Осенью 1798 года граф Николай Петрович тяжело заболел. 1 ноября 1798 года, поправившись, он назначается обер-камергером двора. Это звание, самое значительное из придворных званий, еще более приблизило графа Николая Петровича к императору.

Павлу I было хорошо известно об увлечении Шереметева театром. Поэтому в феврале 1799 года император поручил ему управление казенными театрами. Однако здесь граф Николай Петрович не преуспел. В марте он обратился с письмом к русскому послу в Лондоне графу Семену Романовичу Воронцову, в котором просил пригласить на службу в Россию танцовщиков и танцовщиц, в том числе Дидло с женой. Однако посол в резкой форме отказался от выполнения подобного поручения, сославшись на то, что он любит музыку, но ничего не понимает в балете, и что он «…никогда не будет порукой нравов и правил людей театра, если они еще и французы». Шереметева обескуражил такой ответ, и он вскоре передал управление театрами обер-гофмаршалу Александру Нарышкину.

В том же 1799 году граф Н.П. Шереметев стал шефом (директором) Пажеского корпуса. Пажи – придворные чины, которые появились в России при Петре и Екатерине I, по образцу западноевропейских дворов. Это были юноши из самых знатных семейств, которые потом выходили в военную или статскую службу, но для части из них это звание становилась началом придворной карьеры. При императрице Елизавете Петровне появился Пажеский корпус для воспитания пажей. Эта своего рода дворянская школа существовала наряду с Кадетским и Морским корпусами. Пажеский корпус того времени имел полугражданский статус, достаточно неопределенный.

Новую программу обучения и воспитания пажей по просьбе графа Шереметева разработал академик Федор Иванович Миллер. Миллер был хорошо знаком ему с 1770-х годов, когда историк помогал его отцу в издании писем и бумаг фельд маршала. 10 октября 1802 года вышел Высочайший рескрипт об учреждении Пажеского корпуса нового образца, преобразованного из придворного пансиона в военную школу, чтобы «подготовить молодых людей из лучших родовых и служилых семей для службы в рядах войск». «Положение» о корпусе разработали шеф (граф Н.П. Шереметев) и военный педагог (генерал Фридрих Максимилиан (Федор Иванович) Клингер). Корпус помещался на Фонтанке в доме, где находилось позже Училище правоведения. После реорганизации корпус в 1802 году возглавил уже другой человек, поскольку при новом императоре граф Николай Петрович «отошел в тень».

Граф Шереметев продолжал получать награды – так, в 1800 году он был удостоен французского ордена Св. Лазаря. Но время императора Павла и вместе с тем важнейший период жизни графа Николая Петровича близились к концу. Вечером 11 марта 1801 года граф Шереметев, в числе немногих близких к императору людей, присутствовал на ужине в Михайловском замке, после которого Павла убили.

В конце 1795 года, как говорилось выше, граф Николай Петрович переселился в Петербург. Фонтанный дом стал для него основным местом его пребывания до конца жизни.

Те два десятка лет, когда его отец граф Петр Борисович жил с семьей в Москве, Фонтанный дом чаще всего пустовал. Иногда по распоряжению хозяина он служил местом краткого пребывания кого-либо из родни, иногда сдавался внаем.

Так, 12 мая 1774 года граф П.Б. Шереметев шлет управителю петербургского Фонтанного дома Петру Александрову следующее повеление: «...Поехал в Петербург Василий Сергеевич Шереметев... Покои отвесть ему графини Варвары Петровны: то есть большую прихожую, предспальну, спальну и кабинетец ея, для людей же его отвесть покои в службах, где пристойно...»

В 1788 году дом сдавался в аренду сроком на два года португальскому посланнику с платой 3000 рублей в год, и тогда дом пришлось серьезно ремонтировать. В 1790 и 1791 годах дом нанимал князь Владимир Борисович Голицын, плативший по 4 тысячи рублей в год.

Сохранилось довольно схематичное изображение Фонтанного дома среди других сооружений на набережной Фонтанки, исполненное художником Дамам де Мартре в 1799 году.

Оказавшись в столице, граф Николай Петрович, один из богатейших людей страны и важный вельможа, должен был вести широкий образ жизни: устраивать приемы для большого числа гостей, принимать высочайших особ, иностранных дипломатов. Фонтанный дом изрядно обветшал и нуждался в расширении и украшении в новом вкусе, отличном от стиля середины XVIII столетия. На смену пышному стилю барокко пришли художественные приемы стиля классицизм, восходящие к античным прообразам. Граф Николай Петрович пригласил для переделок своего дома известных петербургских архитекторов, прославившихся своими сооружениями в новом вкусе, – Старова, Воронихина, Кваренги. Под их началом в Фонтанном доме работали и крепостные архитекторы графа Шереметева – Павел Аргунов, Василий Дикушин…

Иван Егорович Старов (1745 – 1808), один из самых видных зодчих екатерининской эпохи, автор проекта Таврического дворца и Троицкого собора в Александро-Невской лавре, по заказу Павла Петровича работал в Гатчинском дворце, который мог порекомендовать его графу Шереметеву. Старов изменил первоначальную планировку второго этажа дома и заменил в доме деревянные лестницы каменными. Была переделана отделка внутренних покоев – уничтожены «плитошная» и «китайская» комнаты, сняты деревянные панели и штофы. Стены некоторых интерьеров отделываются искусственным мрамором (стюком). Старов предлагал спальню графа сделать «хрустальной», возможно, в подражание интерьерам в Большом Царскосельском дворце, созданным архитектором Камероном. В это время сняли обветшавшие деревянные скульптуры с крыши здания и убрали фигуры деревянных коней работы Дункера.

Архитектор Андрей Никифорович Воронихин (1759 – 1814), несмотря на то что был загружен работой по сооружению Казанского собора, создал проекты некоторых элементов убранства интерьеров (камины).

Самую значительную работу по обновлению Фонтанного дома в конце XVIII – начале XIX веков проделал архитектор Джакомо Кваренги (1744 – 1817), выдающийся зодчий Петербурга эпохи классицизма, автор десятков построек, которые до наших дней служат украшением города.

Полли Дж. Архитектор Дж. Кваренги 1810-е гг.