Целью этого наступления, по словам фельдмаршала Кессельринга, было подавление системы ПВО острова. Батареи должны были израсходовать боезапас, а личный состав немцы собирались уничтожить. После этого планировалось начать массированные атаки аэродромов и стоящих на земле самолетов. Наконец всю мощь атак следовало обрушить на военно-морскую базу, доки и укрепления острова, чтобы все это уничтожить. Первую из этих задач немцам так и не удалось выполнить. Хотя батареи были вынуждены экономить боеприпасы, они никогда не испытывали серьезной нехватки снарядов. Несмотря на то, что вторую задачу немцы почти решили, и действия мальтийской авиации почти прекратились, все-таки в апреле британские истребители совершили более 350 вылетов. На их счету числится примерно половина из 37 самолетов Оси, сбитых над Мальтой в этом месяце.

Военно-морская база с самого начала налетов стала излюбленной целью для вражеских бомбардировщиков. Хотя в феврале разрушения стали уже очень серьезными, лишь немногие корабли получили прямые попадания в первые недели налетов II авиакорпуса. Лишь эсминец «Маори» был 11 февраля потоплен на стоянке у буя. Крейсер «Клеопатра», зашедший на Мальту по пути в Александрию, получил попадание 500-кг бомбой, которая, к счастью, не взорвалась. В марте была потоплена подводная лодка Р-39, и еще 2 лодки были повреждены. С этого времени лодки отлеживались на дне гавани с запасными экипажами.

В конце марта на базу обрушилась вся мощь воздушных атак противника. Все корабли, сохранившие способность передвигаться самостоятельно, были эвакуированы сразу после прибытия мартовского конвоя. На Мальте остались легкий крейсер «Пенелопа» и эсминцы «Кингстон» и «Галлант», имевшие различные повреждения. История ремонта «Пенелопы» выглядит фантастическим рассказом. Экипаж проявил исключительную отвагу и выносливость, отражая постоянные воздушные атаки, в ходе которых корабль получал все новые повреждения, по мере того, как ремонтировались старые раны. За это время его орудия выпустили 6500 снарядов калибра 102 мм. Только что установленные новые стволы пришли в полную негодность. Все это закончилось ночью 8 апреля, когда крейсер выскользнул из гавани и направился в Гибралтар. Его борта щетинились сотнями деревянных пробок, которые были забиты в мелкие пробоины. Крейсер сумел обмануть вражеские торпедоносцы и бомбардировщики и благополучно проскочил вдоль берега Туниса. Он прибыл в Гибралтар 10 апреля.

Для базы подводных лодок 1 апреля начались тяжелые деньки. В этот день подводная лодка «Пандора», успевшая выгрузить доставленные припасы, была потоплена 2 прямыми попаданиями бомб. Р-36 получила такие тяжелые повреждения, что ее решили не ремонтировать. Хотя лодка «Анбитен» отлеживалась на дне, она получила такие повреждения, что ее пришлось отослать в Гибралтар для ремонта. Было предложены вывести флотилию подводных лодок с Мальты, но ее командир капитан 1 ранга Симпсон заявил, что «это означает полное прекращение наступательных действий на коммуникациях Роммеля. Кроме того, 10-я флотилия подводных лодок остается единственным средством помешать крупным кораблям противника обстреливать Мальту. Так как это отступление подорвет дух гарнизона, следует приложить новые усилия».

4 апреля была потоплена греческая лодка «Глафкос», а польская «Сокол» была тяжело повреждена. После спешного ремонта на верфи под камуфляжными сетями, 13 апреля она была отправлена в Гибралтар для капитального ремонта. В ее легком корпусе насчитывалось более 200 пробоин! Лагерь отдыха подводников подвергался ежедневным бомбардировкам и обстрелам с воздуха. Обслуживать лодки в перерывах между походами стало почти невозможно. А 14 апреля пришла печальная новость — подводная лодка «Апхолдер» Ванклина была потоплена в 25-м боевом походе.

К 25 апреля суперинтендант мальтийских доков сообщил, что «не действует практически ни одна мастерская, кроме расположенных под землей. Все доки повреждены. Линии электропередачи и телефонная сеть почти полностью уничтожены». С 15 по 30 апреля противник провел не менее 115 налетов. Каждый день в среднем Мальту бомбили 170 бомбардировщиков. Англичане возлагали большие надежды на 46 «Спитфайров», которые должны были перелететь на Мальту 20 апреля с американского авианосца «Уосп». Но II авиакорпус засек их прилет с помощью радара и немедленно атаковал аэродромы. В течение 3 дней почти все «Спитфайры» были либо уничтожены, либо повреждены на земле, и количество исправных истребителей сократилось до 6.

В таких условиях деятельность подводных лодок почти прекратилась. Однако решающим фактором в прекращении базирования подводных лодок на Мальте стало иное. Остров просто не мог обеспечить им истребительное прикрытие во время выхода в море. Тральщики не справлялись с минными постановками противника. Плотность минных полей на выходе из Гранд Харбора ежедневно увеличивалась. Только с 23 по 27 апреля германская 3-я флотилия торпедных катеров поставила не меньше 123 мин и минных защитников. Чтобы не оказаться запертым в порту, 26 апреля Симпсон был вынужден согласиться с предложением адмирала Каннингхэма. К 10 мая остром покинула последняя подводная лодка. Они вернулись на Мальту только через 3 месяца. Правильность этого решения подтвердила гибель 27 апреля на только что поставленном заграждении подводной лодки «Эрдж». Эта лодка под командованием лейтенанта Э.П. Томпкинсона завоевала славу, уступающую только лаврам «Апхолдера».

Поэтому можно понять, почему фельдмаршал Кессельринг пришел к ошибочному заключению, что к этому времени Мальта была полностью нейтрализована, и ливийские маршруты стали совершенно безопасными. На его мнение, несомненно, повлияло готовящееся Роммелем наступление с целью захвата Тобрука и требование поддержать это наступление с воздуха. Кроме того, от Кессельринга требовали отправить некоторые части 2-го воздушного флота на Восточный фронт в Россию. Он уже объявил, что готовится перебросить туда 2 группы бомбардировщиков Ju-88 и 2 группы истребителей Me-109. Кессельринг полагал, что сумеет заменить их итальянскими бомбардировщиками и истребителями и поддержан, такую интенсивность налетов на Мальту, которая не позволит острову оправиться.