых не бысть в девах, киих возяще на зрение царю». В. Мелентьева была значительно старше других жен И. IV. Она обладала властным характером: за два года, проведенные в Кремле, сумела изгнать всех царских наложниц и стать единовластной хозяйкой. Однако, вскоре Василиса сама попалась на измене. В одном из хронографов сказано, что И. IV заметил ее «зрящу яро» на князя Ивана Девтелева. Несчастный был немедленно казнен, а коварная изменщица подверглась насильственному заточению в новгородском монастыре.