При императрице Екатерине II 15 марта 1781 года КИД в третий раз получил приказ не допускать знакомства «чинов департамента иностранных дел» с иностранными министрами и их свитой. При этом императрица указала, чтобы, кроме «министров департамента иностранных дел, каковыми ее величество почитает канцлера (или без сего звания управляющего оным департаментом), вице-канцлера и членов секретной экспедиции», никто из других чинов коллегии не ходил в дома иностранных министров, не имел с ними разговоры о делах, никого из них в своем доме не принимал и ни под каким видом не вел с ними переписку. Тот же запрет был повторен указом от 3 августа 1791 года.

КИД также внимательно следила за хранением шифров. Лично государственный канцлер, а им в тот период был граф Иван Андреевич Остерман (1725–1811), сын вице-канцлера графа Андрея Ивановича Остермана, неуклонно следил за строгим соблюдением правил пользования отечественными шифрами, требовал их своевременной замены. При малейшем подозрении о компрометации шифров он давал указания об их досрочной замене или о внесении в них существенных изменений.

Когда стало известно, что один из канцелярских служащих при после России в Гданьске потерял шифр, Остерман сделал послу Волчкову строгое предупреждение: «…признано здесь за нужно подтвердить вам в то же время единожды навсегда, чтоб вы сами впредь хранили в себя цифирные ключи и заочно не выпускали их из рук, в чем и обязываетесь вы вашею присягой верности Ея Императорскому Величеству».

Постепенно установилась иерархия шифров, когда сложные системы использовали лишь для важнейших сообщений, а со снижением их ранга упрощался и шифр. Если разработка собственных шифросистем, в первую очередь для русского алфавита, еще отставала от Европы, то криптоаналитика была на высоте. С этого времени российская криптология окончательно заняла одну из ведущих позиций в европейской криптологии и стала эффективным оружием в руках дипломатических и военных ведомств страны.

В начале XIX века в России была сделана реорганизация органов управления страной. В 1802 году Манифестом Александра I вместо коллегий были основаны министерства. В частности, было образовано министерство иностранных дел (далее – МИД), канцелярия которого содержала четыре основных экспедиции и три секретные. Первая секретная – шифровальная, вторая – дешифровальная, третья – служба перлюстрации.

До 1808 года начальником первой экспедиции, куда входила «цифирная» часть, был Андрей Андреевич Жерве (1773–1832). Потом он был назначен руководителем Канцелярии, а начальником этой экспедиции стал Христиан Иванович Миллер. Составлением шифров для секретной корреспонденции и дешифровкой иностранных депеш в этот период заведовал Христиан Андреевич Бек (1770–1853). Сохранились некоторые документы, которые позволяют охарактеризовать деятельность секретной экспедиции Канцелярии МИД периода начала XIX века и войны с Наполеоном.

Письмо от 8 марта 1812 года Х. И. Миллеру: «Г. Канцлеру угодно, чтобы вы, милостивый государь мой, Христиан Иванович, немедленно занялись составлением двух совершенно полных лексиконов как для шифрования, равно и для дешифрования на российском и французском языках, и чтобы вы снеслись по сему предмету с Александром Федоровичем Крейдеманом, стараясь соединенными силами привести работу сию к скорейшему и успешнейшему окончанию. А. Жерве».

Х. И. Миллер и А. Ф. Крейдеман являлись составителями не только лексиконов, т. е. словарей к шифрам, но и самих шифров. Эту работу выполняли и некоторые другие сотрудники. После составления шифра специалистом-криптографом в XVIII веке он набело переписывался от руки специальным секретарем в нужном количестве экземпляров. Позже шифры изготовлялись уже типографским способом. В отношении каждого шифра заведующим секретной экспедицией при этом составлялась докладная записка такого содержания:

«В Государственную коллегию иностранных дел.

От нижеподписавшегося покорнейшее доношение.

Составив по приказанию сей Коллегии новую генеральную цифирь на российском и французском языках, ею одобренную, и отобрав цены за изготовление передвижных машин, равно и за напечатание наборных и разборных таблиц и за бумагу, имею честь представить о том подробную записку, прося покорнейше помянутую Коллегию благоволить на сей расход определить сумму.

Коллежский советник Христиан Миллер.

Октябрь дня 3 1804 года.

За машины:

за 15 пар машин с двойными передвижными дощечками по 125 р. за пару – 1875 рублей.

Типографщику:

за набор разборных таблиц для российской цифири с напечатанием по 20 р. за таблицу – 40 р.

за набор двух разборных таблиц для французской цифири с напечатанием по 20 р. за таблицу – 40 р.

за набор одного листа и напечатание чисел и букв, принадлежащих к разборным таблицам обеих сих цифирей, – 10 р.

за набор 112Ѕ страниц российской наборной азбуки и напечатание по 30 р. за страницу, а за все 112Ѕ страниц – 3375 р.

за набор 122Ѕ страниц французской наборной азбуки и напечатание по 30 р. за страницу, а за все 122Ѕ страницы – 3675 р.

Бумаги:

Александрийской 83 л. по 2 р. 50 к. каждая – 207,50

Итого 9222 р. 50 к.

В начале XIX века в МИД был создан так называемый «Цифирный комитет», в состав которого вошли наиболее опытные и квалифицированные криптологи. В задачи комитета входил анализ и введение новых систем шифров, контроль за их правильным использованием и хранением, вывод из действия устаревших или скомпрометированных шифров, составления выводов, отчетов и докладов для руководителей МИД и императора по вопросам деятельности шифровальной и дешифровальной служб. Этот комитет был подчинен министру, а возглавлял его «главный член цифирного комитета».