Володіючи узагальнюючою, всебічною інформацією, в якій, ніби у фокусі, були сконцентровані дані про різноманітні явища та події, що відбувалися на запорозьких землях, кошовий отаман Калнишевський мав змогу певною мірою коригувати й спрямовувати процеси їхнього розвитку. Наприклад, у 1768 р. були зібрані статистичні відомості по паланках про кількість загиблих під час лютої зими 1767–1768 років, коли не вистачало коней, рогатої худоби, овець, із переліком сіл, хуторів, зимівників, господарів. Виявивши тяжкий стан у скотарстві, запорозький уряд ужив заходів до його поліпшення.

Свою колонізаційну діяльність, зокрема заселення Запорожжя, Іван Калнишевський примушений був поєднувати з боротьбою проти наступу царизму на «Вольності Війська Запорозького», захоплення ним запорозьких земель. Обравши курс на поступове скасування Січі, імперський уряд активізував спорудження фортець і впровадження поселень на запорозькій території, прагнучи таким чином відмежовувати Запорожжя від Лівобережної та Правобережної України. Ці поселення залюднювалися здебільшого іноземцями.

Ще 1687 року за рахунок запорозьких рибництв, пасік та мисливських угідь на р. Самарі було збудовано Богородицьку фортецю. Запорожці протестували, відчуваючи, що фортеця може стати прецедентом для майбутньої окупації Запорожжя царськими військами. Москва відговорювалася, що фортеця — тимчасова, існуватиме, поки триває кримський похід царських військ і козацьких полків. Однак фортеця так і залишилася стояти на запорозькій землі.

Згодом на лівому березі Дніпра, в Кам'яному Затоні, було зведено нову фортецю, на яку покладалася функція контролю над Січчю. 1735 року за два кілометри від Січі для утримання козаків «в надлежащем порядке» було збудовано Новосіченський ретраншемент, комендант якого підлягав київському генерал-губернатору. Частина запорозьких земель увійшла до складу створеної в 1754 р. Єлизаветградської провінції. Що ж до збудованої фортеці св. Єлизавети, то на неї покладалося завдання на річках Самоткань та Верблюжій перехоплювати селян-утікачів та гайдамаків.

1767 року Січ у своєму Наказі до Комісії по складанню нового Уложенія викладала своєрідну історію наступу на запорозькі володіння. У ньому говорилося про «розорення, образи, смертоубивства», що їх чинили загони царських військ, а також про поселення Новослобідського полку при фортеці св. Єлизавети та про створення слободи Нової Сербії, під які «вширину і вдовж немало землі, з лісами і рибними ловлями зайнято». Козаків Бугогардійської та Кодацької паланок, що господарювали на цих землях, із зимівників вигнали. Великих збитків зазнали запорожці й під час розмежування російсько-турецьких кордонів, коли в 1746 р. від їхніх володінь відрізали понад 300 верстов степу і Приазовського узбережжя. Тоді ж частину запорозьких земель віддали Донському війську.

Із створенням у 1754 р. між Запорожжям і укріпленою Українською лінією нової системи військових поселень, так званої Слов'яносербії, Військо Запорозьке, за образним висловом Мазепиних сподвижників Федора Мировича і Федора Нахимовського, переказаним на Січі військовим писарем Романовським, було «все в мішок убрато». Романовський спеціально їздив до Криму, щоб побачитися з Мировичем і Нахимовським. Спостерігаючи наступ царизму на запорозькі землі, вони зробили прозорливий висновок: «росіяни… нині вже Військо Запорозьке дорешти вигубити хотять, для чого знову на сьому боці Дніпра фортеці, як ось Єлісавет і прочія, пороблені, і уж Військо Запорозьке в мішок убрато, і тільки ж ще щоб як то мішок зав'язати, росіяни способу не обрали».

Утверджуючи свої позиції в українських південних степах, царський уряд заснував у 1767 р. Новоросійську губернію на базі Нової Сербії, Слов'яносербії, поселень Слобідського та півтора десятка сотень Миргородського, Полтавського та інших лівобережних полків і запорозьких земель по річці Інгул.

Царський уряд наклав свою руку і на Прогної з соляними озерами, якими користувалися запорожці, а також на перевози, що лежали на водних шляхах до Чорного моря й належали Січі. Спершу царські власті віддали їх під нагляд своїх урядовців, а згодом почали відбирати у Коша всі прибутки, що надходили з перевозів.

1770 року розпочалося будівництво Дніпровської укріпленої смуги, що починалася біля острова Хортиця, йшла вздовж кордону Запорожжя і Кримського ханства до гирла річки Берда біля Азовського моря. Військові інженери-фортифікатори й коменданти гарнізонів по-хижацькому знищували ліси, байраки, розбирали в зимівниках будівлі. На форт-штадтах нових фортець поселяли однодворців, пікінерів, зайд. Крім військових поселень, царські офіцери засновували на запорозьких землях свої власні слободи з селянами, перетворюючись таким чином на поміщиків-кріпосників. Отже, імперський урядовий наступ на Вольності Війська Запорозького супроводжувався загарбанням козацьких земель українськими та російськими поміщиками, представниками лівобережної та слобідської старшини, монастирями.

Боротьба запорожців проти кріпосницького колоніального наступу царизму, українських та російських феодалів, за збереження своїх прав і володінь досягла апогею в останнє десятиріччя існування Січі. Один із істориків — Шиманов — у 1888 р. назвав її «передсмертною поземельною боротьбою Запорожжя», яка спрямовувалася проти кріпосництва, оскільки запорозьке козацтво мало, за твердженням цього дослідника, «більш справедливий суспільний… лад, ніж самодержавна монархія».

Опір козаків наступу царизму на їхні права та землі відбувався в різних формах. Часто за негласними розпорядженнями Коша й особисто Калнишевського, а інколи й відкритих рішень запорозької січової Ради заселялися зимівниками кордони; військові запорозькі команди, окремі запорожці вступали в сутички з гарнізонами фортець, розкидали будівлі, розганяли пости, спалювали оселі. Збройний характер мали також сутички між запорозькими козаками й слобідськими та лівобережними поміщиками, котрі намагалися засновувати маєтки на землях Січі.