После падения царевны Софьи боярин Борис Шереметев присоединился к сторонникам молодого царя Петра Алексеевича. Во время азовских походов в 1695 и 1696 годах он командовал армией, действовавшей на Днепре против крымских татар, и одержал здесь свои первые громкие победы.

В июне 1697 года ближний боярин Шереметев отправился в путешествие в Польшу, Австрию, Италию и на остров Мальту, частично по собственной инициативе, частично имея негласные дипломатические поручения от правительства. Он уехал спустя три месяца после отъезда из Москвы Великого посольства во главе с царем, который надеялся найти в Евро пе союзников для борьбы с турками. В указе, полученном Шереметевым, цель его поездки была сформулирована обтекаемо: «…Ради видения окрестных стран и государств и в них мореходных противу неприятелей креста святого военных поведений, которые обретаются во Италии даже до Рима и до Мальтийского острова, где пребывают славные в воинстве кавалеры». Между строк и здесь читается задача поиска союзников, тем более что Борис Петрович уже обладал некоторым дипломатическим опытом и был знаком с правилами и обычаями Запада.

Его сопровождала группа молодых дворян, в том числе его младшие братья Василий Петрович и Владимир Петрович.

Во время этого путешествия православного русского боярина принял глава католической церкви папа римский, он встречался с австрийским императором Леопольдом, который «говорил с боярином много тайно», с европейскими политиками и аристократами. Борис Петрович имел дружелюбный и общительный характер, знал иностранные языки и умел вести себя в соответствии с правилами, принятыми при европейских дворах.

На острове Мальта его первого из русских посвятили в рыцари древнего военно-монашеского ордена Святого Иоанна Иерусалимского. Это нарушало принятые в Ордене правила – Шереметев был женат и крещен по православному обряду. Грамота о принятии его в ряды мальтийских рыцарей, написанная на пергаменте по латыни и богато декорированная, хранилась в домовом архиве в Фонтанном доме, а ныне находится в Российском государственном историческом архиве. Члены Ордена в качестве отличительного знака носили на цепи белый четырехконечный эмалевый крест. Получил такой крест и Борис Шереметев, и на всех его портретах этот крест присутствует наряду с «кавалерией», полученной позже за военные победы. Принадлежность к Ордену льстила его самолюбию, приближала его к европейской аристократии. И он, плоть от плоти старомосковской боярской аристократии, превратился в человека новой культуры, став верным соратником Петра I.

Домой он вернулся в феврале 1699 года, накануне большой войны со Швецией. В годы Северной войны против Швеции особенно ярко раскрылись его патриотизм и талант полководца. Шереметев принимал участие в этой войне с первых ее сражений.

В 1700 году в бою под Нарвой он командовал дворянской конницей. Русская армия потерпела тогда сокрушительное поражение. Но в декабре 1701 года именно Шереметев со своими войсками принес России первую победу над шведами у деревни Эрестфер, за что получил орден Святого апостола Андрея Первозванного и чин фельдмаршала. Продолжая действовать против войск Шлиппенбаха, он одержал еще более крупную победу над ним под Гуммельсгофом в июле 1702 года. В продолжение двухмесячного похода удалось захватить крепости Мензу и Мариенбург. При взятии Мариенбурга в числе пленных оказалась и Марта Скавронская (будущая супруга Петра I, затем императрица Екатерина I). В сентябре полководец с вой ском вернулся в Псков, он привел с собой множество пленных вражеских солдат и офицеров, а в обозе – 51 орудие и 26 шведских знамен. По поводу побед Шереметева в Прибалтике Петр I писал Ф.М. Апраксину: «Борис Петрович в Лифляндии гостил изрядно; взял городов нарочитых два, да малых шесть, полонил 12 000 душ, не считая служивых…»

Осенью, двинувшись к устью Невы, его войска овладели крепостью Нотебург. Петр переименовал Нотебург в Шлиссельбург («Ключ-город») и отпраздновал его взятие торжественным парадом войск через триумфальные ворота в Москве. А в следующем году были взяты Ниеншанц, Копорье, Ямбург и Везенбург. Таким образом, в 1703 году войска под командованием фельдмаршала завоевали землю древней Ингрии с выходом к Балтийскому морю. На этих землях вырос город Санкт-Петербург.

В 1706 году фельдмаршал был отправлен на усмирение стрелецкого бунта в Астрахани. По возвращении он удостоился от Петра I первого в России графского титула, его сын граф Михаил Борисович получил чин полковника. Кроме того, в награду он получил село Вощажниково, Юхотскую волость в Ярославской губернии и денежное жалованье – 9 тысяч рублей в год.

По приказу Петра фельдмаршал снова вернулся в действующую армию. В 1708 году он одержал победу при деревне Лесной и получил в награду села Константиново и Островец в Московском уезде, прежде принадлежавшие Новоспасскому монастырю.

Он был назначен главнокомандующим в генеральном сражении со шведами, состоявшемся при Полтаве 27 июня 1709 года. Славу победителей разделили с Шереметевым участвовавшие в этом сражении сам царь и Меншиков, однако потомки помнили и помнят о роли фельдмаршала Шереметева в этом важнейшем сражении Северной войны. А.С. Пушкин в поэме «Полтава» увековечил имена всех главных действующих лиц Полтавского сражения. Фельдмаршал Шереметев был удостоен эпитета «благородный», а Меншиков, наоборот, у Пушкина «…счастья баловень безродный, полудержавный властелин…». Наградой Борису Петровичу за это сражение стало село Черная Грязь в Московском уезде.

Художник И.П. Аргунов. Фельдмаршал граф Б.П. Шереметев

4 июля 1710 года русские войска под командованием фельдмаршала Шереметева взяли Ригу. 12 июня 1710 года он торжественно въехал в город во главе русских войск, граждане Риги поднесли ему два символических золотых ключа, каждый весом три фунта, как символ владения городом. По особому разрешению Петра I они хранились в семье фельдмаршала, последние полвека перед революцией один из них – в Фонтанном доме.

Однако награда за эту победу от царя задерживалась, и граф Шереметев напомнил о себе письмом к Петру I.

«1711 года августа 1. Нижайшим моим прошением о милости я смелость беру Вашего Императорскаго Величества обременить, как я изрядным управлением счастливаго Вашего Императорскаго Величества оружия, как в самых действиях, так и прочие выгоды Вашего Императорскаго Величества, с помощию Божиею наблюдал, а теперь во всей преданности прошу Вашего Императорскаго Величества, дабы благоволили, хотя и не за услуги мои, но из милости Вашей, меня пожаловать лицентным домом, что в Риге, и лежащую в Лифляндии старостию Пебалг, со всеми к ней принадлежащими деревнями, како и другие получали, дабы я при глубокой своей старости, чем увеселиться мог. Вашего Императорскаго Величества всеподданнейший раб Борис Шереметев». На прошении рукою Государя написано: «Петр. 1 августа 1711 года». Копия этого документа хранилась в родовом архиве в Фонтанном доме. Через некоторое время Борис Петрович действительно получил дом в Риге и мызу Пебалг, остававшиеся во владении его потомков вплоть до XX века.