В течение XVII в. Томск был военной крепостью, откуда уходили отряды казаков на захват и присоединение к Русскому государству новых земель. Томские казаки основали Кузнецкую крепость на Томи, города Ачинск, Красноярск, Енисейск. В 1636 г. отряд под предводительством Дмитрия Копылова ушел далеко на восток, в Якутию, основал там Бутальское зимовье, а один из томских служилых людей, Иван Москвитин, первым среди русских вышел на берег Тихого океана. Из Томска отправилось несколько дипломатических миссий в Монголию и Китай, одна из них, возглавляемая Василием Старковым, привезла на Русь неведомый дотоле чай.

Хлебопашество и различные ремесла оставались уделом приписанных к городу крестьян, а также посадского населения. Однако сам город до начала XVIII в. представлял собой скученные, бессистемные постройки. Дома и церкви строили наспех, повинуясь приказу, а не внутренней потребности. Город часто подвергался нападениям кочевников, крепость не раз горела и восстанавливалась. Становление городского сообщества связано с объединением ради бунта против воевод. Только бунтом можно было добиться царева жалованья, как это происходило во время волнения 1637 г. и городского восстания 1648 г.

К началу XVIII в. русские границы отодвинулись далеко на юг и восток Сибири, и Томская крепость утратила военное значение. Стержнем городской жизни стал Сибирский, или Московско-Иркутский тракт, связавший центр страны с сибирской окраиной. Томск превратился в место транзитной торговли. Развивалось ремесленное производство, хотя часть горожан продолжала заниматься земледелием и скотоводством. Город довольно быстро рос. Доминирующую роль в томском обществе приобрели купцы. Другую значительную группу населения составляли мещане и цеховые. В XVIII в. в Томске, как и других крупных российских городах, были введены элементы городского самоуправления, хотя полномочия царских чиновников по-прежнему распространялись на все сферы городской жизни. С церковной деятельностью связаны первые ростки культуры в городе: первая библиотека появилась в Алексиевском мужском монастыре (основан в 1653), там же открылась (1746) первая школа.

В 1804 г. Томск стал центром обширной Томской губернии, в сферу его административного и управленческого воздействия входила вся Западная Сибирь, а в ряде случаев и Казахстан (горное, учебное, транспортное и др. управления). В XIX – нач. XX в. наблюдался стремительный рост населения города, в 1897 г. Томск стал самым многонаселенным в Сибири (52 тыс. чел.), а по данным 1914 г., входил в число 22 самых крупных городов Российской империи.

Торговля по-прежнему играла ведущую роль в экономике Томска. Недаром его иногда называли «сибирской Москвой», торговой столицей края. В торговле формировались крупные капиталы томских купцов. Во 2-й пол. XIX в. усилился приток капиталов в промышленность, в городе сложился комплекс предприятий, ориентированных в основном на переработку сельскохозяйственного сырья. Томск развивался как транспортный узел региона, появились новые средства связи – телеграф и телефон, формировалось банковское дело, в 1901 г. открылась первая в Сибири товарная биржа. Именно тогда в городе выстроили множество красивых домов для жилья, административных и торговых нужд.

С открытием в кон. XIX – нач. XX в. первых в азиатской части страны высших учебных заведений – университета, технологического института и высших женских курсов город превратился в культурно-образовательный центр всей Сибири, в город интеллектуальный, оппозиционно настроенный по отношению к правящей власти. В предоктябрьское десятилетие он стал одним из центров либерализма и сибирского областничества, возглавляемого Григорием Потаниным. Вместе с тем в общественных настроениях горожан появилось стремление к отстаиванию своих прав и интересов в борьбе.

События Февральской и Октябрьской революции 1917 г. внесли серьезные перемены в жизнь города: вышли из подполья политические партии, началось создание профсоюзов, возникли новые органы власти. Томск стал центром общественно-политического развития обширного региона, здесь собирались и работали съезды, конференции, совещания многих политических, общественных, культурно-просветительных объединений. Стремительное ухудшение жизни горожан, продовольственный кризис, начавшийся осенью 1917 г., способствовали перемене в политических симпатиях томичей – на выборах в городскую думу они предпочли кадетам представителей социалистических партий. Власть большевиков установлена в Томске в декабре 1917 г., одновременно в городе возник еще один орган власти – Сибирская областная дума. Затем Томск стал центром собирания антисоветских сил Сибири, а в июне

1918 г. – резиденцией Западно-Сибирского комиссариата Временного Сибирского правительства. До конца

1919 г. город служил местом формирования и обучения частей Белой армии, местом дислокации военных госпиталей. Томская интеллигенция и буржуазные слои населения поддерживали Белое движение, однако летом 1919 г. произошел перелом в настроениях: антидемократическая репрессивная политика правительства Колчака оттолкнула многих от сотрудничества с ним.

По воле обстоятельств Томск оказался на обочине индустриализации и практически не рос в промышленном отношении (только эвакуация сюда крупных заводов в годы Великой Отечественной войны изменила ситуацию). На рубеже 1920-1930-х гг. Томск утратил былое административное значение, стал городом областного подчинения и лишь в 1944 г. вновь получил статус центра области, по размеру далеко уступавшей бывшей губернии.