Согласно подпункту 4 пункта 5 статьи 101 НК РФ в ходе рассмотрения материалов налоговой проверки руководитель (заместитель руководителя) налогового органа выявляет обстоятельства, исключающие вину лица в совершении налогового правонарушения, либо обстоятельства, смягчающие или отягчающие ответственность за совершение налогового правонарушения.

Прямого запрета на снижение размера штрафа судом в том случае, если смягчающие обстоятельства были учтены налоговым органом при вынесении решения, действующее налоговое законодательство не содержит. В соответствии с пунктом 7 статьи 3 НК РФ все неустранимые сомнения, противоречия и неясности актов законодательства о налогах и сборах толкуются в пользу налогоплательщика (плательщика сборов).

Следовательно, размер взыскиваемого с организации штрафа за совершение налогового правонарушения может быть снижен арбитражным судом и в том случае, если смягчающие обстоятельства уже были учтены налоговым органом при вынесении решения о привлечении к ответственности.

Предельного размера уменьшения суммы штрафной санкции законодатель не устанавливает.

Согласно подпункту 1 пункта 1 статьи 336 НК объектом налогообложения налогом на добычу полезных ископаемых признаются полезные ископаемые, добытые из недр на территории Российской Федерации на участке недр, предоставленном налогоплательщику в пользование в соответствии с законодательством Российской Федерации.

В пункте 1 статьи 337 Кодекса предусмотрено, что полезным ископаемым признается продукция горнодобывающей промышленности и разработки карьеров, содержащаяся в фактически добытом (извлеченном) из недр (отходов, потерь) минеральном сырье (породе, жидкости и иной смеси), первая по своему качеству соответствующая национальному стандарту, региональному стандарту, международному стандарту, а в случае отсутствия указанных стандартов для отдельного добытого полезного ископаемого – стандарту организации.

Не может быть признана полезным ископаемым продукция, полученная при дальнейшей переработке (обогащении, технологическом переделе) полезного ископаемого, являющаяся продукцией обрабатывающей промышленности.

Исходя из положений подпункта 7 пункта 2 статьи 337 и пункта 7 статьи 339 Кодекса, добытым полезным ископаемым признается горнорудное неметаллическое сырье, в том числе жильный кварц (за исключением особо чистого кварцевого и пьезооптического сырья), в отношении которого в налоговом периоде завершен комплекс технологических операций (процессов) по его добыче из недр, предусмотренный техническим проектом разработки месторождения.

В силу пункта 2 статьи 338 Кодекса налоговая база по налогу на добычу полезных ископаемых определяется как стоимость добытых полезных ископаемых, за исключением нефти обезвоженной, обессоленной и стабилизированной, попутного газа и газа горючего природного из всех видов месторождений углеводородного сырья. Стоимость добытых полезных ископаемых определяется в соответствии со статьей 340 Кодекса.

В соответствии с пунктом 1 статьи 340 Кодекса, оценка стоимости добытых полезных ископаемых определяется налогоплательщиком самостоятельно одним из следующих способов: исходя из сложившихся у налогоплательщика за соответствующий налоговый период цен реализации без учета субсидий; исходя из сложившихся у налогоплательщика за соответствующий налоговый период цен реализации добытого полезного ископаемого; исходя из расчетной стоимости добытых полезных ископаемых.

Согласно пункту 4 статьи 340 Кодекса расчетная стоимость добытого полезного ископаемого определяется налогоплательщиком самостоятельно на основании данных налогового учета. В этом случае налогоплательщик применяет тот порядок признания доходов и расходов, который он применяет для определения налоговой базы по налогу на прибыль организаций.

Пленум Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации в пункте 4 постановления от 18.12.2007 №64 указал, что оценка стоимости полезного ископаемого, исходя из сложившихся у налогоплательщика цен реализации, возможна только в случае реализации налогоплательщиком продукции, признаваемой в соответствии со статьей 337 Кодекса полезным ископаемым, а также в случае реализации налогоплательщиком продукции, полученной с применением перерабатывающих технологий, которые являются специальными видами добычных работ.

Если реализация данной продукции не осуществляется, при расчете налоговой базы надлежит руководствоваться подпунктом 3 пункта 1 и пунктом 4 статьи 340 Кодекса, то есть определять налоговую базу на основе расчетной стоимости добытого полезного ископаемого.

Указанный способ оценки стоимости полезных ископаемых применяется, в частности, в случае реализации продукции, в отношении которой были осуществлены технологические операции, не являющиеся операциями по добыче (извлечению) полезного ископаемого из минерального сырья, а также продукции, полученной при дальнейшей переработке полезного ископаемого, являющейся продукцией обрабатывающей промышленности.

Таким образом, стоимость добытых полезных ископаемых может определяться исходя из расчетной стоимости добытых полезных ископаемых только при отсутствии реализации добытого полезного ископаемого.

Пунктами 8, 9 Методических указаний по контролю за технической обоснованностью расчетов платежей при пользовании недрами, утвержденных постановлением Госгортехнадзора России от 10.12.1998 №76, предусмотрено, что под добытыми полезными ископаемыми, а также фактически добытыми полезными ископаемыми понимаются твердые полезные ископаемые, выданные из недр на поверхность при подземной разработке месторождения, вывезенные из карьера (разреза) на открытых горных работах и прошедшие первичную обработку, но без учета пород, разубоживающих полезное ископаемое, если они не были включены в подсчет запасов.